PDB-4jfx: Structure of phosphotyrosine (pTyr) scaffold bound to pTyr peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jfx

タイトル

Structure of phosphotyrosine (pTyr) scaffold bound to pTyr peptide

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
Phosphopeptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immmunoglobulin domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2013
タイトル: Nature-inspired design of motif-specific antibody scaffolds.
著者: Koerber, J.T. / Thomsen, N.D. / Hannigan, B.T. / Degrado, W.F. / Wells, J.A.

履歴

登録	2013年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Structure summary
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2014年3月26日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jfx.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jfx.ent.gz	300.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jfx_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jfx_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	4jfx_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	4jfx_validation.cif.gz	71 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jfyC 4jfzC 4jg0C 4jg1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w5d-1 5vz1-1 6wju-2 6ubi-1 5bk5-4 5ggu-2 3hc0-2 4m6m-d 5ggu-1 3cfj-2 3egs-d 5ihz-2 4ocy-d 3w9d-2 6xun-2 6w5d-2 5bvj-3 1y18-1 4xbg-2 2orb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

P: Phosphopeptide

ヘテロ分子

98.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

P: Phosphopeptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.854, 152.854, 85.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-417- HOH

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23303.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 24947.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 PRO+
#3: タンパク質・ペプチド	Phosphopeptide 分子量: 1410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2M KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 83545 / Num. obs: 83545 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1.063 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	4.1	0.668	8292	1.098	1	100
2.02-2.1	4.1	0.496	8299	1.084	1	100
2.1-2.2	4.1	0.369	8263	1.077	1	100
2.2-2.31	4.1	0.306	8322	1.082	1	100
2.31-2.46	4.1	0.244	8301	1.091	1	100
2.46-2.65	4.2	0.176	8336	1.07	1	100
2.65-2.91	4.1	0.117	8340	1.051	1	100
2.91-3.33	4.1	0.074	8357	1.001	1	100
3.33-4.2	4	0.051	8424	1.016	1	99.9
4.2-50	4	0.033	8611	1.058	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ELVES		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→43.156 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2018	4166	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1629	-	-	-
obs	0.1648	83503	99.91 %	-
all	-	83503	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.23 Å² / B_iso mean: 32.9291 Å² / B_iso min: 6.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6666	0	26	977	7669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.196	9493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.643	2561

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9501-1.9722	0.2841	142	0.2387	2613	2755	99
1.9722-1.9954	0.2593	116	0.2266	2637	2753	100
1.9954-2.0198	0.2801	124	0.2269	2646	2770	100
2.0198-2.0453	0.2414	139	0.219	2636	2775	100
2.0453-2.0723	0.2888	139	0.2089	2601	2740	100
2.0723-2.1006	0.2646	127	0.209	2651	2778	100
2.1006-2.1307	0.236	152	0.1954	2614	2766	100
2.1307-2.1625	0.2329	152	0.1875	2603	2755	100
2.1625-2.1962	0.2401	145	0.1802	2605	2750	100
2.1962-2.2322	0.2223	127	0.1875	2635	2762	100
2.2322-2.2707	0.2335	135	0.1812	2632	2767	100
2.2707-2.312	0.2369	142	0.1814	2646	2788	100
2.312-2.3565	0.2486	152	0.1784	2600	2752	100
2.3565-2.4046	0.2461	130	0.1748	2651	2781	100
2.4046-2.4569	0.2433	150	0.1704	2610	2760	100
2.4569-2.514	0.2106	144	0.1653	2625	2769	100
2.514-2.5769	0.249	129	0.1684	2671	2800	100
2.5769-2.6465	0.1967	124	0.1647	2653	2777	100
2.6465-2.7244	0.2028	145	0.1694	2622	2767	100
2.7244-2.8123	0.1976	143	0.1758	2647	2790	100
2.8123-2.9128	0.2252	132	0.1716	2641	2773	100
2.9128-3.0294	0.1943	155	0.1683	2628	2783	100
3.0294-3.1673	0.2335	140	0.1706	2653	2793	100
3.1673-3.3342	0.2005	124	0.1635	2660	2784	100
3.3342-3.543	0.175	149	0.155	2656	2805	100
3.543-3.8164	0.1812	154	0.1494	2661	2815	100
3.8164-4.2002	0.1798	133	0.1341	2671	2804	100
4.2002-4.8072	0.1345	148	0.1108	2677	2825	100
4.8072-6.054	0.1617	120	0.1263	2731	2851	100
6.054-43.1668	0.1591	154	0.1573	2761	2915	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9586	-0.307	0.2533	2.0512	-0.3221	1.1642	-0.0102	0.0675	-0.0403	-0.0203	0.0003	-0.149	0.145	0.1625	-0	0.1859	-0.0053	-0.0224	0.1789	-0.0047	0.2081	66.518	-35.3478	-15.8243
2	2.7836	1.1331	0.2036	0.8032	0.2462	0.9264	-0.0796	0.0996	0.0765	-0.0686	0.0363	0.1182	0.0232	-0.2541	-0.0004	0.2392	-0.0536	-0.038	0.2409	0.0286	0.2632	34.2213	-21.4234	-20.8516
3	2.5904	0.7839	-0.558	0.7992	-0.3684	1.5699	0.0116	-0.2331	0.0961	-0.0228	-0.0374	0.0319	-0.0406	0.0723	0	0.1859	0.0152	-0.0021	0.1928	0.0047	0.203	68.1138	-30.7292	-0.3928
4	2.2449	-0.3743	0.603	1.3076	-0.6596	1.3966	-0.0074	-0.0681	-0.0587	-0.0134	-0.0291	0.0615	0.004	-0.0929	0	0.1964	-0.0799	-0.0114	0.2546	-0.0009	0.2173	32.3114	-33.1371	-1.7404
5	0.5825	-0.4779	0.6293	1.9355	-0.7336	0.8326	0.0763	0.0025	0.0906	-0.2963	-0.0355	-0.1071	-0.0345	-0.0166	-0.0001	0.3268	0.013	0.0134	0.1528	0.0167	0.2602	57.9217	-6.358	-41.9207
6	1.1094	0.0194	1.4306	1.8796	-0.726	2.5894	-0.1785	-0.2618	-0.0659	0.196	0.4232	0.295	-0.2428	-0.8784	0.0293	0.2591	0.0901	0.0423	0.5028	0.1234	0.2667	43.7625	-39.4233	-43.774
7	1.3602	0.1356	0.2183	2.9731	-0.2135	2.3485	0.0296	0.0692	0.0616	-0.6688	-0.0459	-0.4962	-0.0368	0.3519	0.0069	0.5839	0.0179	0.134	0.216	0.0211	0.3351	66.6392	-7.5669	-55.715
8	1.7759	-0.0263	1.2512	1.4629	-0.2123	2.5468	-0.2402	-0.2305	0.0305	-0.0655	0.1755	0.2159	-0.4542	-0.4041	-0.0008	0.3445	0.0323	-0.0525	0.3751	0.0338	0.2459	40.3373	-30.3782	-64.2895
9	0.2094	0.1866	0.099	0.4183	0.004	0.1229	-0.0119	-0.1241	-0.9012	0.1148	-0.0215	0.3143	0.434	-0.0755	0.3879	0.5973	-0.2257	-0.1094	0.6793	0.2579	0.6725	37.2289	-53.2635	-51.8385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 125:219 )	B	125 - 219
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:124 )	B	1 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 109:214 )	A	109 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1:108 )	A	1 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 125:215 )	H	125 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 1:124 )	H	1 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 109:214 )	L	109 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN P AND ( RESID 2:7 OR RESID 8:8 ) )	P	2 - 7
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN P AND ( RESID 2:7 OR RESID 8:8 ) )	P	8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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