PDB-4jjo: crystal structure of apo-clavibacter Michiganensis expansin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jjo

タイトル

crystal structure of apo-clavibacter Michiganensis expansin

要素

cellulose binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Cellulose binding protein / Cell wall loosening

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Clavibacter michiganensis (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of wild type and D78N mutant clavibacter Michiganensis expansin, in apo form and in complex with oligosaccharides
著者: Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Georgelis, N. / Cosgrove, D.J.

履歴

登録	2013年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jjo.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jjo.ent.gz	103.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jjo_validation.pdf.gz	408.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jjo_full_validation.pdf.gz	409.6 KB	表示
XML形式データ	4jjo_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	4jjo_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/4jjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/4jjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d30S 4jcw 4js7 4l48 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4js7-d 4m0n-d 3vqm-3 4bh9-d 2p5x-1 5t1x-2 2p5x-2 3al3-d 5j7g-2 6ao3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cellulose binding protein

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.182, 76.528, 36.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	cellulose binding protein 分子量: 21792.594 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 546-746 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clavibacter michiganensis (バクテリア) 遺伝子: celA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K5C7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2M Ammonium Nitrate, 20% PEG3350 , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日 / 詳細: VARIMAX CONFOCAL OPTICS

放射

モノクロメーター: VARIMAX CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→75 Å / Num. all: 17621 / Num. obs: 17595 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.103

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.78	0.319	1	76.6
1.78-1.81		1	77.8
1.81-1.85		1	79.9
1.85-1.89		1	83.2
1.89-1.93		1	84.2
1.93-1.97		1	85.2
1.97-2.02		1	88.3
2.02-2.07		1	91
2.07-2.14		1	89.3
2.14-2.2		1	89.2
2.2-2.28		1	92.5
2.28-2.38		1	91.5
2.38-2.48		1	92.7
2.48-2.61		1	94.8
2.61-2.78		1	96.8
2.78-2.99		1	99.1
2.99-3.29		1	98.9
3.29-3.77		1	99.1
3.77-4.75		1	99.3
4.75-50		1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

開始モデル: 3D30

3d30

解像度: 1.75→26.03 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1951	1752	9.96 %	RANDOM
R_work	0.1655	-	-	-
obs	0.1684	17595	90.1 %	-
all	-	17621	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→26.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1531	0	0	333	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	2162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.517	574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	286

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7505-1.7978	0.2535	112	0.2406	989	X-RAY DIFFRACTION	72
1.7978-1.8507	0.2417	117	0.222	1061	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8507-1.9104	0.2687	121	0.1984	1123	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9104-1.9786	0.2323	125	0.2015	1161	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9786-2.0578	0.2143	135	0.1837	1180	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0578-2.1514	0.2178	144	0.1818	1222	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1514-2.2648	0.2402	135	0.1755	1214	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2648-2.4066	0.1949	141	0.1745	1260	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4066-2.5923	0.2009	134	0.1769	1259	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5923-2.8529	0.2022	140	0.1643	1312	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8529-3.265	0.1888	152	0.1575	1353	X-RAY DIFFRACTION	99
3.265-4.1109	0.1467	144	0.1408	1342	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1109-26.0326	0.1869	152	0.1511	1367	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5626	1.6358	1.0379	6.2377	-3.542	5.751	0.0837	-0.5579	0.0904	0.4601	0.0138	0.4043	-0.5297	-0.0394	0.0132	0.1766	0.0122	0.0061	0.1776	-0.0264	0.1397	-9.313	6.3213	-0.5576
2	1.3248	0.7095	0.9808	2.0886	1.0874	1.2686	-0.2612	0.3126	0.0819	-0.4976	0.2263	-0.0179	-0.2256	0.6017	-0.0064	0.2629	-0.0906	0.0374	0.2831	0.0139	0.1841	5.3162	20.9269	-2.5331
3	3.0607	0.023	-0.2915	2.3834	0.6092	3.6205	-0.255	0.0697	-0.1956	-0.1599	0.0657	-0.1802	-0.0741	0.2408	0.1359	0.1007	-0.0397	0.0546	0.1298	-0.0167	0.1392	-1.4009	13.8478	2.8537
4	2.6659	0.6192	1.2529	2.9855	1.1808	3.3152	-0.0712	0.2016	-0.0037	-0.3142	0.0941	-0.0103	-0.283	0.2907	-0.0171	0.1328	-0.0369	0.0223	0.1476	0.0056	0.0934	-3.8468	8.539	-1.9901
5	8.4999	-4.9245	6.1912	5.0113	-1.743	6.2632	-0.1539	0.9126	1.1883	-1.1223	0.0756	-0.8717	-1.2862	0.6493	0.5457	0.2764	-0.0495	-0.0975	0.226	-0.013	0.269	-6.3556	4.4924	-13.8121
6	7.7645	1.4596	2.5356	9.1035	-2.1651	8.2166	-0.1697	-0.0066	-0.0117	-0.3169	0.0196	0.3856	-0.3208	-0.2284	0.246	0.1708	-0.0004	-0.0086	0.1554	-0.0241	0.1863	-10.7511	3.1537	-5.4294
7	8.0414	3.5817	3.1293	1.8983	0.5061	1.5235	0.2925	-0.2736	-0.2359	0.3282	-0.175	-0.1499	0.1055	-0.0656	-0.0823	0.1631	0.0011	-0.0186	0.1166	-0.025	0.1133	6.377	5.9198	8.4572
8	1.4734	-1.1204	-0.0436	8.2077	0.9677	2.0247	0.0467	0.1017	0.1945	0.0023	-0.1363	-0.1049	-0.0434	0.0626	0.1107	0.0744	-0.0082	0.0127	0.1492	0.0191	0.1417	11.3175	27.2638	11.0147
9	6.1072	6.5985	3.3412	8.3241	5.4031	5.8587	-0.1494	-0.1179	0.4741	1.2345	0.223	0.9278	0.1929	-0.0681	-0.0114	0.2272	0.0352	0.0301	0.1551	0.0113	0.2152	7.2186	17.4003	19.363
10	5.2237	-2.7696	5.938	1.9132	-1.9934	9.8588	-0.0383	-1.2675	-0.1416	1.2436	-0.0838	-1.0345	-0.6782	0.6091	0.4325	0.5071	-0.1116	-0.1463	0.4145	0.1035	0.2842	15.2811	24.5208	29.7276
11	3.658	1.9264	2.193	4.6969	0.6669	5.4657	0.0518	-0.0881	0.1142	0.0763	-0.0479	0.3696	-0.1514	-0.2106	-0.0949	0.15	0.0098	0.0298	0.1532	-0.011	0.1462	3.9313	25.3952	15.2039
12	1.6147	-0.4935	0.7223	4.1227	0.3811	1.3211	0.0678	-0.0806	0.0505	0.4027	-0.0497	-0.5512	-0.0176	0.1156	-0.0381	0.1984	0.0081	-0.0151	0.1712	0.0028	0.1657	13.7371	19.68	19.7239
13	2.2186	-2.4559	1.3998	2.578	-1.3697	2.6183	-0.1128	0.0833	0.2938	0.0476	-0.0926	-0.4605	-0.1833	0.3524	0.1971	0.1433	-0.0132	0.0344	0.2104	0.0391	0.2088	19.0173	22.605	8.9308
14	1.9211	-0.4017	-2.4464	1.9985	-1.2564	5.2358	-0.1934	0.2224	-1.2504	-0.786	-0.0329	0.5259	0.3929	0.3909	0.2311	0.3144	0.0115	-0.0173	0.2107	-0.0303	0.4017	14.6975	3.914	12.3026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 11:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 30:49)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 50:85)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 86:92)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 93:98)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 99:111)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 112:131)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 132:140)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 141:145)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 146:159)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 160:184)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 185:196)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 197:202)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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