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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jtj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of R117K mutant of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MANNO-OCTULOSONATE / SYNTHASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS / TIM BARREL / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Allison, T.M. / Cochrane, F.C. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. 著者: Allison, T.M. / Cochrane, F.C. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 329.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30491.314 Da / 分子数: 4 / 変異: R117K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: kdsA, NMB1283 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl, cryoprotectant 20% glycerol and reservoir solution, Vapor ...詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl, cryoprotectant 20% glycerol and reservoir solution, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: AXCO PX70 CAPILLARY OPTIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→39.93 Å / Num. obs: 113642 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.07 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.1 / Scaling rejects: 3495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2QKF 解像度: 1.75→39.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2257 / WRfactor Rwork: 0.1965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8525 / SU B: 5.068 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1168 / SU Rfree: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.94 Å2 / Biso mean: 35.9257 Å2 / Biso min: 17.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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