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- PDB-4jwc: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jwc
タイトルCrystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with bovine Bac7(1-16)
要素
  • Cathelicidin-3
  • Chaperone protein DnaK
キーワードCHAPERONE/Antibiotic / chaperone / peptide binding / antimicrobial peptide / PEPTIDE BINDING PROTEIN / CHAPERONE-PROTEIN BINDING complex / CHAPERONE-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / DNA replication / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Chaperone DnaK / Cystatin superfamily / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 ...Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Chaperone DnaK / Cystatin superfamily / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein DnaK / Cathelicidin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zahn, M. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structural Identification of DnaK Binding Sites within Bovine and Sheep Bactenecin Bac7.
著者: Zahn, M. / Kieslich, B. / Berthold, N. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Chaperone protein DnaK
C: Cathelicidin-3
D: Cathelicidin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0997
ポリマ－51,8114
非ポリマー2883
水6,702372
1
A: Chaperone protein DnaK
C: Cathelicidin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0013
ポリマ－25,9052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaperone protein DnaK
D: Cathelicidin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0974
ポリマ－25,9052
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Chaperone protein DnaK
D: Cathelicidin-3
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
C: Cathelicidin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0997
ポリマ－51,8114
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area4950 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.647, 163.042, 44.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-469-

MET

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: uno residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド Cathelicidin-3 / Bactenecin-7 / Bac7 / PR-59


分子量: 2084.570 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 131-146 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P19661
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.68 Å / Num. obs: 53610 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 3DPO

3dpo


解像度: 1.8→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9397 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 1101 2.06 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2032 53476 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.818 Å20 Å20 Å2
2---3.3079 Å20 Å2
3----0.5101 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 15 372 3773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114746HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1318SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes502HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3506HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion488SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4298SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 74 1.95 %
Rwork0.2061 3727 -
all0.206 3801 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6336-0.3469-0.1480.6790.14290.0441-0.1078-0.00210.1450.02030.06530.02240.0023-0.06490.0425-0.1120.00180.0027-0.0217-0.03150.0625-32.968937.9138-21.6031
23.82452.3289-2.6323.4745-2.91043.5827-0.03770.3423-0.0888-0.24690.45680.53850.3718-0.3405-0.4191-0.1701-0.0511-0.036-0.11910.03190.2115-30.138520.9711-19.2964
34.6895-2.9104-1.37321.3870.4223.3588-0.0071-0.26120.27480.10220.3790.4799-0.1348-0.5354-0.3719-0.304-0.03670.1218-0.13840.12380.304-54.999218.9319-3.3084
40.8935-0.2069-0.15631.62160.54140.74820.0206-0.0889-0.1044-0.04690.0197-0.14810.04520.0983-0.0404-0.0882-0.01830-0.05570.00180.082-11.572418.1745-5.3789
53.733-0.4429-0.19143.87790.78831.0146-0.0489-0.2008-0.26240.0957-0.05760.5280.0736-0.18590.1065-0.1578-0.0294-0.0313-0.10890.0283-0.0253-23.096518.8096-4.3989
60.1898-1.515-2.91040.29791.55386.64470.03620.5352-0.1334-0.1345-0.0383-0.0470.07740.14220.0022-0.2149-0.1520.01180.0154-0.1520.2242-20.6219-8.5714-20.5052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|389 - A|506 }A389 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|507 - A|542 }A507 - 542
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|543 - A|601 }A543 - 601
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|389 - B|494 }B389 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|495 - B|539 }B495 - 539
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|540 - B|599 }B540 - 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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