PDB-4lu0: Crystal structure of 2-Keto-3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lu0

タイトル

Crystal structure of 2-Keto-3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa.

要素

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / TIM alpha-beta barrel / aldolase / phophoenol pyruvate / arabinose 5 phosphate / KDO8P

機能・相同性

機能・相同性情報

Kdo2-lipid A biosynthetic process / Gram-negative-bacterium-type cell wall / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / carbon utilization / lipopolysaccharide biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Asojo, O.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of 2-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Nelson, S.K. / Kelleher, A. / Robinson, G. / Reiling, S. / Asojo, O.A.

履歴

登録	2013年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月1日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lu0.cif.gz	201.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lu0.ent.gz	163.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g7vS 1gv7 1ste S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ste-d 3qpy-d 4jtf-d 4jtl-d 3fyp-d 3stc-d 4jtk-d 4jth-d 3fyo-d 1d9e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.270, 95.100, 145.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	10 - 282	10 - 282
2	1	LYS	LYS	B	B	10 - 282	10 - 282
1	2	LYS	LYS	A	A	10 - 282	10 - 282
2	2	LYS	LYS	C	C	10 - 282	10 - 282
1	3	LYS	LYS	A	A	10 - 282	10 - 282
2	3	LYS	LYS	D	D	10 - 282	10 - 282
1	4	ALA	ALA	B	B	8 - 282	8 - 282
2	4	ALA	ALA	C	C	8 - 282	8 - 282
1	5	GLN	GLN	B	B	9 - 282	9 - 282
2	5	GLN	GLN	D	D	9 - 282	9 - 282
1	6	GLN	GLN	C	C	9 - 282	9 - 282
2	6	GLN	GLN	D	D	9 - 282	9 - 282

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase 分子量: 32010.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9ZFK4, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDO 8-P synthase ...

分子量: 32010.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZFK4, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M calcium acetate, and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 18% (w/v) polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→57.8 Å / Num. obs: 27850 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 6.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G7V

1g7v

解像度: 2.8→57.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 13.852 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26717	1321	5 %	RANDOM
R_work	0.20553	-	-	-
obs	0.20866	25135	95.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→57.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7849	0	0	26	7875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.975	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.964	5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.864	24.724	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.208	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.441	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.964	4.11	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.803	6.148	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.5	4.492	4016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.349	35.963	11934
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	258	0.17
1	2	B	258	0.17
2	1	A	256	0.2
2	2	C	256	0.2
3	1	A	259	0.17
3	2	D	259	0.17
4	1	B	258	0.17
4	2	C	258	0.17
5	1	B	254	0.15
5	2	D	254	0.15
6	1	C	258	0.13
6	2	D	258	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	73	-
R_work	0.29	1566	-
obs	-	-	82.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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