PDB-4k12: Structural Basis for Host Specificity of Factor H Binding by Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k12

タイトル

Structural Basis for Host Specificity of Factor H Binding by Streptococcus pneumoniae

要素

Choline binding protein A
Complement factor H

キーワード

IMMUNE SYSTEM/CHOLINE BINDING PROTEIN / protein-protein complex / Complement-binding complex / IMMUNE SYSTEM-CHOLINE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / complement component C3b binding / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.079 Å

データ登録者

Liu, A. / Achila, D. / Banerjee, R. / Martinez-Hackert, E. / Li, Y. / Yan, H.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Structural determinants of host specificity of complement Factor H recruitment by Streptococcus pneumoniae.
著者: Achila, D. / Liu, A. / Banerjee, R. / Li, Y. / Martinez-Hackert, E. / Zhang, J.R. / Yan, H.

履歴

登録	2013年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k12.cif.gz	79.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k12.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k12_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k12_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	4k12_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	4k12_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kbw-2 3fau-3 4iuv-1 1b3s-2 5aq0-d 4iuu-1 1ifg-d 3q4a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Complement factor H

B: Choline binding protein A

17 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.587, 48.985, 71.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Complement factor H / Factor H protein / H factor 1 分子量: 7270.953 Da / 分子数: 1 / 断片: sushi domain (UNP residues 508-567) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1, HF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08603
#2: タンパク質	Choline binding protein A / CbpA 分子量: 9737.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 68-148 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: SPAR136_2333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G6W2B2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.14	42.45
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	4.6	20% PEG3500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	4.6	20% PEG3500, 0.1 M sodium acetate, soaked in 0.5 M sodium iodide, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-G	1	0.97856
シンクロトロン	APS	21-ID-D	2	1.45868

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2012年10月14日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2012年10月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Diamond(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	KOHZU Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97856	1
2	1.45868	1

Reflection

冗長度: 13.5 % / Av σ(I) over netI: 35.17 / 数: 93440 / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1.05 / D res high: 2.29 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6909 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.21	50	99.5	1	0.08	0.679	12.2
4.93	6.21	100	1	0.081	0.762	13.2
4.31	4.93	100	1	0.083	0.884	13.2
3.92	4.31	99.7	1	0.089	1.065	13.1
3.63	3.92	99.7	1	0.088	0.99	13.2
3.42	3.63	100	1	0.092	1.089	13.6
3.25	3.42	99.7	1	0.097	1.069	13.7
3.11	3.25	100	1	0.102	1.117	13.6
2.99	3.11	100	1	0.112	1.194	13.8
2.89	2.99	100	1	0.125	1.138	13.9
2.79	2.89	100	1	0.124	1.119	13.9
2.72	2.79	100	1	0.136	1.138	13.9
2.64	2.72	100	1	0.152	1.162	14
2.58	2.64	100	1	0.156	1.073	14
2.52	2.58	100	1	0.163	1.088	13.9
2.47	2.52	100	1	0.182	1.096	14.1
2.42	2.47	100	1	0.191	1.103	13.7
2.37	2.42	100	1	0.205	1.159	14
2.33	2.37	100	1	0.207	1.132	13.7
2.29	2.33	76.2	1	0.221	1.068	11.8

反射

解像度: 1.079→50 Å / Num. all: 63403 / Num. obs: 63150 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.079-1.12	5.9	0.359	6252	0.914	1,2	99.7
1.12-1.16	6.9	0.252	6230	1.005	1,2	100
1.16-1.22	7	0.194	6257	1.071	1,2	100
1.22-1.28	7	0.152	6280	1.112	1,2	100
1.28-1.36	7.1	0.126	6290	1.147	1,2	100
1.36-1.47	7.2	0.091	6279	1.076	1,2	100
1.47-1.61	7.2	0.065	6327	1.042	1,2	100
1.61-1.85	7.1	0.055	6356	1.068	1,2	100
1.85-2.33	7.2	0.037	6409	0.964	1,2	100
2.33-50	6.8	0.03	6470	0.972	1,2	96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	40.39 Å
Translation	2.5 Å	40.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.079→19.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.9283 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1703	3201	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1544	-	-	-
obs	0.1552	63060	99.53 %	-
all	-	63403	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.282 Å² / k_sol: 0.421 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.73 Å² / B_iso mean: 14.7118 Å² / B_iso min: 6.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9173 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5749 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.4922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.079→19.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	0	255	1405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	1733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.305	505

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.079-1.0956	0.3075	125	0.2743	2541	2666	97
1.0956-1.1127	0.2811	149	0.2303	2547	2696	100
1.1127-1.131	0.1852	141	0.1804	2575	2716	100
1.131-1.1504	0.1652	123	0.1664	2598	2721	100
1.1504-1.1714	0.1734	131	0.1426	2572	2703	100
1.1714-1.1939	0.1574	149	0.1355	2572	2721	100
1.1939-1.2183	0.1714	138	0.1329	2584	2722	100
1.2183-1.2447	0.1266	139	0.1255	2563	2702	100
1.2447-1.2737	0.1513	145	0.1277	2594	2739	100
1.2737-1.3055	0.1634	128	0.1276	2618	2746	100
1.3055-1.3408	0.1228	144	0.1219	2580	2724	100
1.3408-1.3803	0.1283	151	0.1227	2597	2748	100
1.3803-1.4248	0.1477	154	0.124	2567	2721	100
1.4248-1.4757	0.1421	160	0.1147	2581	2741	100
1.4757-1.5348	0.1239	121	0.1143	2640	2761	100
1.5348-1.6046	0.1307	158	0.1177	2597	2755	100
1.6046-1.6892	0.1467	146	0.124	2625	2771	100
1.6892-1.7949	0.1464	140	0.1348	2598	2738	100
1.7949-1.9334	0.1537	115	0.1451	2665	2780	100
1.9334-2.1278	0.1693	125	0.1468	2655	2780	100
2.1278-2.4352	0.1635	137	0.1557	2664	2801	100
2.4352-3.0663	0.1956	151	0.1717	2690	2841	100
3.0663-19.9671	0.2098	131	0.1956	2636	2767	94

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