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万見
- PDB-4jm6: Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jm6
タイトルCrystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2,4-diaminopyrimidine
要素Cytochrome c peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Model system / bulk solvent / ordered waters / docking / ligand binding / free energy calculation / molecular dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / PHOSPHATE ION / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Blind prediction of charged ligand binding affinities in a model binding site.
著者: Rocklin, G.J. / Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. / Mobley, D.L. / Shoichet, B.K. / Dill, K.A.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: Docking to a water-filled model binding site in Cytochrome c Peroxidase
著者: Barelier, S. / Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2013年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8455
ポリマ－32,9291
非ポリマー9174
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.846, 75.575, 106.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase


分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-362, deletions G192-A193 / 変異: P190G, W191G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: RM11-1a / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LRE1, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-LG3 / PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE


分子量: 110.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 283 K / pH: 6
詳細: Apo crystal grown in 500mM MES, pH 6.0. Soaked into 50mM 2,4-diaminopyrimidine, 25% MPD pH 4.5 (30min-1h), temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.45→61.66 Å / Num. obs: 72171

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→39.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.517 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1448 3644 5 %RANDOM
Rwork0.1148 ---
obs0.1163 72171 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.42 Å2 / Biso mean: 20.3654 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 61 471 2860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7412.0093817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05134657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10725.103145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1815477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.7891512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9521.51616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.771.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76622634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.29931165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7784.51175
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8434688
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 230 -
Rwork0.173 4376 -
all-4606 -
obs--86.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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