PDB-4jmq: Crystal structure of pb9: The Dit of bacteriophage T5.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jmq

タイトル

Crystal structure of pb9: The Dit of bacteriophage T5.

要素

Bacteriophage T5 distal tail protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / distal tail protein / E. coli infecting T5 bacteriophage / Siphoviridae family

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, baseplate / virus tail
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Flayhan, A. / Vellieux, F.M.D. / Girard, E. / Maury, O. / Boulanger, P. / Breyton, C.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of pb9, the Distal Tail Protein of Bacteriophage T5: a Conserved Structural Motif among All Siphophages.
著者: Flayhan, A. / Vellieux, F.M. / Lurz, R. / Maury, O. / Contreras-Martel, C. / Girard, E. / Boulanger, P. / Breyton, C.

履歴

登録	2013年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jmq.cif.gz	332.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jmq.ent.gz	273.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jmq_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jmq_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	4jmq_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4jmq_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mf2-4 5wi2-d 4pcw-1 4g50-2 6o4a-1 5mf2-1 5mf2-3 5v8t-2 3vaw-d 3wwq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacteriophage T5 distal tail protein

B: Bacteriophage T5 distal tail protein

C: Bacteriophage T5 distal tail protein

D: Bacteriophage T5 distal tail protein

97.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriophage T5 distal tail protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bacteriophage T5 distal tail protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Bacteriophage T5 distal tail protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Bacteriophage T5 distal tail protein

ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.657, 70.027, 71.014
Angle α, β, γ (deg.)	91.05, 107.66, 112.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bacteriophage T5 distal tail protein / Tail protein pb9 分子量: 24479.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T5 (ファージ) 遺伝子: T5.139, T5p135 / プラスミド: pLIM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6QGE8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10 to 14% (w/v) PEG 3350, 0.05M MES, 0.1 to 0.2M MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→27.689 Å / Num. all: 209072 / Num. obs: 70953 / % possible obs: 95.38 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 1.09 / 冗長度: 2.94 % / B_iso Wilson estimate: 38.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.159 / R_sym value: 0.194 / Net I/σ(I): 6.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: Poly-Ala model

解像度: 1.895→27.689 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2518	3548	5 %	RANDOM
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.2053	70953	95.38 %	-
all	-	209072	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→27.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6080	0	0	829	6909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.139	8524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.046	2297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8949-1.9208	0.4078	88	0.35	1677	X-RAY DIFFRACTION	59
1.9208-1.9482	0.375	142	0.3313	2698	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9482-1.9773	0.3815	141	0.303	2678	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9773-2.0082	0.3522	140	0.3018	2650	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0082-2.0411	0.3163	143	0.2825	2727	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0411-2.0763	0.3099	141	0.2717	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0763-2.114	0.3487	143	0.2512	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
2.114-2.1547	0.3023	145	0.2427	2754	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1547-2.1986	0.3013	143	0.2258	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1986-2.2464	0.2528	146	0.2155	2770	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2464-2.2987	0.2766	145	0.2248	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2987-2.3561	0.3163	141	0.2191	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3561-2.4198	0.277	146	0.2061	2778	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4198-2.491	0.2687	145	0.2129	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
2.491-2.5713	0.2737	143	0.209	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5713-2.6631	0.2786	146	0.2054	2775	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6631-2.7697	0.2571	146	0.1991	2770	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7697-2.8956	0.2395	145	0.1926	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8956-3.0481	0.2357	146	0.1884	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0481-3.2388	0.212	147	0.1765	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2388-3.4884	0.2566	145	0.174	2765	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4884-3.8386	0.1728	145	0.16	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8386-4.3922	0.1918	145	0.1576	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3922-5.5265	0.2024	146	0.1603	2779	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5265-27.6921	0.2281	145	0.2095	2747	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9001	-2.6642	-3.1193	3.6809	1.5342	5.6744	0.1981	0.0078	0.0954	-0.156	-0.0861	0.1242	-0.0793	-0.1835	-0.0585	0.344	-0.0255	0.0367	0.1632	-0.0007	0.2451	-27.7995	31.278	44.0623
2	5.4413	1.0219	0.7221	3.6756	1.7469	6.1932	-0.2546	-0.1729	-0.4934	-0.4299	0.2645	-0.0634	0.5076	0.337	-0.0455	0.3839	0.0336	0.0434	0.1425	0.0547	0.2361	-19.8234	24.9603	38.6221
3	6.2058	2.3271	-1.9483	6.9788	0.5554	8.6556	-0.2845	0.3163	-0.3578	-0.4604	-0.0126	0.286	0.2195	-0.8068	0.2553	0.1998	0.0566	-0.0011	0.2665	0.0073	0.2653	-34.5986	25.3375	44.4186
4	2.4191	-0.8175	-1.6901	5.4002	-0.9065	9.1857	0.2176	-0.019	0.1015	0.0807	0.0385	0.1379	-0.3411	-0.5421	-0.1976	0.2516	-0.0817	0.0202	0.2931	-0.0045	0.2104	-20.7453	44.5252	24.9925
5	1.0779	1.5376	-1.7539	2.8299	-3.4141	4.2555	0.1061	0.0479	0.0471	0.0937	-0.0294	0.1023	-0.0163	-0.0117	-0.0637	0.3194	0.0246	0.0276	0.2525	0.007	0.1958	-20.9333	35.5405	30.6531
6	6.2617	0.6179	-0.7005	4.0235	-1.4217	2.5302	-0.3663	0.0895	-0.2525	0.1944	-0.1153	-0.1007	1.6137	0.237	0.498	0.2835	-0.0356	0.0169	0.1544	0.0327	0.2327	-27.5887	22.9951	46.7255
7	6.3663	-0.2491	2.7891	1.3341	-0.0803	3.2116	0.0336	-0.0667	0.0991	0.0287	0.1241	0.0456	-0.0059	0.0329	-0.1884	0.345	-0.0043	0.0491	0.1721	-0.0051	0.2311	-14.9164	14.2435	57.056
8	7.476	5.4932	0.0418	6.8444	0.3514	2.0289	-0.1004	0.2899	0.2635	-0.1161	0.2402	-0.0498	0.2521	0.005	-0.1366	0.3254	0.0443	-0.0003	0.1521	0.0402	0.1646	-14.2448	15.9724	50.3288
9	8.1125	1.9321	-6.2498	5.8704	-2.1267	5.4082	-0.1437	0.1205	-0.3929	-0.166	-0.2416	-0.1905	0.5531	-0.0917	0.4427	0.3357	0.0298	-0.0668	0.2669	-0.0028	0.3568	-15.1674	8.4519	53.1976
10	6.2475	2.7794	3.4766	3.6855	3.3001	4.0513	-0.1018	0.1344	0.0365	-0.022	0.0094	-0.3092	0.1508	0.2938	-0.1183	0.359	-0.0542	0.064	0.2044	0.0249	0.2233	-23.5251	-7.3686	66.0593
11	1.1883	2.1195	-1.545	6.0085	-3.0486	2.0201	-0.0004	-0.0429	-0.0453	0.0948	-0.07	-0.0425	-0.0193	0.0733	0.0659	0.2577	0.0021	0.0133	0.1853	-0.0038	0.2034	-24.0541	-0.1729	60.0708
12	7.0783	3.2903	0.6653	2.6859	0.9805	3.8125	-0.0167	0.2286	0.2487	-0.1002	0.0565	0.1148	-0.2053	-0.0662	0.0235	0.3009	0.0415	0.0436	0.185	0.0253	0.2032	-16.4153	18.8894	49.3449
13	3.8739	-0.6394	4.9918	1.5824	-0.5443	5.8006	0.387	-0.0625	-0.2054	-0.382	-0.2563	-0.061	0.425	0.1377	-0.3395	0.4749	0.049	0.0641	0.3325	0.032	0.2295	-24.4545	52.0379	53.0668
14	0.2173	-0.2985	-0.1388	2.8972	-0.3994	5.0634	0.0354	0.1822	0.1274	-0.6617	-0.1385	-0.2047	-0.1202	0.0338	0.0823	0.3553	0.0297	0.0739	0.2239	0.0166	0.2786	-24.0306	58.8205	53.5562
15	2.2619	1.1499	-0.7707	3.095	-0.7561	2.8749	0.032	0.08	0.1958	-0.0921	0.0055	0.0221	-0.1028	-0.1074	-0.0442	0.2706	0.0336	0.0296	0.1757	0.0026	0.1853	-30.398	44.8398	69.9599
16	2.7203	-1.0515	1.6907	6.4906	0.2521	2.7373	-0.3152	-0.2409	0.1904	0.1225	0.1153	-0.0666	0.1116	0.0703	0.1358	0.2983	-0.0467	-0.001	0.1888	0.1122	0.3962	-24.1869	63.3924	56.8563
17	3.7345	-2.5518	-0.9869	4.55	3.3891	4.7369	0.5369	-0.0688	-0.2256	-0.4933	-0.0295	-0.3218	0.2102	0.0148	-0.4629	0.4808	-0.0741	-0.0244	0.2408	0.068	0.3273	-15.0994	18.8083	79.1688
18	1.4943	-0.4573	-0.1814	5.4093	-1.7637	2.0649	0.0211	-0.2269	-0.2677	0.9901	0.2866	-0.2056	0.2707	-0.0958	-0.276	0.6861	-0.0401	-0.0887	0.3234	0.0269	0.3186	-15.2177	18.0841	87.288
19	7.1279	2.301	-5.0455	2.2631	-1.3642	6.6407	0.0176	-0.221	-0.4387	-0.5887	0.0129	-0.1497	0.1972	-0.1565	-0.0222	0.4598	0.0055	-0.0552	0.1933	0.0281	0.3886	-9.8836	26.625	71.2862
20	3.161	1.1551	-1.2505	3.0199	-0.8031	2.9523	0.0594	-0.0657	0.0089	0.1601	-0.0453	-0.1473	-0.0149	0.0215	-0.018	0.2738	0.0183	-0.0199	0.1411	-0.0076	0.2001	-5.8784	39.8725	72.5462
21	2.0203	-0.3645	-1.2598	3.6941	-0.5229	1.207	0.2606	-1.2246	-0.7378	0.7054	-0.3738	0.4353	0.6911	-0.6408	0.1298	0.913	-0.2814	-0.0025	0.5364	0.2872	0.5543	-20.4483	16.6402	88.0988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:27 )	A	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 43:55 )	A	43 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 56:85 )	A	56 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 86:115 )	A	86 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 116:188 )	A	116 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 189:205 )	A	189 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:26 )	B	1 - 26
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 43:72 )	B	43 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 73:88 )	B	73 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 89:108 )	B	89 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 109:188 )	B	109 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 189:205 )	B	189 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 1:26 )	C	1 - 26
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 45:85 )	C	45 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 86:186 )	C	86 - 186
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 187:217 )	C	187 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 1:26 )	D	1 - 26
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 43:78 )	D	43 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 79:94 )	D	79 - 94
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 95:173 )	D	95 - 173
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 174:204 )	D	174 - 204

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)