PDB-4jgj: Crystal structure of the Ig-like D1 domain from mouse Carcinoembr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jgj

タイトル

Crystal structure of the Ig-like D1 domain from mouse Carcinoembryogenic antigen-related cell adhesion molecule 15 (CEACAM15) [PSI-NYSGRC-005691]

要素

Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15
Unknown peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CEACAM15 / Ig-like D1 domain / Ig superfamily / Cell adhesion / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6508 Å

データ登録者

Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the Ig-like D1 domain of CEACAM15 from Mus musculus [NYSGRC-005691]
著者: Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jgj.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jgj.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jgj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1c7h-1 1ea2-1 3rgr-1 5kp3-1 3ipt-1 6u4i-d 2pzv-1 1oh0-d 1opy-1 5kp1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-005691

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15

X: Unknown peptide

Y: Unknown peptide

ヘテロ分子

30.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: Unknown peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
699 Da, 1 ポリマー

3

Y: Unknown peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
699 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.168, 101.168, 75.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 15

分子量: 14280.100 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Reesidues 26-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CEACAM-15, Ceacam15 / プラスミド: pIEX / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0JLX4, UniProt: A0A0B4J1L0*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

Unknown peptide

分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Unknown polpypeptides, probably arising from cloning artifacts at the N and/or C-terminus.
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CEACAM-15 / プラスミド: pIEX / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

CHAINS X & Y IN THE STRUCTURE ARE POLYPEPTIDES WHICH THE AUTHORS BELIEVE REPRESENTS EITHER THE N OR ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7 詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Citrate:Citric Acid (pH 5.5), 40%(v/v) 1,2-Propanediol); Cryoprotection (Reservoir + ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Citrate:Citric Acid (pH 5.5), 40%(v/v) 1,2-Propanediol); Cryoprotection (Reservoir + final concentration of 20%(v/v) DMSO), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Citrate:Citric Acid (pH 5.5), 40%(v/v) 1,2-Propanediol); Cryoprotection (Reservoir + ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 8403 / Num. obs: 8392 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.65-2.7	6.8	401	0.929	1	100
2.7-2.74	7.4	431	0.911	1	99.8
2.74-2.8	7.5	418	0.916	1	100
2.8-2.85	7.7	416	0.941	1	99.5
2.85-2.92	7.7	415	0.966	1	99.8
2.92-2.98	7.7	433	0.977	1	100	0.82
2.98-3.06	7.7	405	0.977	1	100	0.593
3.06-3.14	7.7	429	0.978	1	100	0.44
3.14-3.23	7.8	424	0.995	1	99.8	0.337
3.23-3.34	7.7	416	1.02	1	100	0.219
3.34-3.46	7.7	414	0.971	1	100	0.14
3.46-3.6	7.7	415	0.972	1	100	0.114
3.6-3.76	7.7	435	1.048	1	100	0.097
3.76-3.96	7.7	414	1.013	1	100	0.077
3.96-4.21	7.7	426	1.031	1	100	0.055
4.21-4.53	7.7	427	1.056	1	100	0.042
4.53-4.99	7.6	413	1.066	1	100	0.036
4.99-5.71	7.6	424	0.842	1	100	0.04
5.71-7.19	7.5	415	0.799	1	100	0.036
7.19-50	7.8	421	0.667	1	99.3	0.026

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6508→37.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8224 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2217	320	4.65 %	RANDOM
R_work	0.1953	-	-	-
obs	0.2041	6884	82.31 %	-
all	-	8403	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.16 Å² / B_iso mean: 44.8829 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6508→37.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1748	0	28	12	1788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	2411
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.286	639

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6508-3.3369	0.2628	107	0.2046	2575	2682	62
3.3369-19.0982	0.2349	204	0.1999	3978	4182	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5037	-0.1086	-0.6074	1.0521	-0.196	0.831	0.4298	-0.107	0.1079	0.2677	0.0633	-0.3048	-0.0488	0.0721	0.4557	0.096	-0.2096	-0.1811	0.697	-0.1051	0.5245	76.839	73.7955	11.0099
2	3.079	-0.8588	-0.5417	4.0737	0.5735	2.6165	0.5583	0.0107	0.7196	0.645	-0.4907	-0.1577	0.129	-0.0725	0.0782	0.21	-0.1393	-0.016	0.5004	-0.0331	0.3806	67.0117	72.0698	11.9217
3	0.5266	-0.366	-0.821	1.6043	0.1279	1.4034	0.4931	-0.1282	0.6684	0.1358	-0.0857	-0.1356	0.0677	-0.0745	-0.0119	0.1573	-0.144	-0.1458	0.6996	0.0756	0.6936	76.5109	76.9667	11.8447
4	0.2974	-0.5049	0.3743	3.3037	0.4147	0.9418	-0.1781	0.5814	-0.3383	0.458	0.0625	0.6835	0.1892	0.0325	-0.0117	0.3977	-0.2162	-0.0561	0.4547	-0.1551	0.5274	49.4566	58.5492	13.4913
5	1.4161	-0.1907	0.1295	2.2174	-0.2015	1.068	0.2739	0.2022	0.2635	0.4347	-0.2112	0.555	0.2378	-0.1072	-0.0685	0.3139	-0.3661	-0.105	0.6238	-0.0661	0.4812	55.8285	65.8298	12.1899
6	0.5616	-0.5054	0.1422	1.9715	-0.6033	0.7399	0.3745	0.0862	-0.3172	0.0656	0.0604	0.6219	0.1603	-0.2558	-0.0453	0.4826	-0.4205	-0.0261	0.7809	-0.0967	0.6218	47.0025	59.9775	12.6023
7	0.0867	-0.0239	0.0046	0.0433	0.056	0.0878	0.0502	-0.0671	0.0221	0.0661	-0.0326	0.0274	-0.0114	0.0013	-0.0787	0.4598	-0.3224	-0.1829	0.5689	-0.154	0.7909	89.4138	74.7724	23.3606
8	0.4378	-0.0378	-0.7707	0.0395	0.0504	1.3638	0.0938	0.107	-0.0144	0.0335	-0.0177	0.0758	0.0574	-0.054	-0.0511	0.4648	-0.3282	-0.2388	0.7465	-0.1705	0.787	42.4258	47.4329	0.3777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 65 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 111 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 137)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 28 through 65 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 66 through 111 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 112 through 137 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'X' and (resid 1 through 8)	X
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'Y' and (resid 101 through 108)	Y

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)