PDB-4jmr: A unique spumavirus gag N-terminal domain with functional propert...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jmr

タイトル

A unique spumavirus gag N-terminal domain with functional properties of orthoretroviral Matrix and Capsid

要素

Env protein
Gag protein

キーワード

Viral protein/PEPTIDE / Gag / Env / coiled-coil / Viral protein / Viral protein-PEPTIDE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human foamy virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Taylor, I.A. / Goldstone, D.C. / Flower, T.G. / Ball, N.J.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Unique Spumavirus Gag N-terminal Domain with Functional Properties of Orthoretroviral Matrix and Capsid.
著者: Goldstone, D.C. / Flower, T.G. / Ball, N.J. / Sanz-Ramos, M. / Yap, M.W. / Ogrodowicz, R.W. / Stanke, N. / Reh, J. / Lindemann, D. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2013年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jmr.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jmr.ent.gz	250.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jnhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jnh-d 4ofp-1 1u5g-d 3nnh-d 3cto-13 2ojq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gag protein

B: Gag protein

C: Gag protein

D: Gag protein

F: Env protein

E: Env protein

G: Env protein

H: Env protein

101 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gag protein

B: Gag protein

F: Env protein

G: Env protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Gag protein

D: Gag protein

E: Env protein

H: Env protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.411, 122.365, 61.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Gag protein 分子量: 22867.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human foamy virus (ウイルス) / 遺伝子: gag / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A1Q1N9V7, UniProt: P14349*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Env protein 分子量: 2457.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: Naturally occurring sequence of the Env leader peptide 由来: (合成) Human foamy virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q98830
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 500uM 1:1 complex mixed with an equal volume 10% PEG 4000, 20% glycerol, 30mM MgCl2, 30mM CaCl2, 100mM Tris-Bicine pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→45.53 Å / Num. obs: 19334 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.765 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.55

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	0.322	4.28	6549	1891	1	99.6
3-3.1	0.249	5.45	5484	1647	1	100
3.1-3.2	0.204	6.65	4880	1421	1	99.7
3.2-3.3	0.167	7.69	4274	1277	1	99.2
3.3-3.4	0.141	9.5	3831	1115	1	100
3.4-3.5	0.109	11.11	3428	1007	1	99.6
3.5-4	0.072	15.13	11952	3608	1	99.1
4-5	0.046	21.57	11717	3579	1	99.1
5-6	0.044	21.76	5309	1591	1	98.8
6-8	0.042	23.36	4120	1265	1	98.8
8-10	0.032	28.85	1474	459	1	98.3
10-45.5	0.031	29.37	1485	474	1	96.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.9 Å	45.53 Å
Translation	2.9 Å	45.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
GDA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→45.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / WR_factor R_free: 0.2714 / WR_factor R_work: 0.2262 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.785 / SU B: 45.196 / SU ML: 0.383 / SU R Cruickshank DPI: 2.2075 / SU R_free: 0.4568 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.208 / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2714	993	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2262	-	-	-
all	0.2262	19468	-	-
obs	0.2285	19331	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.55 Å² / B_iso mean: 47.8143 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5902	0	0	9	5911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.839	1.97	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.213	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.566	24.317	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.798	15	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.47	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	4697

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	75	-
R_work	0.324	1334	-
all	-	1409	-
obs	-	-	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8193	0.2299	0.0374	4.0016	4.532	16.2282	0.031	-0.3199	-0.1078	0.5256	0.1389	-0.0266	0.7633	0.8991	-0.1699	0.2344	0.0999	-0.0352	0.1073	0.0053	0.254	-11.999	-41.907	-20.42
2	6.4648	-2.9963	3.6036	5.7478	-1.7996	5.6529	0.2077	-0.2505	-0.0911	0.4032	-0.0567	-0.3257	0.3789	0.5273	-0.151	0.2391	-0.0053	-0.0205	0.1695	-0.0635	0.1744	-11.969	-33.66	-14.667
3	1.2029	-0.3155	0.0556	4.5962	0.112	1.1116	-0.1353	0.0586	-0.0631	0.0114	0.0468	-0.166	0.1375	0.1534	0.0885	0.1374	0.0343	-0.0184	0.1982	-0.0551	0.1095	-17.554	-20.976	-20.855
4	0.2641	0.2434	2.1222	1.1783	-1.2194	33.1477	-0.1666	0.1084	0.1459	-0.5982	-0.0116	0.1996	-1.0527	0.6028	0.1782	0.5695	0.0809	0.0632	0.4454	-0.0141	0.2738	-19.787	-3.856	-45.852
5	7.8519	-0.0388	0.1637	4.4563	-1.5181	14.7222	-0.0997	-0.1865	0.2722	0.2812	0.0165	0.0878	-0.2513	-0.0981	0.0832	0.0512	0.0071	-0.0229	0.0167	-0.0492	0.1728	-34.871	22.51	-17.868
6	6.4077	-5.1129	-1.4652	6.5808	3.4531	5.0832	-0.0222	-0.2924	0.1985	0.1662	-0.0195	0.0337	-0.2464	-0.2195	0.0417	0.1781	-0.094	-0.0071	0.1092	0.0005	0.0544	-35.872	15.089	-13.997
7	1.5455	-1.2231	-0.5999	4.4861	0.0932	0.6096	-0.025	-0.0024	-0.0441	0.0681	0.0531	0.2018	0.0147	-0.0284	-0.0281	0.1152	-0.037	0.0284	0.1545	0.0163	0.0301	-29.574	1.757	-21.222
8	3.4715	0.1141	-11.3685	0.0171	-0.3513	37.3325	-0.3493	0.2693	-0.1428	-0.1046	-0.0409	-0.0214	0.8962	-0.7507	0.3902	0.7397	0.1202	0.0158	0.489	-0.0136	0.3213	-22.215	-12.479	-49.769
9	5.3209	0.5616	-2.508	4.4231	-3.294	9.1345	0.2112	-0.4115	0.6036	0.2427	0.0388	0.5597	-0.2653	-0.9037	-0.25	0.2607	0.0666	0.0015	0.2558	-0.0477	0.5511	-9.068	37.59	-23.436
10	5.7753	-4.2764	-2.3181	6.1996	1.5936	3.5633	0.0442	-0.2445	0.355	0.4243	0.1004	0.5407	-0.3881	-0.2997	-0.1447	0.2135	-0.0463	0.0179	0.2379	0.0009	0.3673	-9.573	29.688	-17.643
11	1.9564	-0.1221	-0.4928	4.7045	-0.2366	0.9345	-0.0961	-0.1055	0.0004	-0.115	0.0378	0.341	-0.0926	-0.2675	0.0583	0.0944	0.0208	-0.015	0.2225	0.0017	0.1868	-3.734	16.574	-22.241
12	0.1233	0.0476	0.2256	2.8567	6.3964	23.1567	0.0382	0.2553	-0.1803	-0.9374	0.24	0.2498	0.1699	0.2553	-0.2782	0.9423	-0.0207	-0.2089	0.7359	-0.1171	0.5896	-0.445	-2.913	-45.806
13	5.5336	0.1065	0.3308	6.8928	-1.5846	13.9558	-0.2209	-0.2347	-0.4496	0.2536	0.1578	0.3424	0.9528	0.3491	0.0631	0.0986	0.0542	0.0191	0.1044	0.0142	0.3655	13.33	-26.492	-15.154
14	7.6169	-4.6855	2.9981	4.9735	-3.7463	5.1826	-0.215	-0.3182	-0.2584	0.2886	0.0288	0.0229	0.249	0.2973	0.1862	0.1813	-0.0093	0.0272	0.1373	-0.0235	0.2861	14.7	-18.9	-11.736
15	1.7424	-0.7493	0.4063	4.8907	-1.4315	0.7577	-0.0714	-0.0022	-0.1696	0.0788	0.0094	-0.2107	0.0732	0.0442	0.062	0.1018	-0.0183	-0.0457	0.1763	-0.0208	0.2602	8.193	-6.175	-19.981
16	4.2746	-4.176	12.2888	4.1583	-12.5494	39.718	0.7155	-0.0115	-0.7825	-0.5147	0.1314	0.5516	0.2226	-0.138	-0.8469	1.3462	-0.2694	-0.2649	0.7214	-0.1653	0.7525	1.778	5.556	-49.964
17	0.1061	-0.8549	0.3583	7.2247	-3.0688	1.3086	-0.0188	0.0125	-0.0767	0.592	0.022	0.2291	-0.2599	0.0125	-0.0033	0.2894	-0.0562	0.0305	0.4421	-0.1035	0.5271	24.005	-31.056	-10.945
18	13.0602	11.6829	-11.5284	10.4529	-10.3138	10.1902	0.4981	0.7652	-0.2484	1.0508	0.0449	-0.2322	-1.0511	-0.7345	-0.5429	0.4545	0.205	0.1241	0.4699	0.3334	1.1523	19.774	-37.399	-5.899
19	14.4346	-14.4659	4.5653	15.4118	-2.6469	5.5476	0.0153	-0.4785	-0.1765	0.2031	0.1429	0.1587	0.3892	-0.7814	-0.1582	0.3304	-0.1387	0.0779	0.4131	-0.0963	0.3577	-50.597	25.058	-12.274
20	14.814	-5.9409	1.8798	12.7191	-0.8224	0.2399	-0.3295	-0.452	0.849	-1.1052	0.2694	-0.6232	-0.036	-0.0604	0.0601	0.2403	0.0419	0.0516	0.1464	-0.0658	0.3199	-41.078	30.267	-14.144
21	27.9575	13.6355	18.4628	6.6911	8.3346	24.1221	1.7738	-0.4873	-0.1682	1.365	-0.8672	-0.0816	-2.3433	0.2189	-0.9066	1.4841	-0.2437	0.1669	0.2682	-0.2467	0.9532	-40.869	34.749	-6.998
22	37.4129	-13.0855	9.6924	5.3942	0.0282	16.932	-0.4158	-0.0264	-1.0307	0.1123	-0.0758	0.4896	-0.4445	-0.2538	0.4916	0.6449	0.1439	-0.3284	0.4634	-0.0493	0.6548	-0.641	-45.361	-15.759
23	29.0509	-24.8451	-8.6454	46.0875	1.012	40.2758	0.7154	0.4198	-0.6402	0.3247	-0.9026	0.524	0.5625	2.5834	0.1872	0.2741	0.1505	-0.0533	0.4615	0.0473	0.3937	-5.709	-50.823	-12.483
24	3.2112	-6.0864	-3.5935	11.7851	7.2218	4.7035	0.1643	0.0483	0.8716	-0.4456	0.0271	-1.2259	-0.5985	0.0366	-0.1914	0.7181	0.0204	-0.26	0.5	0.0678	1.1475	-19.017	42.144	-21.486
25	0.3337	-2.5342	-0.0584	20.3537	0.5273	0.0179	-0.5824	-0.1911	0.3174	1.228	0.9671	-2.1947	-0.0318	0.0252	-0.3847	1.0274	0.2239	-0.0242	0.5414	-0.2291	0.791	-15.068	49.107	-15.757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	155 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	7 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	75 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	159 - 179
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	9 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	31 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	76 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	155 - 174
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	7 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	31 - 74
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	75 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	159 - 173
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	2 - 10
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	11 - 15
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	1 - 6
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	7 - 12
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	13 - 17
22	X-RAY DIFFRACTION	22	G	3 - 9
23	X-RAY DIFFRACTION	23	G	10 - 13
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	5 - 9
25	X-RAY DIFFRACTION	25	H	10 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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