PDB-4iuv: crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iuv

タイトル

crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide

要素

Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

キーワード

GENE REGULATION / tandem tudor / zinc finger / H3K9me2 / mediate interaction / histone / methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / plastid / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.
著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2013年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iuv.cif.gz	131.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iuv.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iuv_validation.pdf.gz	883.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iuv_full_validation.pdf.gz	889.4 KB	表示
XML形式データ	4iuv_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	4iuv_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iupSC 4iuqC 4iurC 4iutC 4iuuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iuq-1 4iut-1 4iur-2 4iup-1 4iur-1 4iuu-2 4iuq-2 4txq-1 5a51-1 4iuu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3

ヘテロ分子

34.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1

C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.355, 54.533, 53.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1 / Uncharacterized protein 分子量: 15780.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: F9L1.16, At1g15215, AT1G15215 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9XI47
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3.2, H3(1-15)K9me3 分子量: 1591.835 Da / 分子数: 1 / 断片: H3(1-15)K4me1K9me1 peptide (unp residues 2-16) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: H3(1-15)K4me1K9me1 peptide was synthesized 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P59226
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド分子量: 480.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₀O₁₁
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月15日
放射	モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 8999 / Num. obs: 8999 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.123 / R_sym value: 0.123 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 880 / R_sym value: 0.514 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IUP

4iup

解像度: 2.8→39.526 Å / SU ML: 1.04 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2526	425	4.76 %	RANDOM
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2068	8936	99.9 %	-
all	-	9361	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 15.905 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7323 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.1904 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.9227 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2224	0	46	43	2313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.002	3111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.681	890
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-3.205	0.3463	147	0.2664	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.205-4.0374	0.2597	135	0.2035	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0374-39.5296	0.2079	143	0.1801	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.111	-5.003	2.4899	6.4563	-1.6723	5.4255	-0.1214	-0.0934	-0.3427	0.5738	0.2602	0.0277	0.2608	-0.1272	-0.1792	0.3261	-0.0041	-0.0785	0.2391	-0.0322	0.1247	-21.1316	-19.6869	7.4293
2	5.2808	-0.8246	-2.9184	4.0589	-0.7688	3.7201	-0.3913	-0.065	-0.0262	-1.1133	-0.0717	0.3916	0.6943	-0.0018	0.0594	0.1104	0.0496	-0.0676	0.2831	0.0562	0.2437	-25.1037	-20.9154	7.7165
3	6.7977	2.3354	5.4175	7.4852	3.7838	2.1922	-0.1973	0.1949	0.4775	0.5328	0.2171	0.4123	-0.6345	0.4937	0.0869	0.2452	-0.0404	-0.0291	0.3711	0.0473	0.2033	-21.371	-14.2658	23.9476
4	8.581	0.0304	2.1088	2.723	1.4576	2.1756	-0.3591	-0.6592	-1.6372	-0.274	-0.4545	0.5743	0.4533	-0.404	0.2782	0.444	0.0073	0.0199	0.4195	0.0704	0.0964	-25.901	-22.3166	14.3689
5	3.8914	1.8389	-1.3422	2.5847	0.1953	8.7504	-0.0297	-0.2561	0.0667	0.1561	-0.0667	0.0034	-0.4381	0.1565	-0.011	0.204	0.0736	0.0337	0.275	0.0014	0.1997	-20.8529	-16.6481	12.751
6	4.5498	0.5489	-6.605	4.3462	-3.0652	2.0123	-0.488	1.1761	-0.1365	-0.6295	-0.0674	0.4458	-0.3271	-1.0355	0.0858	0.1712	0.0118	0.0059	0.3457	-0.0219	0.2874	-23.5283	-16.4632	-6.3219
7	2.4051	1.2338	2.6639	3.1676	1.284	5.7964	-0.1937	0.0106	0.603	-0.2128	-0.0608	0.2437	-0.5833	0.1177	0.3866	0.3098	0.0335	0.0776	0.2812	0.0087	0.2182	-15.5956	-11.4086	-12.2118
8	3.9447	-1.2099	-0.1553	3.1089	1.4729	2.5387	0.276	-0.4537	-0.8251	0.8051	0.2354	-1.5988	2.9712	0.4355	-0.0201	-0.6846	0.5978	0.0162	0.4463	-0.0794	0.5301	-12.5094	-27.4746	-1.4106
9	1.8413	0.6077	-0.5336	2.7806	-0.9986	4.3971	-0.1597	0.3903	-0.0728	-0.184	0.2613	-0.3766	0.205	0.2155	-0.0064	0.1701	0.017	0.0011	0.3697	-0.0368	0.2262	-13.1925	-19.0199	-12.8015
10	0.2937	0.2196	1.3669	2.5095	-1.1639	6.7538	0.1794	-0.4837	0.6499	0.5281	0.5133	-0.4796	-0.5671	0.7788	-0.265	0.2764	0.1225	-0.1006	0.6428	-0.0448	0.3185	-5.7184	-20.198	-2.6674
11	6.7147	0.5301	-0.794	2.016	0.6004	8.2074	-0.6042	-0.0929	-0.2673	0.3269	0.6221	0.0415	-0.3103	0.5951	-0.049	0.2161	0.0552	0.0115	0.2381	0.022	0.1583	-14.9122	-18.5718	-6.9706
12	5.4513	1.0525	3.1379	4.4949	1.77	7.9515	0.0908	0.7756	-0.0474	0.029	0.0021	0.0156	0.5803	-0.779	0.0786	0.2574	0.0674	-0.065	0.4332	-0.1369	0.2441	-23.5035	-42.9869	28.0774
13	1.5246	-0.9914	-2.0938	2.8533	1.8605	4.7875	0.0703	0.0716	-0.0633	0.0603	-0.002	-0.1459	-0.0325	0.3673	-0.1143	0.1873	0.0104	-0.0554	0.2341	-0.0485	0.2161	-17.8607	-38.5548	38.8872
14	1.9491	-0.6663	-1.9358	0.532	-0.0165	3.6417	-0.0956	1.0246	-0.2877	-0.9046	-0.0762	0.2315	0.8389	-0.5968	0.1533	0.5286	-0.0252	-0.0085	0.6358	-0.1637	0.3203	-15.5124	-43.1254	13.6645
15	9.4357	-0.9685	5.5129	0.5545	-0.2572	3.6201	0.2042	-1.0287	0.9699	-0.3374	-0.1862	-0.7915	-0.574	1.4177	0.1944	0.1031	0.0149	-0.0601	0.8061	0.0122	0.4547	-3.1983	-41.7711	25.4844
16	3.2128	-0.1844	0.2801	3.4806	-2.5183	5.6715	0.0417	0.7462	-0.0296	-0.2091	0.2855	-0.222	0.118	0.8958	-0.2213	0.2486	-0.0444	0.0373	0.4238	-0.0818	0.332	-6.8154	-37.5337	18.3747
17	2.0482	1.2743	1.2207	5.4372	3.5159	8.3378	-0.2351	0.7924	-0.2579	-0.5623	0.0151	-0.0391	0.6497	0.3863	0.115	0.4033	0.0605	0.1291	0.5952	-0.1326	0.3788	-5.1397	-41.1492	13.3465
18	6.0249	5.2396	1.4051	4.625	0.4338	2.1717	-0.5423	0.5324	-0.5861	-0.1526	0.372	0.1425	0.4494	-0.2271	-0.1013	0.375	0.0107	0.0044	0.4843	-0.1222	0.26	-13.9353	-43.1877	17.9647
19	4.116	-0.5629	0.857	1.8005	-0.1268	4.8875	-0.4005	0.0505	-1.2433	0.113	1.0828	-0.5028	0.7319	0.89	-0.3684	0.309	-0.1915	-0.0277	0.4299	-0.0581	0.6701	-6.1185	-47.8668	30.755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 125:138)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 139:145)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 146:155)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 156:169)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 170:181)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 182:187)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 188:198)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 199:209)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 210:232)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 233:243)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 244:257)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 124:132)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 133:181)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resseq 182:198)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resseq 199:209)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resseq 210:221)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resseq 222:248)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resseq 249:257)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C'

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)