PDB-4jid: Crystal structure of BaLdcB / VanY-like L,D-carboxypeptidase Zinc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jid

タイトル

Crystal structure of BaLdcB / VanY-like L,D-carboxypeptidase Zinc(II)-free

要素

D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / BaLdcB / L / D-carboxypeptidase / tetrapeptidase / substrate L-Ala-D-iso-Gln-L-Lys-D-Ala

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / membrane => GO:0016020 / carboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Shatsman, S. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the LdcB LD-Carboxypeptidase Reveals the Molecular Basis of Peptidoglycan Recognition.
著者: Hoyland, C.N. / Aldridge, C. / Cleverley, R.M. / Duchene, M.C. / Minasov, G. / Onopriyenko, O. / Sidiq, K. / Stogios, P.J. / Anderson, W.F. / Daniel, R.A. / Savchenko, A. / Vollmer, W. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2013年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Other / Structure summary
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Structure summary
改定 1.3	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.4	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.5	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.6	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jid.cif.gz	173.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jid.ent.gz	141 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jid_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jid_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	4jid_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4jid_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/4jid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mphC 4ox3C 4ox5C 4oxdC 4f78S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wih-d 1ghb-d 1gmd-d 2fbe-1 6tgd-1 5ypk-8 6lj0-d 1gmc-d 6q24-d 5zj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02154

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.576, 112.996, 124.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein 分子量: 24300.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BACI_c24940, dacA3, VanY / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: D8GYY2, UniProt: A0A6L8PDI9*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 2.3mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.1M HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001; Cryo: paraton., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 24059 / Num. obs: 24059 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F78

4f78

解像度: 2.3→29.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 16.586 / SU ML: 0.175 / Isotropic thermal model: Individually Refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25873	1226	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19099	-	-	-
obs	0.19442	22730	98.16 %	-
all	-	22730	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.013 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.27 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	7.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2912	0	4	214	3130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	1.958	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.797	3	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.655	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.009	24.706	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.488	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.902	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.221	1.5	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.359	1.5	766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.065	2	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.619	3	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.23	4.5	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	60	-
R_work	0.262	1585	-
obs	-	-	93.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9844	-1.0355	1.3545	0.1872	-0.0531	5.4423	-0.033	0.5342	0.0847	0.0026	-0.1261	0.0018	-0.2988	-0.3907	0.1591	0.1603	-0.0317	-0.036	0.1954	-0.0947	0.1447	47.4904	26.6354	16.9492
2	3.3627	0.2649	0.3746	1.767	-0.0619	5.0355	0.0031	-0.2435	-0.5395	0.0953	0.0267	0.0172	0.296	0.3091	-0.0298	0.1742	0.0034	-0.0338	0.1455	-0.0715	0.2393	65.2838	19.1235	25.8753
3	2.8685	-3.9086	-3.6674	5.678	4.1464	6.827	0.0713	-0.2395	0.3365	0.1819	0.2528	-0.4653	-1.0434	0.3038	-0.3241	0.581	-0.0348	-0.1813	0.4456	-0.1217	0.3751	50.957	36.861	30.4087
4	7.2406	-0.5214	0.3041	1.2631	0.4164	2.7239	-0.028	0.4698	0.7187	-0.016	0.0265	-0.2806	-0.3621	0.4474	0.0014	0.1389	-0.055	-0.0178	0.1723	-0.0192	0.1693	67.5067	30.1247	19.1808
5	3.2364	0.3198	1.2948	0.9188	-0.4154	4.2891	-0.1095	0.7828	0.3094	-0.0525	0.1112	0.011	-0.2516	0.3142	-0.0017	0.1027	-0.0307	-0.0062	0.3237	-0.0459	0.1445	61.6763	29.4891	10.1869
6	15.7197	-4.4764	0.3058	6.2003	-1.7552	5.4774	-0.0131	-0.2347	1.3496	-0.1522	-0.1842	-0.7295	-0.7845	1.2332	0.1973	0.3933	-0.198	-0.0432	0.2947	-0.0416	0.5395	75.3868	50.0047	49.8818
7	6.1589	0.2426	-0.5704	2.0945	0.1659	3.0831	0.0279	-0.4828	-0.1875	0.0525	0.011	-0.0393	0.2504	0.3137	-0.039	0.1033	0.0006	-0.0104	0.103	-0.0326	0.0587	69.5973	31.6904	50.1955
8	14.1909	-7.3139	-1.385	11.6279	-0.0646	1.2552	0.5492	2.2894	-0.1624	-1.1957	-0.4687	0.121	-0.1857	-0.2859	-0.0805	0.574	-0.0155	0.0115	0.6112	0.0677	0.4002	70.8939	46.6193	35.4309
9	4.7969	0.3362	0.833	2.7334	0.1945	2.0111	0.0227	-0.1552	0.2502	-0.0805	-0.0336	0.0972	-0.1888	-0.5888	0.0109	0.1477	0.0014	0.0305	0.227	-0.0644	0.1256	58.8054	37.9653	48.3415
10	3.396	-0.619	2.1521	4.0774	0.445	7.3413	-0.0745	-0.5998	0.6541	0.2535	0.0104	0.1716	-0.7351	-0.2328	0.0641	0.1363	-0.0167	0.0447	0.1474	-0.1574	0.1977	60.0973	47.0323	54.2813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	78 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	155 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	209 - 243
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	56 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	79 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	157 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	209 - 243

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)