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- PDB-4jvl: Crystal structure of human estrogen sulfotransferase (SULT1E1) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvl
タイトルCrystal structure of human estrogen sulfotransferase (SULT1E1) in complex with inactive cofactor PAP and estradiol (E2)
要素Estrogen sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / cytosolic sulfotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


estrogen catabolic process / estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity ...estrogen catabolic process / estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / steroid metabolic process / positive regulation of fat cell differentiation / steroid binding / nuclear membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / ESTRADIOL / Sulfotransferase 1E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Gosavi, R.A. / Knudsen, G.A. / Birnbaum, L.S. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Environ.Health Perspect. / 年: 2013
タイトル: Mimicking of Estradiol Binding by Flame Retardants and Their Metabolites: A Crystallographic Analysis.
著者: Gosavi, R.A. / Knudsen, G.A. / Birnbaum, L.S. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen sulfotransferase
B: Estrogen sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,12913
ポリマ－70,4132
非ポリマー1,71611
水10,521584
1
A: Estrogen sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1157
ポリマ－35,2061
非ポリマー9096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Estrogen sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0146
ポリマ－35,2061
非ポリマー8085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.762, 96.902, 61.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Estrogen sulfotransferase / EST-1 / Sulfotransferase 1E1 / ST1E1 / Sulfotransferase / estrogen-preferring


分子量: 35206.359 Da / 分子数: 2 / 変異: V269E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STE, SULT1E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49888, estrone sulfotransferase

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非ポリマー , 5種, 595分子

#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 18-24% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月11日 / 詳細: VARIMAX-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→50 Å / Num. all: 54299 / Num. obs: 54299 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.943→2.02 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5404 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G3M

1g3m


解像度: 1.943→27.248 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 2567 4.74 %PDB ENTRIES 4JVL, 4JVM, AND 4JVN USE SAME TEST SET
Rwork0.1733 ---
obs0.1753 54134 99.22 %-
all-54299 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.943→27.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4867 0 113 584 5564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1367073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0881959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.943-1.98030.30611320.24182649X-RAY DIFFRACTION93
1.9803-2.02070.27821380.2212887X-RAY DIFFRACTION100
2.0207-2.06460.24891500.20532889X-RAY DIFFRACTION100
2.0646-2.11260.25411350.19312834X-RAY DIFFRACTION100
2.1126-2.16540.2221580.18892899X-RAY DIFFRACTION100
2.1654-2.2240.2421280.18542861X-RAY DIFFRACTION100
2.224-2.28940.24981410.19052875X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.36320.23691460.18172889X-RAY DIFFRACTION100
2.3632-2.44760.24641510.1792853X-RAY DIFFRACTION100
2.4476-2.54560.21661410.18962884X-RAY DIFFRACTION100
2.5456-2.66130.23591440.18312856X-RAY DIFFRACTION100
2.6613-2.80150.25921360.18642897X-RAY DIFFRACTION99
2.8015-2.97680.23591500.19572820X-RAY DIFFRACTION98
2.9768-3.20630.18631370.18892891X-RAY DIFFRACTION99
3.2063-3.52840.22531570.16682865X-RAY DIFFRACTION100
3.5284-4.03750.18031410.14722879X-RAY DIFFRACTION99
4.0375-5.08150.15771460.13412883X-RAY DIFFRACTION99
5.0815-27.25110.2191360.16482956X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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