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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jxe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Schizosaccharomyces pombe sst2 catalytic domain | ||||||
要素 | AMSH-like protease sst2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Helix-beta-helix sandwich / ubiquitin / dequbiquitination / Zinc metalloprotease / deubiquitination / cytosol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metalloprotease DUBs / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / late endosome to vacuole transport / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cell division site ...Metalloprotease DUBs / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / late endosome to vacuole transport / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cell division site / ubiquitin binding / endosome / zinc ion binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.451 Å | ||||||
データ登録者 | Shrestha, R.K. / Das, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014 タイトル: Insights into the Mechanism of Deubiquitination by JAMM Deubiquitinases from Cocrystal Structures of the Enzyme with the Substrate and Product. 著者: Shrestha, R.K. / Ronau, J.A. / Davies, C.W. / Guenette, R.G. / Strieter, E.R. / Paul, L.N. / Das, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jxe.cif.gz | 175.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jxe.ent.gz | 139.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/4jxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/4jxe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21981.732 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (245-435) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sst2, SPAC19B12.10 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q9P371, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20 % w/v polyethylene glycol 3,350 , 30% w/v 1,6- hexanediol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→29.64 Å / Num. all: 81050 / Num. obs: 80642 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZNR 解像度: 1.451→29.64 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.451→29.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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