PDB-4k23: Structure of anti-uPAR Fab ATN-658

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k23

タイトル

Structure of anti-uPAR Fab ATN-658

要素

anti-uPAR antibody, heavy chain
anti-uPAR antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yuan, C. / Huang, M. / Chen, L.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Identification of a New Epitope in uPAR as a Target for the Cancer Therapeutic Monoclonal Antibody ATN-658, a Structural Homolog of the uPAR Binding Integrin CD11b ( alpha M)
著者: Xu, X. / Cai, Y. / Wei, Y. / Donate, F. / Juarez, J. / Parry, G. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Ahn, R.W. / Ugolkov, A. / Dubrovskyi, O. / O'halloran, T.V. / Huang, M. / Mazar, A.P.

履歴

登録	2013年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k23.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k23.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4k23_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k23_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	4k23_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4k23_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k23	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k24C 2ddqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jzo-2 5mvj-2 4odu-1 3nz8-1 1rur-d 5k8a-3 5lgh-d 2gk0-2 1ucb-d 3bdy-1 1mjj-1 5vh4-2 3lex-1 6obz-1 6rlm-3 6dc8-d 3qnx-d 1rul-d 5mx3-1 2o5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: anti-uPAR antibody, heavy chain

L: anti-uPAR antibody, light chain

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.313, 132.296, 46.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	anti-uPAR antibody, heavy chain 分子量: 24482.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	anti-uPAR antibody, light chain 分子量: 24156.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.
由来についての詳細	THE ANTIBODY ATN658 IS A MONOCLONAL ANTIBODY RAISED AGAINST UROKINASE RECEPTOR IN MOUSE.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 8.25 詳細: 20-22% PEG3350, 0.1M Tris(PH 8.0-8.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.04
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→66.08 Å / Num. obs: 49312 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.29 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DDQ

2ddq

解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2511	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.201	49278	85.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	2.44 Å²
2-	-	-1.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	0	324	3627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.949	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.675	24.341	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.615	15	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.912	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.927	1.5	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.481	2	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.083	4.5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	131	-
R_work	0.195	2800	-
obs	-	-	68.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6172	3.205	-1.9415	6.1615	-1.278	1.1009	-0.0128	-0.125	-0.3012	0.1125	-0.0208	-0.4211	0.1114	0.1686	0.0336	-0.0026	0.0239	-0.0253	0.0753	-0.0285	0.0744	14.392	80.42	73.183
2	29.4787	-6.9569	1.8552	7.2427	-0.836	0.7091	-0.2439	-0.3594	-0.4014	0.6107	0.3582	0.4868	-0.039	-0.0265	-0.1143	0.0523	0.0009	0.0496	0.0028	0.0142	0.0717	-4.691	70.094	77.572
3	9.3562	3.8178	-2.1465	3.7728	-1.8682	0.937	-0.0065	-0.1217	-0.0882	0.1042	0.0984	-0.0302	-0.0463	0.0792	-0.0919	0.0272	-0.0125	0.0147	0.0406	-0.0619	0.0413	7.406	84.455	75.111
4	1.2413	2.1213	0.0352	3.6806	0.2833	0.8964	0.021	-0.1082	0.091	-0.0612	-0.0339	0.1333	0.0188	0.0656	0.0128	0.0136	-0.003	0.0013	0.0354	-0.0385	0.1003	6.461	85.964	66.316
5	14.2339	-0.2014	0.1179	22.5049	-9.2113	6.7568	0.2138	0.1305	-1.2019	-0.624	-0.3488	0.6571	0.6511	-0.0154	0.135	0.096	-0.0164	-0.0034	0.0029	-0.0616	0.1272	1.591	71.123	60.489
6	1.6382	-0.3752	0.3952	0.6725	0.9287	1.8663	0.0122	0.0165	0.1865	-0.0404	0.0556	0.1064	-0.1376	-0.042	-0.0678	0.0328	0.0016	0.0156	0.0104	-0.0221	0.1293	0.862	90.816	66.628
7	0.7935	0.1696	-0.0103	2.2525	-2.2308	4.5699	-0.0447	-0.0305	-0.1758	-0.0864	-0.0601	-0.0173	0.1702	-0.0977	0.1048	-0.0126	0.0045	-0.0101	0.0358	-0.0005	0.1505	-9.636	82.477	64.792
8	14.2185	2.7205	5.7055	3.6459	-0.2899	2.9002	0.0363	-0.4689	0.46	0.3368	-0.0956	0.1805	-0.0796	-0.214	0.0593	0.0178	-0.0099	0.0167	0.0624	-0.0953	0.0449	3.9	89.928	76.54
9	14.6074	7.9114	1.0837	6.3767	1.8652	0.8614	0.1516	-0.2127	0.0082	0.2241	0.0095	0.1916	0.0249	0.0353	-0.1611	0.0361	-0.0059	-0.0056	0.0174	0.0143	0.0529	-0.625	82.498	74.918
10	4.2298	3.351	-1.6031	4.8591	-1.1665	0.6124	-0.0873	-0.0114	-0.0241	-0.0839	0.0519	0.1713	0.049	0.0332	0.0355	0.0254	-0.0155	-0.0084	0.0268	-0.0373	0.0794	1.558	76.259	67.118
11	8.0104	-1.295	7.4509	8.804	-4.6758	9.515	-0.377	0.0887	0.4916	0.0245	0.1084	0.0735	-0.6882	0.0556	0.2687	0.0547	-0.0091	0.0109	0.034	-0.0425	0.0961	11.662	89.537	60.827
12	1.9393	0.9879	-0.049	1.5831	-0.6503	0.3634	0.1807	-0.1752	-0.1584	0.1453	0.0557	0.1089	-0.0657	0.0771	-0.2364	0.0355	0.0049	-0.0021	0.0433	0.0166	0.1092	1.302	70.487	72.72
13	9.5079	-6.5033	-2.2592	5.0824	1.5565	1.5181	-0.1873	0.0214	-0.2957	0.3076	0.0038	0.0778	0.0376	0.0416	0.1835	0.02	0.0004	-0.0027	0.0291	0.0084	0.0554	9.349	49.267	79.252
14	24.6087	-7.4757	-6.1813	6.0959	0.4835	2.0609	-0.3005	0.3619	-0.3594	0.0955	-0.1431	-0.2326	-0.0204	-0.0915	0.4436	-0.0125	0.0048	-0.0195	0.0546	0.0174	0.0771	18.919	46.134	73.09
15	4.2571	-2.9361	-0.6143	3.8848	1.2453	0.6855	0.1805	0.145	-0.1242	-0.0127	-0.0856	0.0674	-0.1522	-0.0504	-0.0949	0.06	0.0232	-0.0164	0.0328	-0.0122	0.0278	2.669	57.909	76.221
16	3.514	0.7679	1.566	1.2316	-0.1346	1.013	0.1401	0.1459	-0.0021	0.1114	-0.1314	-0.151	-0.2478	0.0873	-0.0088	0.032	-0.0215	-0.0153	0.0665	0.0206	0.0105	19.915	56.488	74.789
17	7.5956	-1.9817	-1.2566	1.211	0.5065	0.6348	0.1447	0.3032	-0.303	-0.0223	-0.1306	0.1008	-0.0903	-0.081	-0.0141	0.0108	0.0289	-0.0265	0.0785	-0.0164	0.0307	4.65	53.825	70.961
18	4.242	-1.917	-1.9578	4.5226	1.1394	0.9213	-0.1274	-0.13	-0.0878	0.2976	-0.0745	-0.705	0.1129	0.231	0.202	-0.0512	0.0264	-0.0463	0.0824	0.1103	0.2282	27.47	45.313	77.478
19	14.9378	-7.7579	-1.3299	4.8649	-0.0496	0.774	0.1175	-0.3443	0.2452	0.0649	-0.0617	-0.0878	0.0123	0.0014	-0.0557	0.0738	-0.0249	0.0009	0.0585	-0.0643	-0.0187	10.424	59.067	82.967
20	5.2188	-7.7721	-4.1113	18.6662	1.1275	6.7575	-0.123	-0.4125	-0.6283	0.508	-0.2227	-0.1919	0.0087	0.0131	0.3457	0.0236	-0.0127	-0.0558	0.0507	0.0781	0.0617	17.945	45.564	83.257
21	6.7452	-4.4131	-2.3352	4.0124	1.2972	0.8557	0.0976	0.4195	-0.1078	-0.1855	-0.1688	0.0662	0.006	-0.1386	0.0711	0.032	0.0037	-0.0513	0.1016	-0.0738	-0.0496	11.526	70.14	46.181
22	5.3984	3.2519	-1.4682	8.3176	0.3866	1.7684	0.4661	1.2698	0.8252	0.0273	-0.2077	-0.0095	-0.2298	-0.3733	-0.2585	0.0757	0.1353	0.0398	0.1024	0.2061	0.0452	3.993	87.983	44.899
23	2.3413	-3.9818	0.728	7.9158	-3.4679	4.5727	-0.1228	0.0749	0.3038	0.3412	0.0648	-0.1892	0.015	0.235	0.058	0.0394	0.0006	-0.0235	0.0304	0.0075	0.0298	12.982	78.634	55.526
24	2.7793	-1.2107	-2.9168	2.91	-0.4013	4.2343	0.2049	-0.1711	0.4119	-0.0987	0.1679	-0.1523	-0.077	0.3052	-0.3728	0.0195	-0.0427	0.0013	0.0452	-0.0458	0.0469	17.671	83.127	54.156
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27	3.8843	-4.0621	-0.6548	6.1971	-0.1299	0.616	-0.06	0.0538	0.1	0.0844	0.187	0.0484	0.013	0.0093	-0.127	0.043	0.0017	-0.0304	0.0483	-0.0121	0.0011	9.451	77.473	53.22
28	7.0207	-6.4857	-2.3733	7.6612	2.0873	1.0638	-0.076	0.0974	-0.0876	-0.0449	0.0756	0.1805	0.0737	-0.0886	0.0004	0.0265	-0.0076	-0.0326	0.0511	-0.0173	0.0006	5.602	75.273	53.736
29	1.1487	1.1862	-1.8425	2.3662	-1.9275	2.9559	-0.0603	-0.0678	-0.2172	-0.0962	-0.0843	-0.1753	0.075	0.1465	0.1446	0	-0.0259	0.0219	0.0266	-0.0344	0.0835	16.525	45.77	64.078
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38	5.8678	7.1667	-9.159	9.1324	-12.6594	20.017	-0.1468	0.1448	-0.4527	-0.2862	0.0287	-0.4307	0.0704	-0.0599	0.1181	0.0238	-0.0376	0.0771	0.0028	-0.0761	0.1818	8.512	33.033	66.596
39	1.9026	2.3401	-2.2614	4.9178	-3.2705	9.2524	-0.5424	0.2122	-0.6074	-0.7572	0.2546	-0.4296	0.6965	-0.2823	0.2878	0.0983	-0.0633	0.1338	0.0148	-0.1396	0.0944	15.581	38.46	56.068
40	8.7775	5.5017	-7.1063	18.1457	-5.3406	13.1753	-0.2533	-0.5552	-1.1703	0.1015	-0.4034	-1.376	-0.0029	0.6119	0.6567	-0.082	0.0217	0.0014	0.0216	0.0713	0.3117	11.578	29.254	74.083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	9 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	16 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	30 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	40 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	47 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	61 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	68 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	76 - 82
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	83 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	96 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	103 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	116 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	135 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	142 - 149
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	150 - 165
17	X-RAY DIFFRACTION	17	H	166 - 181
18	X-RAY DIFFRACTION	18	H	182 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	H	194 - 206
20	X-RAY DIFFRACTION	20	H	207 - 213
21	X-RAY DIFFRACTION	21	L	1 - 22
22	X-RAY DIFFRACTION	22	L	23 - 29
23	X-RAY DIFFRACTION	23	L	30 - 43
24	X-RAY DIFFRACTION	24	L	44 - 57
25	X-RAY DIFFRACTION	25	L	58 - 76
26	X-RAY DIFFRACTION	26	L	77 - 81
27	X-RAY DIFFRACTION	27	L	82 - 93
28	X-RAY DIFFRACTION	28	L	94 - 105
29	X-RAY DIFFRACTION	29	L	106 - 123
30	X-RAY DIFFRACTION	30	L	124 - 133
31	X-RAY DIFFRACTION	31	L	134 - 142
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	L	184 - 189
38	X-RAY DIFFRACTION	38	L	190 - 195
39	X-RAY DIFFRACTION	39	L	196 - 208
40	X-RAY DIFFRACTION	40	L	209 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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