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- PDB-4jfs: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminosugar inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfs
タイトルCrystal structure of a bacterial fucosidase with iminosugar inhibitor 4-epi-(+)-Codonopsinine
要素alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-L-fucosidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-16Z / IMIDAZOLE / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wright, D.W. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: alpha-L-fucosidase inhibition by pyrrolidine-ferrocene hybrids: rationalization of ligand-binding properties by structural studies.
著者: Hottin, A. / Wright, D.W. / Steenackers, A. / Delannoy, P. / Dubar, F. / Biot, C. / Davies, G.J. / Behr, J.B.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-L-fucosidase
B: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,69715
ポリマ－104,1622
非ポリマー1,53513
水15,349852
1
A: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7147
ポリマ－52,0811
非ポリマー6336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9838
ポリマ－52,0811
非ポリマー9027
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 95.770, 97.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 470 / Label seq-ID: 1 - 436

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 alpha-L-fucosidase


分子量: 52080.930 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A3I4

-
非ポリマー , 6種, 865分子

#2: 化合物 ChemComp-16Z / (2S,3S,4R,5S)-2-(4-methoxyphenyl)-1,5-dimethylpyrrolidine-3,4-diol / 4-epi-(+)-Codonopsinine / 4-epi(+)-コドノプシニン


分子量: 237.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19NO3
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.13 M ammonium sulfate, 12% PEG 6K, 0.1M imidazole pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.578→97.101 Å / Num. all: 83920 / Num. obs: 83920 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.113.90.451.747345122310.4599.6
2.11-2.243.90.3232.445425116310.32399.6
2.24-2.393.90.2273.342582108730.22799.5
2.39-2.583.90.1744.339631101240.17499.4
2.58-2.833.90.1216.13627993540.12199.4
2.83-3.163.90.0878.23258484320.08799.3
3.16-3.653.80.0689.42833074940.06899.7
3.65-4.473.70.0599.92316662790.05998.9
4.47-6.323.70.05111.41737647500.05196.1
6.32-36.2733.90.0319.31081027520.0399.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J27

4j27


解像度: 2→97.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.1503 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8785 / SU B: 3.416 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1316 / SU Rfree: 0.1246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES FROM 4J27 WERE CONVERTED INTO THE (ALMOST) ISOMORPHOUS CELL OF 4JFS TO BUILD A STARTING MODEL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES FROM 4J27 WERE CONVERTED INTO THE (ALMOST) ISOMORPHOUS CELL OF 4JFS TO BUILD A STARTING MODEL DIRECTLY. THE RFREE FLAG FROM 4J27 WAS USED FOR THIS DATASET.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 4187 5 %AS 4J27
Rwork0.1566 ---
obs0.1584 83899 99.11 %-
all-83920 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86 Å2 / Biso mean: 25.8593 Å2 / Biso min: 13.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å20 Å2-0.82 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----2.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→97.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7031 0 100 852 7983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.027427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9410115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0733.00215455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9645901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54224.254355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.539151181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9931534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8522.363529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.852.3593528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5633.5274416
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26798 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 308 -
Rwork0.231 5841 -
all-6149 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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