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万見
- PDB-4k0u: Pilotin/secretin peptide Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k0u
タイトルPilotin/secretin peptide Complex
要素
  • Lipoprotein OutS
  • Type II secretion system protein D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type II secretion system / pilotin-secretin complex / Outer membrane / Dickeya dadantii
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / intracellular protein transport / cell outer membrane / protein processing
類似検索 - 分子機能
Chaperone lipoprotein PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. ...Chaperone lipoprotein PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretin OutD / Pilotin OutS
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rehman, S. / Pickersgill, R.W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Anatomy of secretin binding to the Dickeya dadantii type II secretion system pilotin.
著者: Rehman, S. / Gu, S. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W.
#1: ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into the pilotin-secretin complex of the type II secretion system.
著者: Gu, S. / Rehman, S. / Wang, X. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2013年5月15日ID: 3UYM
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein OutS
B: Type II secretion system protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4422
ポリマ－13,4422
非ポリマー00
水25214
1
A: Lipoprotein OutS
B: Type II secretion system protein D

A: Lipoprotein OutS
B: Type II secretion system protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8844
ポリマ－26,8844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.602, 53.602, 142.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein OutS


分子量: 11591.064 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (バクテリア) / 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_02411, outS, OutS Dda3937_02411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01567
#2: タンパク質・ペプチド Type II secretion system protein D / T2SS protein D / General secretion pathway protein D / Pectic enzymes secretion protein OutD


分子量: 1850.983 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 693-705 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide C-terminal OutD (Dickeya dadantii 3937)
由来: (合成) Dickeya dadantii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q01565
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES ARG B 1 AND ASP B 15 WERE ADDED TO THE SYNTHETIC PEPTIDE TO AID SOLUBILITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium, 2M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.48 Å / Num. obs: 7209 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1009 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UTK

3utk


解像度: 2.15→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.019 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27597 367 5.1 %RANDOM
Rwork0.20994 ---
all0.21298 7209 --
obs0.21298 6790 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å21.04 Å2-0 Å2
2--1.04 Å2-0 Å2
3----3.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 0 14 875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.9631185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8313.0021913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7755108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.50424.3941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4215152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.268157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 24 -
Rwork0.3 481 -
obs-8147 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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