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万見
- PDB-4jv4: Crystal Structure of RIalpha(91-379) bound to HE33, a N6 di-propy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jv4
タイトルCrystal Structure of RIalpha(91-379) bound to HE33, a N6 di-propyl substituted cAMP analog
要素cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / cAMP-dependent protein kinase / cyclic nucleotide analogs / isoform selectivity / fluorescence anisotropy / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm head-tail coupling apparatus / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction ...sperm head-tail coupling apparatus / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cardiac muscle cell proliferation / sarcomere organization / cAMP-dependent protein kinase complex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A catalytic subunit binding / negative regulation of activated T cell proliferation / mesoderm formation / plasma membrane raft / immunological synapse / axoneme / cAMP binding / multivesicular body / cellular response to glucagon stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1OR / cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.952 Å
データ登録者Brown, S.H.J. / Cheng, C.Y. / Saldanha, A.S. / Wu, J. / Cottam, H. / Sankaran, B. / Taylor, S.S.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Implementing Fluorescence Anisotropy Screening and Crystallographic Analysis to Define PKA Isoform-Selective Activation by cAMP Analogs.
著者: Brown, S.H. / Cheng, C.Y. / Saldanha, S.A. / Wu, J. / Cottam, H.B. / Sankaran, B. / Taylor, S.S.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3213
ポリマ－32,4941
非ポリマー8272
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.830, 89.830, 185.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit


分子量: 32493.854 Da / 分子数: 1 / 断片: RIalpha (93-380) / 変異: deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKAR1A / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00514
#2: 化合物 ChemComp-1OR / (2R,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-(dipropylamino)-9H-purin-9-yl]tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinine-2,7-diol 2-oxide / N,N-ジプロピルアデノシン3′,5′-りん酸


分子量: 413.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 6.3% PEG 3350, 0.074 M sodium malonate (pH 7.0) after 3 weeks of growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 9906 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 40.6
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NE6

1ne6


解像度: 2.952→44.915 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 471 4.78 %
Rwork0.2184 --
obs0.2215 9850 99.61 %
all-9906 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.532 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1427 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.1427 Å20 Å2
3----14.2854 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.952→44.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1965 0 56 0 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4182806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.251736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.952-3.3790.32491600.2713011X-RAY DIFFRACTION99
3.379-4.25670.32731500.19463097X-RAY DIFFRACTION100
4.2567-44.92020.25581610.21513271X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.6589 Å / Origin y: -23.0921 Å / Origin z: -0.1964 Å
111213212223313233
T0.8218 Å20.1275 Å2-0.0276 Å2-0.1515 Å20.05 Å2--0.2622 Å2
L3.0722 °2-1.2295 °2-0.679 °2-1.572 °21.4125 °2--2.6439 °2
S-0.3424 Å °-0.3726 Å °0.051 Å °0.5593 Å °0.3392 Å °-0.0777 Å °1.1706 Å °0.3064 Å °0.0617 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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