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- PDB-4jop: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ bound to HPV16 E6 oncoprotein C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jop
タイトルCFTR Associated Ligand (CAL) PDZ bound to HPV16 E6 oncoprotein C-terminal peptide (TRRETQL)
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • Protein E6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / CFTR Associated Ligand / CAL / FIG / PIST / Human papillomavirus type 16 / HPV16 / E6 oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / symbiont-mediated suppression of host transcription / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Golgi to plasma membrane transport / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / regulation of Cdc42 protein signal transduction ...negative regulation of anion channel activity / symbiont-mediated suppression of host transcription / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Golgi to plasma membrane transport / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / regulation of Cdc42 protein signal transduction / RHOQ GTPase cycle / regulation of proteolysis / molecular sequestering activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / PDZ domain binding / protein transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / transmembrane transporter binding / host cell cytoplasm / postsynaptic density / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / Golgi membrane / lysosomal membrane / DNA-templated transcription / dendrite / host cell nucleus / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Amacher, J.F. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Stereochemical Preferences Modulate Affinity and Selectivity among Five PDZ Domains that Bind CFTR: Comparative Structural and Sequence Analyses.
著者: Amacher, J.F. / Cushing, P.R. / Brooks, L. / Boisguerin, P. / Madden, D.R.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: Protein E6
D: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5174
ポリマ－20,5174
非ポリマー00
水2,684149
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2592
ポリマ－10,2592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5200 Å2
手法PISA
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2592
ポリマ－10,2592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.083, 48.396, 51.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein


分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: CAl PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド Protein E6


分子量: 905.011 Da / 分子数: 2 / 断片: HPV16 E6 peptide / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
参照: UniProt: P03126
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 32% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.125 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.39 Å / Num. all: 15041 / Num. obs: 14956 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3.16 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20.37
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.8-1.93.1653.9198.1
1.91-2.035.8928.3199.9
2.04-2.198.9317.8199.7
2.2-2.413.3111.7199.8
2.41-2.6818.487.71100
2.69-3.0826.594.9199.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4E34 (CAL PDZ domain bound to iCAL36 peptide)

4e34


解像度: 1.8→19.39 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: Omit map / σ(F): 2 / σ(I): 3.16 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 758 5.07 %In thin shells
Rwork0.1794 ---
obs0.1811 14953 99.83 %-
all-14956 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.443 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7438 Å2-0 Å2-3.0251 Å2
2---3.9458 Å2-0 Å2
3----0.798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 0 149 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0531985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.882558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.94110.24641500.21512807X-RAY DIFFRACTION100
1.9411-2.13620.24681520.1762812X-RAY DIFFRACTION100
2.1362-2.44480.23021520.17832846X-RAY DIFFRACTION100
2.4448-3.07820.23061520.17852842X-RAY DIFFRACTION100
3.0782-19.39160.19271520.17382888X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6745-0.5955-0.32191.3451-0.00641.0891-0.0735-0.14240.06380.22110.09950.0268-0.018-0.11260.00790.08570.01990.00440.1094-0.01590.099530.349625.19115.751
20.4794-0.07140.27870.4159-0.05390.72990.2382-0.055-0.2510.049-0.07890.08220.3305-0.13030.12750.1382-0.0697-0.09460.0502-0.00930.109726.421327.3361-8.213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 284:370
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 284:370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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