PDB-2qkf: Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qkf

タイトル

Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis

要素

3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / MANNO-OCTULOSONATE /

SYNTHASE /

LIPOPOLYSACCHARIDE (リポ多糖) / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS /

TIM barrel (TIMバレル) / Lipopolysaccharide biosynthesis /

LYASE (リアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase /

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cochrane, F.C. / Patchett, M.L. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Re-Establishing a Metal-Binding Scaffold with Full Activity in the Metal-Independent Kdo8P Synthase from Neisseria Meningitidis
著者: Cochrane, F.C. / Patchett, M.L. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.

履歴

登録	2007年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qkf.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qkf.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1d9eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jtg-d 4jti-d 3fyp-d 3qpz-d 3stf-d 6mdy-d 4jtj-d 3fyo-d 3stc-d 3sz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase

B: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase

C: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase

D: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.515, 85.295, 162.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	5	A	A	2 - 52	2 - 52
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	5	B	B	2 - 52	2 - 52
3	1	ASP	ASP	LYS	LYS	5	C	C	2 - 52	2 - 52
4	1	ASP	ASP	LYS	LYS	5	D	D	2 - 52	2 - 52
5	2	ALA	ALA	VAL	VAL	6	A	A	53 - 69	53 - 69
6	2	ALA	ALA	VAL	VAL	6	B	B	53 - 69	53 - 69
7	2	ALA	ALA	VAL	VAL	6	C	C	53 - 69	53 - 69
8	2	ALA	ALA	VAL	VAL	6	D	D	53 - 69	53 - 69
9	3	GLY	GLY	ALA	ALA	5	A	A	70 - 113	70 - 113
10	3	GLY	GLY	ALA	ALA	5	B	B	70 - 113	70 - 113
11	3	GLY	GLY	ALA	ALA	5	C	C	70 - 113	70 - 113
12	3	GLY	GLY	ALA	ALA	5	D	D	70 - 113	70 - 113
13	4	ASP	ASP	GLU	GLU	5	A	A	220 - 236	220 - 236
14	4	ASP	ASP	GLU	GLU	5	B	B	220 - 236	220 - 236
15	4	ASP	ASP	GLU	GLU	5	C	C	220 - 236	220 - 236
16	4	ASP	ASP	GLU	GLU	5	D	D	220 - 236	220 - 236
17	5	LEU	LEU	GLN	GLN	5	A	A	256 - 274	256 - 274
18	5	LEU	LEU	GLN	GLN	5	B	B	256 - 274	256 - 274
19	5	LEU	LEU	GLN	GLN	5	C	C	256 - 274	256 - 274
20	5	LEU	LEU	GLN	GLN	5	D	D	256 - 274	256 - 274
21	6	PHE	PHE	LEU	LEU	6	A	A	114 - 121	114 - 121
22	6	PHE	PHE	LEU	LEU	6	B	B	114 - 121	114 - 121
23	6	PHE	PHE	LEU	LEU	6	C	C	114 - 121	114 - 121
24	6	PHE	PHE	LEU	LEU	6	D	D	114 - 121	114 - 121
25	7	VAL	VAL	VAL	VAL	5	A	A	122 - 197	122 - 197
26	7	VAL	VAL	VAL	VAL	5	B	B	122 - 197	122 - 197
27	7	VAL	VAL	VAL	VAL	5	C	C	122 - 197	122 - 197
28	7	VAL	VAL	VAL	VAL	5	D	D	122 - 197	122 - 197
29	8	VAL	VAL	SER	SER	6	A	A	197 - 200	197 - 200
30	8	VAL	VAL	SER	SER	6	B	B	197 - 200	197 - 200
31	8	VAL	VAL	SER	SER	6	C	C	197 - 200	197 - 200
32	8	VAL	VAL	SER	SER	6	D	D	197 - 200	197 - 200

#1: タンパク質	3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8- ...2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS 分子量: 30519.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) 遺伝子: kdsA / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 4.6 詳細: CRYSTALLISATION CONDITIONS: 18.6 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH RESERVOIR LIQUOR CONTAINING 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.60, 200 MICROMOLAR PEP, 0.6, 1.6 MOLAR SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: CRYSTALLISATION CONDITIONS: 18.6 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH RESERVOIR LIQUOR CONTAINING 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.60, 200 MICROMOLAR PEP, 0.6, 1.6 MOLAR SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %

結晶化

温度: 295 K / pH: 4.6
詳細: CRYSTALLISATION CONDITIONS: 18.6 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH RESERVOIR LIQUOR CONTAINING 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.60, 200 MICROMOLAR PEP, 0.6, 1.6 MOLAR SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月25日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS

放射

モノクロメーター: OSMIC BLUE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.95 % / Av σ(I) over netI: 13.4 / 数: 463387 / R_merge(I) obs: 0.043 / Χ²: 0.89 / D res high: 1.75 Å / D res low: 39.9 Å / Num. obs: 111333 / % possible obs: 97

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
3.77	39.9	99.9	0.023	0.77	4.16	2098
2.99	3.77	99.9	0.037	0.73	4.28	1611
2.61	2.99	99.8	0.057	0.77	4.21	2296
2.38	2.61	99.7	0.079	0.83	4.15	2513
2.2	2.38	99.6	0.107	0.88	4.1	2668
2.07	2.2	99.1	0.15	0.93	4.05	2897
1.97	2.07	99.1	0.211	0.99	4.04	2690
1.89	1.97	98.8	0.275	1.05	4	2946
1.81	1.89	95.2	0.33	1.08	3.52	2247
1.75	1.81	78.2	0.368	1.12	2.71	1204

反射

解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 111333 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.95 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.16 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.4SSI	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
d*TREK		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D9E

1d9e

解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.815 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AUTHORS STATE THAT THE SIDECHAINS OF HIS D 94, ARG B 165 and ASN B 190 HAVE TWO DISTINCT CONFORMATIONS, WITH AN HOH IN SITE A WHEN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	5588	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.197	105744	97 %	-
all	-	111333	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.119 Å	0.121 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7748	0	30	528	8306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.976	10990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.817	3	17838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.619	5	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.994	25	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.796	15	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.825	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.112	0.2	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.143	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.215	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.869	3	5121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.665	3	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.874	5	8300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.041	2	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.683	3	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1166	medium positional	0.19	0.5
2	B	1166	medium positional	0.39	0.5
3	C	1166	medium positional	0.19	0.5
4	D	1166	medium positional	0.25	0.5
1	A	2066	loose positional	0.71	5
2	B	2066	loose positional	0.88	5
3	C	2066	loose positional	0.65	5
4	D	2066	loose positional	0.84	5
1	A	1166	medium thermal	3.7	4
2	B	1166	medium thermal	2.98	4
3	C	1166	medium thermal	3.11	4
4	D	1166	medium thermal	2.38	4
1	A	2066	loose thermal	5.23	10
2	B	2066	loose thermal	4.72	10
3	C	2066	loose thermal	3.77	10
4	D	2066	loose thermal	3.22	10

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	321	-
R_work	0.323	6041	-
obs	-	-	76.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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