[日本語] English
万見
- PDB-4k3f: Crystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3f
タイトルCrystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 1.60 A resolution
要素Probable TonB-dependent receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic methionine binding protein / NLPA lipoprotein / PF03180 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / SELENOMETHIONINE / Probable TonB-dependent receptor
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable TonB-dependent receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,10610
ポリマ－26,2221
非ポリマー8849
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.577, 40.509, 60.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-499-

HOH

詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable TonB-dependent receptor


分子量: 26221.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA5505 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q9HT68

-
非ポリマー , 5種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-MSE / SELENOMETHIONINE / セレノメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 196.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2Se
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 22-260 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.20M ammonium sulfate, 0.7% n-Butanol, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.8265,0.9794,0.9792
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月1日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.82651
20.97941
30.97921
反射解像度: 1.6→29.135 Å / Num. obs: 32359 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.747 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.6-1.660.4671.911216604892.1
1.66-1.720.3962.39814532093.3
1.72-1.80.298310914602993.4
1.8-1.90.2313.910830605291.6
1.9-2.020.1595.611279596794.5
2.02-2.170.1058.210712566793.8
2.17-2.390.07410.310417581191.6
2.39-2.730.0591311324583894
2.73-3.440.0417.810814576491
3.440.02526.411142565588.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.945 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. SULFATE ION (SO4) AND GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 7. A SELENOMETHIONINE AMINO ACID IS BOUND TO THE PROTEIN. ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP CONFIRMS THIS METHIONINE TO BE SELENOMETHIONINE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1847 1641 5.1 %RANDOM
Rwork0.1506 ---
obs0.1523 32319 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.63 Å2 / Biso mean: 22.2558 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.68 Å2-0 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 50 257 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5362.0132729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81234669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9035261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.16326.32979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.994156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8263.0771007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8273.0781006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4155.7661269
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 129 -
Rwork0.277 2242 -
all-2371 -
obs--98.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.359 Å / Origin y: 8.76 Å / Origin z: 12.843 Å
111213212223313233
T0.0138 Å20.0084 Å20.0088 Å2-0.0096 Å20.0021 Å2--0.0107 Å2
L0.1378 °20.0644 °20.0397 °2-0.4739 °20.2792 °2--0.715 °2
S-0.0001 Å °-0.008 Å °-0.0068 Å °0.0321 Å °-0.0199 Å °0.0453 Å °-0.0216 Å °-0.058 Å °0.02 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る