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万見
- PDB-4jup: Dimeric structure of CARMA1 CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jup
タイトルDimeric structure of CARMA1 CARD
要素Caspase recruitment domain-containing protein 11
キーワードPROTEIN BINDING / Protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


thymic T cell selection / CBM complex / regulation of B cell differentiation / GMP kinase activity / CARD domain binding / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / TORC1 signaling / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway ...thymic T cell selection / CBM complex / regulation of B cell differentiation / GMP kinase activity / CARD domain binding / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / TORC1 signaling / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell proliferation / immunological synapse / homeostasis of number of cells / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of B cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / B cell differentiation / Activation of NF-kappaB in B cells / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Downstream TCR signaling / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / membrane raft / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD11, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / PDZ superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Park, H.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Novel Disulfide Bond-Mediated Dimerization of the CARD Domain Was Revealed by the Crystal Structure of CARMA1 CARD
著者: Jang, T.H. / Park, J.H. / Park, H.H.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 11
B: Caspase recruitment domain-containing protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8062
ポリマ－24,8062
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.887, 53.863, 92.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Caspase recruitment domain-containing protein 11 / CARD-containing MAGUK protein 1 / Carma 1


分子量: 12403.195 Da / 分子数: 2 / 断片: CARD domain, UNP residues 21-116 / 変異: E24D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD11, CARMA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXL7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 5000 MME, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 5890 / % possible obs: 12 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→41.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.707 / SU B: 37.556 / SU ML: 0.641 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.71 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.38756 200 4.6 %RANDOM
Rwork0.25868 ---
all0.264 ---
obs0.2646 4116 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→41.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 0 0 14 1348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.9721840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4925156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06923.78474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.95215242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.61.5794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20821280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6853567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0564.5560
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.229 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 20 -
Rwork0.291 281 -
obs--96.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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