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- PDB-4jkl: Crystal Structure of Streptococcus agalactiae beta-glucuronidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkl
タイトルCrystal Structure of Streptococcus agalactiae beta-glucuronidase in space group P21212
要素Beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel / beta-sandwich / sugar-binding domain / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Inhibition of Microbiome beta-Glucuronidases Essential to the Alleviation of Cancer Drug Toxicity.
著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / ...著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / McShane, S.R. / Cohen, R.D. / Jin, J. / Frye, S.V. / Zamboni, W.C. / Pepe-Ranney, C. / Mani, S. / Kelly, L. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6096
ポリマ－139,5122
非ポリマー974
水13,944774
1
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,21812
ポリマ－279,0244
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area16980 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area76150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.001, 198.759, 75.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-997-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase


分子量: 69755.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: ATCC BAA-611 / 2603 V/R / 遺伝子: SAG0698 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI (DE3) / 参照: UniProt: Q8E0N2, beta-glucuronidase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-28% PEG 3350, 0.1-0.3 M KSCN, 0.02% sodium azide, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月29日
放射モノクロメーター: Double crystal with K-B biomorph mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→100 Å / Num. obs: 57552 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Χ2: 0.857 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.387.20.47652490.681190.9
2.38-2.488.20.43354150.677194.6
2.48-2.599.40.41356970.703198
2.59-2.7311.20.39457570.715199.7
2.73-2.913.30.34157880.7641100
2.9-3.1214.60.26958160.8011100
3.12-3.44150.16858520.8211100
3.44-3.9314.90.11958710.9941100
3.93-4.9614.80.09159261.1111100
4.96-10014.20.07661810.985199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.288→37.306 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.8437 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 2819 4.91 %random
Rwork0.1744 ---
obs0.1769 57471 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.89 Å2 / Biso mean: 19.9065 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.288→37.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9575 0 4 774 10353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72913408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9343684
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2882-2.32770.31711270.24362301242885
2.3277-2.370.28051410.2142542268392
2.37-2.41560.28411130.20752567268093
2.4156-2.46490.26191370.2122612274996
2.4649-2.51850.27431440.21072708285298
2.5185-2.5770.2831230.20792712283598
2.577-2.64150.27061520.204627192871100
2.6415-2.71290.27051520.202327492901100
2.7129-2.79270.28291480.193927522900100
2.7927-2.88280.26351560.191427342890100
2.8828-2.98580.23231490.193627722921100
2.9858-3.10530.25861530.189227602913100
3.1053-3.24650.2571320.187827832915100
3.2465-3.41760.21441380.166128042942100
3.4176-3.63150.20841620.158327692931100
3.6315-3.91160.21321220.157528252947100
3.9116-4.30480.16441200.139228352955100
4.3048-4.92650.14751390.127228422981100
4.9265-6.20220.20351540.151128643018100
6.2022-37.31140.1791570.172730023159100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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