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- PDB-5wi2: Crystal structure of the KA1 domain from human Chk1 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5wi2
タイトルCrystal structure of the KA1 domain from human Chk1
要素cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Checkpoint / Autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / negative regulation of DNA biosynthetic process / regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / negative regulation of DNA biosynthetic process / regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / positive regulation of cell cycle / peptidyl-threonine phosphorylation / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / regulation of signal transduction by p53 class mediator / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / non-specific serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Emptage, R.P. / Marmorstein, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM115098 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA114046 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Intramolecular autoinhibition of checkpoint kinase 1 is mediated by conserved basic motifs of the C-terminal kinase-associated 1 domain.
著者: Emptage, R.P. / Schoenberger, M.J. / Ferguson, K.M. / Marmorstein, R.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
B: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3369
ポリマ－23,8902
非ポリマー4467
水54030
1
A: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1554
ポリマ－11,9451
非ポリマー2103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1815
ポリマ－11,9451
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
ヘテロ分子

A: cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3369
ポリマ－23,8902
非ポリマー4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_225-y-3,x-y-3,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.818, 76.818, 31.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ56409, highly similar to Serine/threonine-protein kinase Chk1 (EC 2.7.11.1)


分子量: 11945.033 Da / 分子数: 2 / 断片: KA1 domain residues 393-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DT73, UniProt: O14757*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: Sodium Acetate Trihydrate, Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.495→50 Å / Num. obs: 7313 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 24.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EHB

2ehb


解像度: 2.495→38.409 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 28.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 729 9.98 %
Rwork0.2136 --
obs0.2166 7308 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→38.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 30 30 1495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7372017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.178543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4949-2.68750.32021520.26331314X-RAY DIFFRACTION99
2.6875-2.95790.36231430.28141326X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.38570.30941400.24911288X-RAY DIFFRACTION100
3.3857-4.26470.23711430.19941327X-RAY DIFFRACTION100
4.2647-38.41350.19331510.18851324X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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