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- PDB-4jug: Crystal structure of 1918 pandemic influenza virus hemagglutinin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jug
タイトルCrystal structure of 1918 pandemic influenza virus hemagglutinin mutant D225G
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of the receptor binding specificity switch of the hemagglutinins from both the 1918 and 2009 pandemic influenza A viruses by a D225G substitution
著者: Zhang, W. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Li, Q. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,68320
ポリマ－330,96312
非ポリマー3,7198
水3,729207
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,34110
ポリマ－165,4826
非ポリマー1,8604
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31060 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area59200 Å2
手法PISA
2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,34110
ポリマ－165,4826
非ポリマー1,8604
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31010 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area59340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.856, 120.856, 235.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35710.066 Da / 分子数: 6 / 断片: Hemagglutinin HA1 chain, UNP residues 18-339 / 変異: D225G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/18 (H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9WFX3
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 19450.465 Da / 分子数: 6 / 断片: Hemagglutinin HA2 chain, UNP residues 345-514 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/South Carolina/1/18 (H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9WFX3
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 104397 / Num. obs: 104397 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RUZ

1ruz


解像度: 2.7→47.901 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7625 / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 30.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 4892 5.03 %
Rwork0.2074 --
obs0.2104 97310 91.95 %
all-97310 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.028 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 172.88 Å2 / Biso mean: 63.6483 Å2 / Biso min: 21.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9131 Å2-0 Å2-0 Å2
2--9.9131 Å20 Å2
3----19.8263 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23158 0 246 207 23611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82632536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.458592
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6999-2.73060.39471240.32462253237767
2.7306-2.76270.35421390.31512421256072
2.7627-2.79640.40821180.29142616273478
2.7964-2.83180.38181310.27652730286181
2.8318-2.86910.36521490.26722809295884
2.8691-2.90840.3241630.25612916307987
2.9084-2.94990.32671600.26982932309287
2.9499-2.99390.3571660.26852909307588
2.9939-3.04070.34231630.24933016317989
3.0407-3.09050.31191500.24433002315290
3.0905-3.14380.33421510.25273068321992
3.1438-3.2010.31671970.24163121331893
3.201-3.26250.33621540.23693217337195
3.2625-3.32910.30891640.23153102326694
3.3291-3.40150.31011580.233186334495
3.4015-3.48060.30241890.21843231342096
3.4806-3.56760.25291750.21233212338797
3.5676-3.6640.27571840.20253269345397
3.664-3.77180.24791480.19953265341397
3.7718-3.89350.29061730.20213309348298
3.8935-4.03260.22211700.18063223339397
4.0326-4.19390.23641810.16353258343998
4.1939-4.38470.19041830.1593262344598
4.3847-4.61570.21161810.15933296347798
4.6157-4.90460.21851800.16033319349999
4.9046-5.28290.19221700.16433285345599
5.2829-5.81370.25471680.1833307347599
5.8137-6.6530.27941890.19833266345598
6.653-8.37480.21431580.1813349350799
8.3748-47.90830.20551560.18353269342597
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.8867 Å / Origin y: 34.988 Å / Origin z: -25.5766 Å
111213212223313233
T0.1995 Å20.0225 Å2-0.0109 Å2-0.2346 Å2-0.005 Å2--0.2174 Å2
L0.0628 °20.0086 °2-0.1273 °2-0.004 °20.0104 °2--0.277 °2
S-0.0097 Å °-0.0133 Å °-0.0113 Å °0.0012 Å °-0.0274 Å °0.0064 Å °0.048 Å °-0.0113 Å °0.0403 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA5 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1ALLB501 - 670
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC5 - 327
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD501 - 669
5X-RAY DIFFRACTION1ALLE5 - 327
6X-RAY DIFFRACTION1ALLF501 - 665
7X-RAY DIFFRACTION1ALLG5 - 327
8X-RAY DIFFRACTION1ALLH501 - 670
9X-RAY DIFFRACTION1ALLI5 - 327
10X-RAY DIFFRACTION1ALLJ501 - 667
11X-RAY DIFFRACTION1ALLK5 - 327
12X-RAY DIFFRACTION1ALLL501 - 665
13X-RAY DIFFRACTION1ALLA801 - 802
14X-RAY DIFFRACTION1ALLC801 - 802
15X-RAY DIFFRACTION1ALLD801 - 803
16X-RAY DIFFRACTION1ALLE801 - 802
17X-RAY DIFFRACTION1ALLG801 - 802
18X-RAY DIFFRACTION1ALLI801 - 802
19X-RAY DIFFRACTION1ALLJ801 - 803
20X-RAY DIFFRACTION1ALLK801 - 802
21X-RAY DIFFRACTION1ALLA901 - 916
22X-RAY DIFFRACTION1ALLB701 - 706
23X-RAY DIFFRACTION1ALLC901 - 935
24X-RAY DIFFRACTION1ALLD901 - 919
25X-RAY DIFFRACTION1ALLE901 - 918
26X-RAY DIFFRACTION1ALLF701 - 706
27X-RAY DIFFRACTION1ALLG901 - 914
28X-RAY DIFFRACTION1ALLH701 - 705
29X-RAY DIFFRACTION1ALLI901 - 945
30X-RAY DIFFRACTION1ALLJ901 - 924
31X-RAY DIFFRACTION1ALLK901 - 912
32X-RAY DIFFRACTION1ALLL701 - 707

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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