+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jtf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of F114R mutant of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MANNO-OCTULOSONATE / SYNTHASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS / TIM BARREL / BIOSYNTHESIS / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Allison, T.M. / Cochrane, F.C. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. 著者: Allison, T.M. / Cochrane, F.C. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 402.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 332.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 486.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30529.346 Da / 分子数: 4 / 変異: F114R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: kdsA, NMB1283 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested and ...詳細: 20 mg/mL protein (in 10 mM BTP pH 7.5) mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 4.6) and 0.6-3.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystals were harvested and soaked briefly in cryoprotectant solution, comprising 20% glycerol and the reservoir solution, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: AXCO PX70 CAPILLARY OPTIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→39.7 Å / Num. obs: 105281 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.19 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 12.6 / Scaling rejects: 3331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2QKF 解像度: 1.8→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.2148 / WRfactor Rwork: 0.1859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8678 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1212 / SU Rfree: 0.1149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.39 Å2 / Biso mean: 33.9468 Å2 / Biso min: 17.69 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|