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- PDB-4jkn: Mercury Metallated Pseudomonas aeruginosa Azurin at 1.54 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkn
タイトルMercury Metallated Pseudomonas aeruginosa Azurin at 1.54 A
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Mercury metallation
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.536 Å
データ登録者Zampino, A.P. / Masters, F.M. / Bladholm, E.L. / Berry, S.B. / Panzner, M.J. / Ziegler, C.J.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2014
タイトル: Mercury metallation of the copper protein azurin and structural insight into possible heavy metal reactivity.
著者: Zampino, A.P. / Masters, F.M. / Bladholm, E.L. / Panzner, M.J. / Berry, S.M. / Leeper, T.C. / Ziegler, C.J.
履歴
登録2013年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
C: Azurin
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,38017
ポリマ－55,8474
非ポリマー1,53313
水8,071448
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4875
ポリマ－13,9621
非ポリマー5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2243
ポリマ－13,9621
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1622
ポリマ－13,9621
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5067
ポリマ－13,9621
非ポリマー5456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.483, 79.228, 109.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Azurin


分子量: 13961.799 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: azu, azu PA4922, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282, arsenate reductase (azurin)
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.5 M lithium nitrate, 50 mM sodium acetate, pH 5.5, soaked with 3 fold excess Mercury Chloride , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.536→28.24 Å / Num. obs: 73480 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.536→1.74 Å / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEXデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
SAINTデータ削減
APEXデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+67 / 解像度: 1.536→19.66 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.45 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 3682 5.04 %
Rwork0.211 --
obs0.213 73033 98.7 %
all-73049 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.536→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 38 448 4382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4655510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0721497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5361-1.55630.38421190.36552084X-RAY DIFFRACTION78
1.5563-1.57760.35291570.33882634X-RAY DIFFRACTION100
1.5776-1.60010.31081320.32422660X-RAY DIFFRACTION100
1.6001-1.6240.30361240.30462694X-RAY DIFFRACTION100
1.624-1.64940.32251270.30322691X-RAY DIFFRACTION100
1.6494-1.67640.2981170.28672682X-RAY DIFFRACTION100
1.6764-1.70530.30621580.27042664X-RAY DIFFRACTION100
1.7053-1.73630.28291390.25722646X-RAY DIFFRACTION100
1.7363-1.76960.29261540.25042686X-RAY DIFFRACTION100
1.7696-1.80570.2831610.23992627X-RAY DIFFRACTION100
1.8057-1.8450.25041260.23232681X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.88790.28731310.23372696X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.9350.26181470.24172642X-RAY DIFFRACTION99
1.935-1.98730.26441570.21892665X-RAY DIFFRACTION100
1.9873-2.04570.23461330.21292664X-RAY DIFFRACTION99
2.0457-2.11170.24941560.22942656X-RAY DIFFRACTION99
2.1117-2.18710.21211470.19952697X-RAY DIFFRACTION100
2.1871-2.27450.24831630.21422626X-RAY DIFFRACTION99
2.2745-2.37790.21051310.19882732X-RAY DIFFRACTION100
2.3779-2.5030.22721260.19842679X-RAY DIFFRACTION99
2.503-2.65950.21971430.19252719X-RAY DIFFRACTION100
2.6595-2.86420.24741580.19742699X-RAY DIFFRACTION100
2.8642-3.15140.21551420.19842743X-RAY DIFFRACTION100
3.1514-3.6050.21861460.18072740X-RAY DIFFRACTION100
3.605-4.53270.18741510.15722753X-RAY DIFFRACTION100
4.5327-19.66490.20571370.18162891X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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