[日本語] English
万見
- PDB-4jnh: A unique spumavirus gag N-terminal domain with functional propert... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jnh
タイトルA unique spumavirus gag N-terminal domain with functional properties of orthoretroviral Matrix and Capsid
要素Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Gag / coiled-coil / Env
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1500 / Gag polyprotein / : / Spumavirus gag protein, N-terminal / Spumavirus Gag polyprotein, conserved central domain / Spumavirus Gag polyprotein, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Taylor, I.A. / Goldstone, D.C. / Flower, T.G. / Ball, N.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Unique Spumavirus Gag N-terminal Domain with Functional Properties of Orthoretroviral Matrix and Capsid.
著者: Goldstone, D.C. / Flower, T.G. / Ball, N.J. / Sanz-Ramos, M. / Yap, M.W. / Ogrodowicz, R.W. / Stanke, N. / Reh, J. / Lindemann, D. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.
履歴
登録2013年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4862
ポリマ－46,4862
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.423, 94.729, 61.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Gag polyprotein / Pr71Gag / Gag protein / p68Gag / p3 / p3Gag


分子量: 23242.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: gag / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P14349
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 10mg/ml solution of PFV-Gag-NtD in 150mM NaCl, 5% glycerol, 10mM Tris-HCl, pH 8.0 was mixed with an equal volume of crystallisation solution containing 16% PEG 6000 (w/v), 12% ethylene ...詳細: 10mg/ml solution of PFV-Gag-NtD in 150mM NaCl, 5% glycerol, 10mM Tris-HCl, pH 8.0 was mixed with an equal volume of crystallisation solution containing 16% PEG 6000 (w/v), 12% ethylene glycol, 0.03M MgCl2 hexahydrate , VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.492.80.1129930.936195.8
2.49-2.592.90.1130230.884196.5
2.59-2.730.08930410.927197.5
2.7-2.843.10.08930551.003198.7
2.84-3.023.40.07530760.999198.2
3.02-3.263.40.07130941.079198.9
3.26-3.583.40.0630981.036199.3
3.58-4.13.60.05231041.079199.7
4.1-5.163.50.04930960.988199.1
5.16-253.20.04930331.012197.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.402→23.682 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8359 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1518 4.96 %RANDOM
Rwork0.172 ---
all0.1749 30639 --
obs0.1749 30630 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.556 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.95 Å2 / Biso mean: 23.0467 Å2 / Biso min: 1.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0111 Å20 Å2-0.3564 Å2
2--5.1634 Å2-0 Å2
3----3.1523 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→23.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 0 171 2975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0443902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.461120
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.402-2.47950.25761520.17782566271896
2.4795-2.5680.28941050.20122643274897
2.568-2.67070.30381070.20582668277598
2.6707-2.79210.26531180.20842675279398
2.7921-2.9390.3011430.19882667281098
2.939-3.12280.2741580.19352610276899
3.1228-3.36330.25591460.17632662280899
3.3633-3.70060.20311510.16872638278999
3.7006-4.23340.1721450.128827052850100
4.2334-5.32360.18161430.132667281099
5.3236-23.68340.21321500.1932611276197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.005-0.00020.00560.0007-0.00010.0084-0.0069-0.014-0.0692-0.01220.0408-0.00980.0158-0.04750.06310.0992-0.04490.00090.07260.02260.1121-2.742520.259349.5964
20.1862-0.0791-0.11150.19370.0640.2768-0.02070.1125-0.07220.0547-0.07510.0207-0.0052-0.1296-0.20430.0314-0.0071-0.0050.0117-0.0679-0.0019-0.268429.351345.278
30.0668-0.054-0.00850.04470.00370.03320.0293-0.0165-0.05050.00350.02760.013-0.0152-0.02750.01460.0747-0.010.05070.09160.06240.2518-3.993233.456656.0333
40.2760.0354-0.03320.083-0.10540.14740.008-0.0307-0.174-0.0439-0.0429-0.01010.06740.0598-0.06060.05060.00160.01680.0182-0.00020.038212.416338.457850.6021
50.05990.0310.00110.02060.00020.00080.0357-0.1115-0.00830.0982-0.01470.04980.0091-0.01380.05470.1398-0.02690.06350.1679-0.0060.007120.658151.322177.7772
60.069-0.05550.03570.0445-0.02080.21730.0923-0.01350.01530.02260.02740.086-0.04010.01330.02560.1349-0.0481-0.01250.06520.02650.245142.783871.4747.8152
70.0236-0.00740.04260.1054-0.00650.0835-0.0553-0.00980.05510.0201-0.00660.049-0.02130.0497-0.1762-0.05430.0546-0.04330.05670.0910.066935.526162.852650.1193
80.00350.0105-0.00050.16780.04570.1459-0.02490.09370.0842-0.0148-0.1227-0.09330.04260.1026-0.22660.0224-0.01450.03590.14770.14250.126546.48363.091141.2969
90.2282-0.01440.02270.0121-0.00470.0736-0.01070.00460.14090.0089-0.0242-0.01310.01420.0371-0.07050.0394-0.00910.0380.03010.0170.051629.00154.1951.121
100.00430.0036-0.00810.0649-0.07260.09040.0309-0.04430.010.0897-0.0944-0.02060.04430.0129-0.03030.1419-0.10930.01640.18860.04490.041319.215742.485879.8181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:29)A9 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 30:80)A30 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 81:85)A81 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 86:156)A86 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 157:179)A157 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 7:28)B7 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 29:53)B29 - 53
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 54:82)B54 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 83:158)B83 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 159:179)B159 - 179

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る