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万見
- PDB-4jrk: Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jrk
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant
要素Protein hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Riboregulator / Post-transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Robinson, K.E. / Orans, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Mapping Hfq-RNA interaction surfaces using tryptophan fluorescence quenching.
著者: Robinson, K.E. / Orans, J. / Kovach, A.R. / Link, T.M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0223
ポリマ－23,0223
非ポリマー00
水3,459192
1
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq

A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0436
ポリマ－46,0436
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y+1/2,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)33.410, 66.309, 85.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-107-

HOH

21C-108-

HOH

31C-110-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein hfq / HF-1 / Host factor-I protein / HF-I


分子量: 7673.911 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2-69 / 変異: F11W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hfq, b4172, JW4130 / 参照: UniProt: P0A6X3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.894→24.43 Å / Num. obs: 15335 / Rsym value: 0.068

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.894→24.43 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 765 4.99 %
Rwork0.1768 --
obs0.1788 15335 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.894→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1542 0 0 192 1734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2132285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.582662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.894-2.04020.24241440.19682729X-RAY DIFFRACTION94
2.0402-2.24540.21661570.17892899X-RAY DIFFRACTION99
2.2454-2.570.24191710.1822925X-RAY DIFFRACTION100
2.57-3.23670.21131450.18792960X-RAY DIFFRACTION100
3.2367-24.43180.20021480.16423057X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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