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万見
- PDB-4jiz: Human Mob1-phosphopeptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jiz
タイトルHuman Mob1-phosphopeptide complex
要素
  • MOB kinase activator 1A
  • phosphopeptide
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / extracellular exosome / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOB kinase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stach, L. / Ogrodowicz, R.W. / Rock, J.M. / Lim, D. / Yaffe, M.B. / Amon, A. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Activation of the yeast Hippo pathway by phosphorylation-dependent assembly of signaling complexes.
著者: Rock, J.M. / Lim, D. / Stach, L. / Ogrodowicz, R.W. / Keck, J.M. / Jones, M.H. / Wong, C.C. / Yates, J.R. / Winey, M. / Smerdon, S.J. / Yaffe, M.B. / Amon, A.
履歴
登録2013年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOB kinase activator 1A
B: phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3783
ポリマ－21,3122
非ポリマー651
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.490, 59.600, 53.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 20236.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C2orf6, MOB1, MOB1A, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H8S9
#2: タンパク質・ペプチド phosphopeptide


分子量: 1076.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→60 Å / Num. all: 12390 / Num. obs: 10903 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.047 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.38 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 505 4.79 %random
Rwork0.178 ---
all0.231 10562 --
obs0.1803 10057 87.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 1 49 1549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7352090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.887564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21070.3046790.23991711X-RAY DIFFRACTION52
2.2107-2.34920.30641130.21992410X-RAY DIFFRACTION74
2.3492-2.53060.24891700.20183040X-RAY DIFFRACTION93
2.5306-2.78520.23081510.19643231X-RAY DIFFRACTION100
2.7852-3.1880.25431740.19523260X-RAY DIFFRACTION100
3.188-4.01590.21331700.16193251X-RAY DIFFRACTION100
4.0159-39.05350.19981540.15913210X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3878-0.2531-1.23840.813-0.11197.2984-0.2937-0.1972-0.54570.36350.2077-0.25651.18150.7101-1.55051.05270.0835-0.120.4684-0.3157-0.0633-1.0335-6.9941-24.3958
20.2519-0.37660.07340.4775-0.14460.0316-0.03980.0843-0.5997-0.84540.02810.93410.0165-0.2854-0.03190.4178-0.0734-0.08280.3581-0.03360.3752-11.6559-0.5936-14.1605
30.2142-0.1040.19590.2726-0.19630.1918-0.14780.0339-0.29170.42260.2010.0448-0.0358-0.07670.00060.26120.01640.03820.2270.02070.2766-9.14958.90344.6559
40.1102-0.27680.03720.6038-0.14440.23430.0419-0.0933-0.0772-0.24590.14210.626-0.2146-0.28360.00660.18840.0357-0.03130.29070.04560.3779-14.778314.7965-7.4947
50.14340.0486-0.016-0.0001-0.01040.0069-0.02290.0883-0.0079-0.23250.04170.0912-0.017-0.87610.01021.0087-0.0705-0.37040.7109-0.01660.5631-18.80186.9256-26.3994
60.15260.0254-0.03730.40660.30710.24680.26230.0356-0.1095-0.31750.12090.4749-0.2181-0.18540.03930.25240.0269-0.06470.17750.02370.2051-7.51657.5671-13.8089
70.08350.11340.13740.1620.18750.2585-0.0304-0.21050.0770.4345-0.12480.24980.1087-0.3504-0.01730.33160.0101-0.00360.27420.10660.345-9.5065-6.42435.3172
80.5614-0.19730.27950.1458-0.1730.19770.29570.0232-0.498-0.7579-0.080.31440.24010.12850.01050.3364-0.0015-0.00830.2147-0.05310.2212-2.3953-4.0319-11.0541
90.10910.11590.09350.16130.0490.21720.1396-0.3238-0.1586-0.33240.0724-0.41430.00290.124-0.00030.20610.0270.01550.20640.00860.2634.49614.3166-7.7935
100.07610.0766-0.00560.0758-0.04590.0340.03610.21740.5033-0.103-0.1702-0.2008-0.18620.05860.00090.27010.0297-0.00690.23030.06780.2774-1.573619.3451-2.5518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 115 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 145 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 155 through 172 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 173 through 190 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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