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- PDB-4k2i: Crystal structure of ntda from bacillus subtilis with bound cofac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k2i
タイトルCrystal structure of ntda from bacillus subtilis with bound cofactor pmp
要素NTD biosynthesis operon protein NtdA
キーワードTRANSFERASE / Sugar aminotransferase / Aspertate aminotransferase fold / homo-dimer / additional N-terninal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydro-glucose-6-phosphate-glutamate transaminase / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / NTD biosynthesis operon protein NtdA, N-terminal domain / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / NTD biosynthesis operon protein NtdA, N-terminal domain / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 3-oxo-glucose-6-phosphate:glutamate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.225 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Structure of NtdA, a Sugar Aminotransferase Involved in the Kanosamine Biosynthetic Pathway in Bacillus subtilis, Reveals a New Subclass of Aminotransferases.
著者: van Straaten, K.E. / Ko, J.B. / Jagdhane, R. / Anjum, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年1月1日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NTD biosynthesis operon protein NtdA
B: NTD biosynthesis operon protein NtdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,03620
ポリマ－100,6652
非ポリマー1,37118
水10,539585
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.109, 106.979, 99.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NTD biosynthesis operon protein NtdA


分子量: 50332.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: 939788, BSU10550, NP_388936.1, ntdA, yhjL / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: O07566

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非ポリマー , 5種, 603分子

#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG3350, 55mM glutamate, microbatch, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→46.8 Å / Num. obs: 108740 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4K2B

4k2b


解像度: 2.225→37.032 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 2599 5.13 %
Rwork0.1581 --
obs0.1608 50673 99.32 %
all-188767 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.803 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2584 Å20 Å22.5991 Å2
2---3.2321 Å20 Å2
3---4.4905 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.225→37.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7008 0 84 585 7677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0819816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5142739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751096
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2253-2.26570.31771060.2432304X-RAY DIFFRACTION90
2.2657-2.30930.24391450.19092510X-RAY DIFFRACTION99
2.3093-2.35640.22751240.16842536X-RAY DIFFRACTION99
2.3564-2.40760.25791600.17372507X-RAY DIFFRACTION100
2.4076-2.46360.24591230.16432545X-RAY DIFFRACTION100
2.4636-2.52520.24591340.15922546X-RAY DIFFRACTION100
2.5252-2.59350.2461270.1522513X-RAY DIFFRACTION100
2.5935-2.66980.2671400.14462544X-RAY DIFFRACTION100
2.6698-2.75590.18691130.14572562X-RAY DIFFRACTION100
2.7559-2.85440.22771450.14612518X-RAY DIFFRACTION100
2.8544-2.96860.19971430.14892561X-RAY DIFFRACTION100
2.9686-3.10370.20091500.15772527X-RAY DIFFRACTION100
3.1037-3.26720.231340.16442516X-RAY DIFFRACTION100
3.2672-3.47180.20381380.16152552X-RAY DIFFRACTION100
3.4718-3.73960.19851330.15452568X-RAY DIFFRACTION100
3.7396-4.11550.20751450.14852555X-RAY DIFFRACTION100
4.1155-4.710.17931240.1272566X-RAY DIFFRACTION100
4.71-5.93020.16431670.16482541X-RAY DIFFRACTION100
5.9302-37.03750.20141480.17332603X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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