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- PDB-4jl1: Crystal structure of a bacterial fucosidase with a multivalent im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jl1
タイトルCrystal structure of a bacterial fucosidase with a multivalent iminocyclitol inhibitor
要素alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-L-fucosidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chem-LM5 / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Wright, D.W. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: EUR.J.ORG.CHEM. / 年: 2013
タイトル: Exploring a Multivalent Approach to alpha-L-Fucosidase Inhibition
著者: Moreno-Clavijo, E. / Carmona, A.T. / Moreno-Varga, A.J. / Molina, L. / Wright, D.W. / Davies, G.J. / Robina, I.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-L-fucosidase
B: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,93019
ポリマ－104,1622
非ポリマー1,76817
水19,0061055
1
A: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,01110
ポリマ－52,0811
非ポリマー9309
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9199
ポリマ－52,0811
非ポリマー8388
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.378, 96.047, 97.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 473 / Label seq-ID: 1 - 439

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 alpha-L-fucosidase


分子量: 52080.930 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A3I4

-
非ポリマー , 5種, 1072分子

#2: 化合物 ChemComp-LM5 / (3S,4R,5S)-N-benzyl-3,4-dihydroxy-5-methyl-D-prolinamide / (2R)-N-ベンジル-3α,4α-ジヒドロキシ-5α-メチルピロリジン-2β-カルボアミド


分子量: 250.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N2O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細INHIBITOR LIGAND IS N,N',N"-(1,3,5-PHENYLENETRIS(METHYLENE))TRIS-[(2S,3S,4R,5S)-3,4-DIHYDROXY-5- ...INHIBITOR LIGAND IS N,N',N"-(1,3,5-PHENYLENETRIS(METHYLENE))TRIS-[(2S,3S,4R,5S)-3,4-DIHYDROXY-5-METHYLPYRROLIDINE-2-CARBOXAMIDE]. HOWEVER, NO ADDITIONAL ATOMS COULD BE MODELLED RELIABLY FOR THIS INHIBITOR THAN WHAT ARE PRESENT IN THE PDB COORDINATES. AS SUCH, A COORDINATE SET AND MAXIMUM-LIKELIHOOD REFINEMENT DICTIONARY FOR LM5 WERE USED FOR MODELLING THIS INHIBITOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 85% dilution of (0.13M AS, 15% PEG6K, 0.1M imidazole pH 7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→48.707 Å / Num. all: 141254 / Num. obs: 141254 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.68-1.773.10.5011.564370206670.50199.6
1.77-1.883.30.372263790196150.37299.6
1.88-2.013.20.2662.758494183880.26699.5
2.01-2.173.20.177455369170460.17799.1
2.17-2.383.30.135.251614156540.1398.7
2.38-2.663.10.1076.144377141560.10798.7
2.66-3.073.30.087740908124190.08798.1
3.07-3.763.10.079733003105300.07997.9
3.76-5.313.30.0668.22678882060.06698.5
5.31-48.7073.20.0538.61483045730.05398.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J27

4j27


解像度: 1.68→48.707 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.2001 / WRfactor Rwork: 0.1701 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8371 / SU B: 2.252 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.0817 / SU Rfree: 0.0822 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. LIGAND "AGLYCON" IS SOMEWHAT UNRESOLVED, ATOMS THAT DO NOT FIT DENSITY HAVE BEEN DELETED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 7027 5 %AS PDB ENTRY 4J27
Rwork0.1649 ---
obs0.1662 141053 98.79 %-
all-141254 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.43 Å2 / Biso mean: 25.4304 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å2-0.46 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7048 0 107 1055 8210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.027555
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.94410293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2913.00415769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99224.178359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97151214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1121536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0218580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9782.2453576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9772.2453576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7253.3564474
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26894 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 507 -
Rwork0.289 9929 -
all-10436 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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