ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DNA | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6.1_357)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→23.505 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2445 | 429 | 10 % |
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Rwork | 0.2058 | - | - |
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obs | 0.2096 | 4290 | 81.64 % |
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all | - | 4290 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.954 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.5826 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -7.1484 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 5.5658 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.505 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 898 | 68 | 11 | 977 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1137 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.954 | 1766 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.821 | 581 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.057 | 254 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 45 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.5004-2.8616 | 0.3486 | 143 | 0.3186 | 1295 | X-RAY DIFFRACTION | 85 | 2.8616-3.6033 | 0.2987 | 144 | 0.2102 | 1300 | X-RAY DIFFRACTION | 83 | 3.6033-23.506 | 0.1956 | 142 | 0.1768 | 1266 | X-RAY DIFFRACTION | 77 |
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