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- PDB-4jmq: Crystal structure of pb9: The Dit of bacteriophage T5. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jmq
タイトルCrystal structure of pb9: The Dit of bacteriophage T5.
要素Bacteriophage T5 distal tail protein
キーワードVIRAL PROTEIN / distal tail protein / E. coli infecting T5 bacteriophage / Siphoviridae family
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / virus tail
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #290 / Phosphorylase Kinase; domain 1 - #190 / : / : / : / Distal tail protein pb9, A domain C-terminal / Distal tail protein pb9, A domain, N-terminal / Distal tail protein pb9, B domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #290 / Phosphorylase Kinase; domain 1 - #190 / : / : / : / Distal tail protein pb9, A domain C-terminal / Distal tail protein pb9, A domain, N-terminal / Distal tail protein pb9, B domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Distal tail protein pb9
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Flayhan, A. / Vellieux, F.M.D. / Girard, E. / Maury, O. / Boulanger, P. / Breyton, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of pb9, the Distal Tail Protein of Bacteriophage T5: a Conserved Structural Motif among All Siphophages.
著者: Flayhan, A. / Vellieux, F.M. / Lurz, R. / Maury, O. / Contreras-Martel, C. / Girard, E. / Boulanger, P. / Breyton, C.
履歴
登録2013年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophage T5 distal tail protein
B: Bacteriophage T5 distal tail protein
C: Bacteriophage T5 distal tail protein
D: Bacteriophage T5 distal tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9184
ポリマ－97,9184
非ポリマー00
水14,934829
1
A: Bacteriophage T5 distal tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4791
ポリマ－24,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bacteriophage T5 distal tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4791
ポリマ－24,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bacteriophage T5 distal tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4791
ポリマ－24,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bacteriophage T5 distal tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4791
ポリマ－24,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.657, 70.027, 71.014
Angle α, β, γ (deg.)91.05, 107.66, 112.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bacteriophage T5 distal tail protein / Tail protein pb9


分子量: 24479.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T5 (ファージ)
遺伝子: T5.139, T5p135 / プラスミド: pLIM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6QGE8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 to 14% (w/v) PEG 3350, 0.05M MES, 0.1 to 0.2M MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→27.689 Å / Num. all: 209072 / Num. obs: 70953 / % possible obs: 95.38 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 1.09 / 冗長度: 2.94 % / Biso Wilson estimate: 38.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rsym value: 0.194 / Net I/σ(I): 6.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Poly-Ala model

解像度: 1.895→27.689 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 3548 5 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.2053 70953 95.38 %-
all-209072 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→27.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6080 0 0 829 6909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1398524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0462297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8949-1.92080.4078880.351677X-RAY DIFFRACTION59
1.9208-1.94820.3751420.33132698X-RAY DIFFRACTION95
1.9482-1.97730.38151410.3032678X-RAY DIFFRACTION95
1.9773-2.00820.35221400.30182650X-RAY DIFFRACTION95
2.0082-2.04110.31631430.28252727X-RAY DIFFRACTION96
2.0411-2.07630.30991410.27172677X-RAY DIFFRACTION96
2.0763-2.1140.34871430.25122719X-RAY DIFFRACTION96
2.114-2.15470.30231450.24272754X-RAY DIFFRACTION96
2.1547-2.19860.30131430.22582711X-RAY DIFFRACTION97
2.1986-2.24640.25281460.21552770X-RAY DIFFRACTION97
2.2464-2.29870.27661450.22482766X-RAY DIFFRACTION97
2.2987-2.35610.31631410.21912681X-RAY DIFFRACTION97
2.3561-2.41980.2771460.20612778X-RAY DIFFRACTION97
2.4198-2.4910.26871450.21292744X-RAY DIFFRACTION97
2.491-2.57130.27371430.2092725X-RAY DIFFRACTION98
2.5713-2.66310.27861460.20542775X-RAY DIFFRACTION97
2.6631-2.76970.25711460.19912770X-RAY DIFFRACTION98
2.7697-2.89560.23951450.19262755X-RAY DIFFRACTION98
2.8956-3.04810.23571460.18842762X-RAY DIFFRACTION98
3.0481-3.23880.2121470.17652797X-RAY DIFFRACTION98
3.2388-3.48840.25661450.1742765X-RAY DIFFRACTION98
3.4884-3.83860.17281450.162748X-RAY DIFFRACTION98
3.8386-4.39220.19181450.15762752X-RAY DIFFRACTION98
4.3922-5.52650.20241460.16032779X-RAY DIFFRACTION98
5.5265-27.69210.22811450.20952747X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9001-2.6642-3.11933.68091.53425.67440.19810.00780.0954-0.156-0.08610.1242-0.0793-0.1835-0.05850.344-0.02550.03670.1632-0.00070.2451-27.799531.27844.0623
25.44131.02190.72213.67561.74696.1932-0.2546-0.1729-0.4934-0.42990.2645-0.06340.50760.337-0.04550.38390.03360.04340.14250.05470.2361-19.823424.960338.6221
36.20582.3271-1.94836.97880.55548.6556-0.28450.3163-0.3578-0.4604-0.01260.2860.2195-0.80680.25530.19980.0566-0.00110.26650.00730.2653-34.598625.337544.4186
42.4191-0.8175-1.69015.4002-0.90659.18570.2176-0.0190.10150.08070.03850.1379-0.3411-0.5421-0.19760.2516-0.08170.02020.2931-0.00450.2104-20.745344.525224.9925
51.07791.5376-1.75392.8299-3.41414.25550.10610.04790.04710.0937-0.02940.1023-0.0163-0.0117-0.06370.31940.02460.02760.25250.0070.1958-20.933335.540530.6531
66.26170.6179-0.70054.0235-1.42172.5302-0.36630.0895-0.25250.1944-0.1153-0.10071.61370.2370.4980.2835-0.03560.01690.15440.03270.2327-27.588722.995146.7255
76.3663-0.24912.78911.3341-0.08033.21160.0336-0.06670.09910.02870.12410.0456-0.00590.0329-0.18840.345-0.00430.04910.1721-0.00510.2311-14.916414.243557.056
87.4765.49320.04186.84440.35142.0289-0.10040.28990.2635-0.11610.2402-0.04980.25210.005-0.13660.32540.0443-0.00030.15210.04020.1646-14.244815.972450.3288
98.11251.9321-6.24985.8704-2.12675.4082-0.14370.1205-0.3929-0.166-0.2416-0.19050.5531-0.09170.44270.33570.0298-0.06680.2669-0.00280.3568-15.16748.451953.1976
106.24752.77943.47663.68553.30014.0513-0.10180.13440.0365-0.0220.0094-0.30920.15080.2938-0.11830.359-0.05420.0640.20440.02490.2233-23.5251-7.368666.0593
111.18832.1195-1.5456.0085-3.04862.0201-0.0004-0.0429-0.04530.0948-0.07-0.0425-0.01930.07330.06590.25770.00210.01330.1853-0.00380.2034-24.0541-0.172960.0708
127.07833.29030.66532.68590.98053.8125-0.01670.22860.2487-0.10020.05650.1148-0.2053-0.06620.02350.30090.04150.04360.1850.02530.2032-16.415318.889449.3449
133.8739-0.63944.99181.5824-0.54435.80060.387-0.0625-0.2054-0.382-0.2563-0.0610.4250.1377-0.33950.47490.0490.06410.33250.0320.2295-24.454552.037953.0668
140.2173-0.2985-0.13882.8972-0.39945.06340.03540.18220.1274-0.6617-0.1385-0.2047-0.12020.03380.08230.35530.02970.07390.22390.01660.2786-24.030658.820553.5562
152.26191.1499-0.77073.095-0.75612.87490.0320.080.1958-0.09210.00550.0221-0.1028-0.1074-0.04420.27060.03360.02960.17570.00260.1853-30.39844.839869.9599
162.7203-1.05151.69076.49060.25212.7373-0.3152-0.24090.19040.12250.1153-0.06660.11160.07030.13580.2983-0.0467-0.0010.18880.11220.3962-24.186963.392456.8563
173.7345-2.5518-0.98694.553.38914.73690.5369-0.0688-0.2256-0.4933-0.0295-0.32180.21020.0148-0.46290.4808-0.0741-0.02440.24080.0680.3273-15.099418.808379.1688
181.4943-0.4573-0.18145.4093-1.76372.06490.0211-0.2269-0.26770.99010.2866-0.20560.2707-0.0958-0.2760.6861-0.0401-0.08870.32340.02690.3186-15.217718.084187.288
197.12792.301-5.04552.2631-1.36426.64070.0176-0.221-0.4387-0.58870.0129-0.14970.1972-0.1565-0.02220.45980.0055-0.05520.19330.02810.3886-9.883626.62571.2862
203.1611.1551-1.25053.0199-0.80312.95230.0594-0.06570.00890.1601-0.0453-0.1473-0.01490.0215-0.0180.27380.0183-0.01990.1411-0.00760.2001-5.878439.872572.5462
212.0203-0.3645-1.25983.6941-0.52291.2070.2606-1.2246-0.73780.7054-0.37380.43530.6911-0.64080.12980.913-0.2814-0.00250.53640.28720.5543-20.448316.640288.0988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:27 )A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 43:55 )A43 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 56:85 )A56 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 86:115 )A86 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 116:188 )A116 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 189:205 )A189 - 205
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:26 )B1 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 43:72 )B43 - 72
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 73:88 )B73 - 88
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 89:108 )B89 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 109:188 )B109 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 189:205 )B189 - 205
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 1:26 )C1 - 26
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 45:85 )C45 - 85
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 86:186 )C86 - 186
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 187:217 )C187 - 217
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 1:26 )D1 - 26
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 43:78 )D43 - 78
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 79:94 )D79 - 94
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 95:173 )D95 - 173
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 174:204 )D174 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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