PDB-4k3d: Crystal structure of bovine antibody BLV1H12 with ultralong CDR H3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3d

タイトル

Crystal structure of bovine antibody BLV1H12 with ultralong CDR H3

要素

BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN
BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CYSTINE KNOT / IMMUNE RECOGNITION

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Wang, F. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Reshaping antibody diversity.
著者: Wang, F. / Ekiert, D.C. / Ahmad, I. / Yu, W. / Zhang, Y. / Bazirgan, O. / Torkamani, A. / Raudsepp, T. / Mwangi, W. / Criscitiello, M.F. / Wilson, I.A. / Schultz, P.G. / Smider, V.V.

履歴

登録	2013年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 2.0	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k3d.cif.gz	382.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k3d.ent.gz	313.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4k3d_validation.pdf.gz	480 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k3d_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	4k3d_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	4k3d_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k3eC 1bvkS 2fb4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e9h-d 4k3e-2 6e8v-2 7lsg-d 6k7o-3 6w0e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

L: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

I: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

M: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

H: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

L: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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2

I: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN

M: BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.410, 127.600, 127.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, HEAVY CHAIN 分子量: 29791.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGH / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体	BOVINE ANTIBODY WITH ULTRALONG CDR H3, LIGHT CHAIN / IGL@ protein 分子量: 22531.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGL, IGL@ / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q3T101
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	DUE TO THE UNUSUAL LENGTH OF THE CDR H3 LOOP, ADDITIONAL CDR H3 RESIDUES BEYOND KABAT POSITION 100Z ...DUE TO THE UNUSUAL LENGTH OF THE CDR H3 LOOP, ADDITIONAL CDR H3 RESIDUES BEYOND KABAT POSITION 100Z WERE ACCOMMODATED AT POSITIONS 101 AND 102. THESE SEQUENCES REFER TO ANTIBODY CHAINS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.27 M potassium citrate and 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 100271 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.9 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.73 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
XPREP		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BVK and 2FB4

1bvk

2fb4

解像度: 1.85→40.427 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2104	4921	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1823	-	-	-
obs	0.1838	98233	97.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6700	0	14	747	7461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7273
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.139	9970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.163	2585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.4094	152	0.3671	2813	X-RAY DIFFRACTION	90
1.871-1.893	0.3798	160	0.3435	2950	X-RAY DIFFRACTION	95
1.893-1.9161	0.316	159	0.3178	3058	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9161-1.9404	0.3169	166	0.2941	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9404-1.9659	0.3108	157	0.2806	3069	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9659-1.9928	0.3081	168	0.2828	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9928-2.0213	0.2974	174	0.3162	3019	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0213-2.0515	0.3244	152	0.2964	3052	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0515-2.0835	0.2688	149	0.2471	3088	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0835-2.1177	0.293	162	0.2295	3100	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1177-2.1542	0.2571	172	0.2222	3107	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1542-2.1934	0.2683	154	0.2115	3066	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1934-2.2356	0.224	154	0.2059	3106	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2356-2.2812	0.2643	174	0.2005	3090	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2812-2.3308	0.2673	171	0.1971	3080	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3308-2.385	0.2185	149	0.1881	3105	X-RAY DIFFRACTION	99
2.385-2.4446	0.2416	146	0.19	3133	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4446-2.5107	0.2287	167	0.1922	3126	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5107-2.5846	0.2054	143	0.194	3161	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5846-2.668	0.265	144	0.196	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.7633	0.2285	187	0.1906	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7633-2.8739	0.2253	161	0.1927	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8739-3.0047	0.2384	180	0.1901	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0047-3.1631	0.2022	163	0.1854	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1631-3.3611	0.2008	183	0.1806	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3611-3.6205	0.1823	164	0.1645	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6205-3.9846	0.1774	178	0.1483	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9846-4.5605	0.14	168	0.1243	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5605-5.7431	0.1473	168	0.1244	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7431-40.4371	0.2079	196	0.1918	3032	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6836	-0.5402	-0.2686	1.4212	0.966	1.3777	-0.0428	-0.1016	-0.019	0.2588	0.1514	-0.1404	0.1727	0.2639	-0	0.409	-0.0218	-0.0943	0.2724	-0.0257	0.2933	8.7113	-14.842	30.5299
2	-0.2864	-0.3079	0.0979	-0.136	0.5694	0.7258	-0.1502	-0.1196	-0.0325	0.1632	0.0551	0.1522	0.1541	-0.1106	0	0.7057	-0.0392	0.075	0.5233	-0.0562	0.4818	-6.4808	1.069	60.8532
3	0.8831	0.0115	-0.133	0.5972	0.6418	1.3367	-0.0112	0.1743	0.0025	0.1817	0.0767	-0.1133	0.034	0.0501	0.0117	0.3373	0.0051	-0.0293	0.3093	-0.024	0.268	-0.1423	-21.4396	17.9806
4	2.0218	1.0219	-1.025	1.2281	-0.7175	1.5653	-0.0509	0.3517	0.2114	0.0961	0.2784	-0.0408	-0.0088	-0.0981	0.0251	0.2534	0.045	0.0219	0.418	-0.0362	0.3066	-0.8135	-26.445	0.501
5	1.0322	-0.5428	-0.7677	0.5159	0.024	0.909	-0.061	-0.1126	-0.2179	0.2867	-0.0654	0.3739	0.064	-0.1764	-0.0002	0.5325	-0.002	0.058	0.3043	-0.0268	0.4216	-18.9308	-12.9282	34.4915
6	3.067	-0.1123	0.0702	1.8082	0.1969	1.0073	-0.1831	0.0577	0.0644	-0.029	0.0386	0.0774	-0.2288	-0.0861	0	0.4403	0.0007	-0.0154	0.2034	-0.0433	0.3041	-13.3826	-7.3961	30.4894
7	0.1979	0.9046	0.4115	1.3529	0.9402	0.6435	-0.1394	0.1657	0.0394	0.1548	0.0355	0.0783	0.116	0.0724	-0.0007	0.2767	0.0461	-0.0154	0.3099	-0.0489	0.306	-12.6653	-28.0257	11.1208
8	2.8112	0.7582	-0.3406	0.6742	0.92	1.3364	-0.1513	-0.0836	-0.296	0.0266	0.1031	-0.0427	0.0759	0.0502	0.0002	0.2471	0.0204	-0.0008	0.278	-0.0369	0.3011	-13.5207	-38.4585	6.4031
9	0.6473	-1.0621	-0.5395	0.8277	0.2928	0.0569	0.0888	-0.0558	0.0538	-0.0079	-0.0233	-0.0118	0.1632	0.2445	-0	0.46	0.0476	0.0008	0.3481	0.0829	0.3804	-12.8014	-46.12	38.0407
10	0.6451	0.7355	0.2273	0.9098	0.5675	1.837	0.0836	0.0588	0.0681	-0.1489	-0.0008	0.0126	-0.0454	0.198	-0.0001	0.3635	0.0909	0.0495	0.3187	0.0971	0.3395	-14.6846	-42.4066	30.3569
11	1.1707	0.7988	-0.826	0.6824	-0.3243	0.4993	-0.0361	-0.0485	-0.2511	-0.05	-0.1669	-0.1413	0.3272	-0.0338	-0.0002	0.4389	0.0811	0.0449	0.2373	0.0505	0.3646	-23.0107	-52.2936	26.7025
12	0.2875	-0.8121	0.0941	1.5801	-0.1828	1.4083	-0.0815	-0.2834	-0.0102	-0.2002	0.0643	0.0421	-0.1819	0.0301	0.0013	0.2354	-0.0729	0.0294	0.4621	0.0306	0.3518	-23.4127	-32.0303	57.5667
13	1.6361	-0.7629	0.286	0.8028	0.6358	0.7308	-0.0008	-0.0295	-0.3217	-0.2913	0.0779	0.2507	0.0666	-0.2129	0.0001	0.3783	-0.1087	-0.013	0.4442	0.06	0.4819	-26.371	-36.3602	56.9752
14	0.4923	0.3007	0.5717	0.8595	0.7472	0.9309	0.1211	-0.4137	-0.2081	0.061	0.1224	0.1046	0.1442	-0.0184	-0.0001	0.2745	-0.0381	0.0317	0.5753	0.1348	0.4427	-25.0597	-37.4106	66.0235
15	3.6	0.8684	-1.7664	1.8579	-0.1328	0.9295	-0.0024	0.3331	0.1253	-0.1014	0.1549	0.2432	0.3915	-0.4269	0.001	0.3812	-0.0264	-0.0107	0.4422	0.0746	0.3828	-38.6596	-49.2385	29.2456
16	0.9949	-0.4727	-0.1187	0.7747	1.1006	1.9057	-0.0053	0.0049	0.0028	-0.0822	-0.2279	0.1104	-0.0562	-0.1825	0.0001	0.2991	-0.0083	0.0344	0.3555	0.0748	0.3989	-36.0317	-39.1352	43.7388
17	4.3969	-0.0537	-0.2739	0.4067	0.5467	0.5309	-0.0803	0.3277	0.3979	0.036	0.0564	0.1322	-0.1322	-0.0063	0.0094	0.2837	-0.0068	-0.0235	0.4675	0.0465	0.4188	-38.403	-24.0855	59.2044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and ( resid 2 through 87 )	H	2 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and ( resid 88 through 101P )	H	88 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and ( resid 101Q through 145 )	H	101 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and ( resid 146 through 213 )	H	146 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and ( resid 2 through 33 )	L	2 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and ( resid 34 through 95B )	L	34 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and ( resid 96 through 128 )	L	96 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and ( resid 129 through 212 )	L	129 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and ( resid 2 through 32 )	I	2 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'I' and ( resid 33 through 87 )	I	33 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and ( resid 88 through 103 )	I	88 - 103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'I' and ( resid 104 through 145 )	I	104 - 145
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and ( resid 146 through 175 )	I	146 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'I' and ( resid 176 through 213 )	I	176 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and ( resid 3 through 75 )	M	3 - 75
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and ( resid 76 through 128 )	M	76 - 128
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'M' and ( resid 129 through 211 )	M	129 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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