[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4jfv: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminosugar inhib... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jfv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminosugar inhibitor (2S,3S,4R,5S)-2-[N-(methylferrocene)]aminoethyl-5-methylpyrrolidine-3,4-diol | ||||||
Components | alpha-L-fucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-L-fucosidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Wright, D.W. / Davies, G.J. | ||||||
Citation | Journal: Chemistry / Year: 2013 Title: alpha-L-fucosidase inhibition by pyrrolidine-ferrocene hybrids: rationalization of ligand-binding properties by structural studies. Authors: Hottin, A. / Wright, D.W. / Steenackers, A. / Delannoy, P. / Dubar, F. / Biot, C. / Davies, G.J. / Behr, J.B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jfv.cif.gz | 375.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4jfv.ent.gz | 302.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jfv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jfv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4jfv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4jfv_validation.xml.gz | 67.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4jfv_validation.cif.gz | 96.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/4jfv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jfsC 4jftC 4jfuC 4jfwC 2wvvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 52080.930 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 35-484 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) Strain: VPI-5482 / Plasmid: pET-YSBLIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8A3I4 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | ChemComp-H57 / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.5 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.13M ammonium sulfate, 16% PEG 6K, 0.1M imidazole pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9173 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.714→97.409 Å / Num. all: 155289 / Num. obs: 155289 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2WVV Resolution: 1.88→97.409 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2239 / WRfactor Rwork: 0.1918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8394 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1526 / SU Rfree: 0.1372 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.137 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY LIGAND AGLYCON HAS HIGH THERMAL FACTORS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.95 Å2 / Biso mean: 31.1146 Å2 / Biso min: 11.73 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→97.409 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
|