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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4js8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTK kinase domain with an inhibitor: 401348 | ||||||
要素 | Dual specificity protein kinase TTK | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase Inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization ...protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / chromosome segregation / kinetochore / spindle / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, W. / Plotnikov, A.N. / Plotnikova, O. / Feher, M. / Awrey, D.E. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of TTK kinase domain with an inhibitor: 401348 著者: Qiu, W. / Plotnikov, A.N. / Plotnikova, O. / Feher, M. / Awrey, D.E. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4js8.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4js8.ent.gz | 52.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4js8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4js8_validation.pdf.gz | 832.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4js8_full_validation.pdf.gz | 839.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4js8_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4js8_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/4js8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/4js8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32619.260 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTK, MPS1, MPS1L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33981, dual-specificity kinase |
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-非ポリマー , 5種, 80分子
#2: 化合物 | ChemComp-1PF / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate 0.1M HEPES pH7.5 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 32110 / Num. obs: 32110 / % possible obs: 99.5 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.05 Å / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→39.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9272 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 63.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.339 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2 Å / Total num. of bins used: 16
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