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万見
- PDB-4jrr: Crystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Leg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jrr
タイトルCrystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Legionella pneumophila
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Disulfide bond oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Jameson-Lee, M. / Cymborowski, M. / Domagalski, M.J. / Chertihin, O. / Kpadeh, Z.Z. / Yeh, A.J. / Hoffman, P.S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Legionella pneumophila
著者: Shumilin, I.A. / Jameson-Lee, M. / Cymborowski, M. / Domagalski, M.J. / Chertihin, O. / Kpadeh, Z.Z. / Yeh, A.J. / Hoffman, P.S. / Anderson, W.F. / Minor, W.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,04810
ポリマ－64,3883
非ポリマー6617
水6,774376
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7434
ポリマ－21,4631
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5592
ポリマ－21,4631
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7474
ポリマ－21,4631
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.876, 80.137, 66.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHELYSLYSAA34 - 2156 - 187
21PHEPHELYSLYSBB34 - 2156 - 187
12GLNGLNLYSLYSAA33 - 2155 - 187
22GLNGLNLYSLYSCC33 - 2155 - 187
13PHEPHESERSERBB34 - 2166 - 188
23PHEPHESERSERCC34 - 2166 - 188

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21462.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: dsbA, lpg0123 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5ZZ88
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M BTP, 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 0.02M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91837 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 47575 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.913.80.52623670.676199.9
1.91-1.953.80.45323770.7081100
1.95-1.983.80.40923500.744199.9
1.98-2.033.80.34523600.7381100
2.03-2.073.80.27723940.7631100
2.07-2.123.80.22823580.7721100
2.12-2.173.80.19523820.7851100
2.17-2.233.80.16723600.8131100
2.23-2.293.80.14823690.8081100
2.29-2.373.80.12423540.8221100
2.37-2.453.80.11123850.8631100
2.45-2.553.80.09323920.8491100
2.55-2.673.80.08323770.8541100
2.67-2.813.80.07223600.91100
2.81-2.983.80.06423791.0811100
2.98-3.213.80.06123651.3781100
3.21-3.543.80.0524081.5281100
3.54-4.053.80.03723891.251100
4.05-5.13.80.02624090.8261100
5.1-503.70.02524400.673199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.12 Å36.96 Å
Translation2.12 Å36.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→36.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.1581 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8675 / SU B: 5.988 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1376 / SU Rfree: 0.1298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 2403 5.1 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1645 47488 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.17 Å2 / Biso mean: 32.971 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.62 Å2-0 Å22.47 Å2
2---1.82 Å2-0 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→36.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4450 0 38 376 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.024701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.9586380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.54310319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9625587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1524.722216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48415836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2511519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.021082
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A99000.2
12B99000.2
21A97450.22
22C97450.22
31B102450.17
32C102450.17
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 154 -
Rwork0.241 3332 -
all-3486 -
obs--98.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08020.1962-0.15650.17430.05610.19110.0607-0.040.1184-0.0131-0.03220.0340.0260.0173-0.02850.03520.0177-0.02960.10330.02990.151637.04225.93742.16
22.2264-0.2723-0.33850.3676-0.12690.1460.0722-0.219-0.08610.0132-0.05660.0056-0.01410.0644-0.01550.0212-0.0002-0.04090.11720.02710.11851.392048.376
33.46520.5136-1.36160.1164-0.60214.58680.0297-0.0847-0.0768-0.0258-0.00180.00270.2261-0.0658-0.02790.07440.0071-0.06840.04850.02690.106830.87820.41142.295
40.69690.2128-0.42130.9599-0.89641.3263-0.0574-0.05880.0336-0.17890.04070.0880.0512-0.03910.01670.07570.0038-0.05820.106-0.00870.05419.429-5.922-5.981
514.36543.1471-2.10580.9055-0.31942.6538-0.02410.13830.6335-0.18840.07690.1271-0.5954-0.1364-0.05280.27230.0265-0.03350.1704-0.03590.11514.073-1.668-0.331
60.48340.48220.58871.57330.87481.4911-0.0242-0.0124-0.0327-0.12650.067-0.0413-0.09590.0832-0.04280.0183-0.0101-0.01040.10180.01550.037528.647-0.682-0.043
71.43511.3211-1.29921.2269-1.09453.2085-0.04460.0810.2543-0.06370.08090.2652-0.19370.0733-0.03630.05970.0087-0.06330.05210.02110.146512.45937.88223.9
80.4168-0.699-0.16642.01470.47060.27940.04110.0407-0.0313-0.1278-0.06960.059-0.0076-0.03610.02850.02450-0.04260.08270.01490.131616.71114.37426.435
91.13550.3872-0.55421.3884-0.14640.451-0.0308-0.01630.0768-0.1320.03450.1336-0.0384-0.0175-0.00380.03730.0097-0.05160.08610.0240.127312.99930.62427.501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4B34 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5B83 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6B92 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7C32 - 53
8X-RAY DIFFRACTION8C54 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9C162 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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