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- PDB-4k32: Crystal structure of geneticin bound to the leishmanial rRNA A-site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k32
タイトルCrystal structure of geneticin bound to the leishmanial rRNA A-site
要素RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA/antibiotic / rRNA duplex / Ribosomal A-site / Aminoglycoside / Leishmanial ribosome / RNA / RNA-antibiotic complex
機能・相同性GENETICIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Leishmania (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shalev, M. / Kondo, J. / Adir, N. / Baasov, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Identification of the molecular attributes required for aminoglycoside activity against Leishmania.
著者: Shalev, M. / Kondo, J. / Kopelyanskiy, D. / Jaffe, C.L. / Adir, N. / Baasov, T.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7064
ポリマ－14,7132
非ポリマー9932
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.080, 90.760, 47.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')


分子量: 7356.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leishmania (真核生物)
#2: 化合物 ChemComp-GET / GENETICIN / G418


分子量: 496.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Na cacodylate, 1 mM spermine tetrahydrochloride, 1-20% 2-methyl-2,4-pentadiol (vs. 40% reservoir), 100-200 mM KCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21134 / Num. obs: 4294 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 21.5 / Observed criterion σ(I): 21.5 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→23.505 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 429 10 %
Rwork0.2058 --
obs0.2096 4290 81.64 %
all-4290 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.954 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5826 Å2-0 Å20 Å2
2---7.1484 Å20 Å2
3---5.5658 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 898 68 11 977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9541766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.821581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.86160.34861430.31861295X-RAY DIFFRACTION85
2.8616-3.60330.29871440.21021300X-RAY DIFFRACTION83
3.6033-23.5060.19561420.17681266X-RAY DIFFRACTION77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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