[日本語] English
万見
- PDB-4jfb: Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfb
タイトルCrystal structure of OmpF in C2 with tNCS
要素Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / porin / OmpF / E. coli outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.801 Å
データ登録者Wiseman, B. / Kilburg, A. / Chaptal, V. / Reyes-Meija, G.C. / Sarwan, J. / Falson, P. / Jault, J.M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2014
タイトル: Stubborn contaminants: influence of detergents on the purity of the multidrug ABC transporter BmrA
著者: Wiseman, B. / Kilburg, A. / Chaptal, V. / Reyes-Mejia, G.C. / Sarwan, J. / Falson, P. / Jault, J.M.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F
D: Outer membrane protein F
E: Outer membrane protein F
F: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,6866
ポリマ－222,6866
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
2
D: Outer membrane protein F
E: Outer membrane protein F
F: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.910, 110.880, 226.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P02931

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.97
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 120.97
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年7月15日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2013年2月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21
反射解像度: 3.8→68.57 Å / Num. all: 38450 / Num. obs: 32150 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / % possible all: 28.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZFG

2zfg


解像度: 3.801→68.57 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 34.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3143 1581 4.94 %RANDOM
Rwork0.2616 ---
all0.2644 38450 --
obs0.2644 32028 83.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 304.67 Å2 / Biso mean: 113.0781 Å2 / Biso min: 14.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.801→68.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15762 0 0 0 15762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09721785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0415629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042940
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.8006-3.92320.3372390.260790827
3.9232-4.06340.2817820.2655176553
4.0634-4.22610.29811190.2629237672
4.2261-4.41840.291340.2512300890
4.4184-4.65130.29721680.2433319997
4.6513-4.94260.33311700.2288319697
4.9426-5.32410.29441690.2248317497
5.3241-5.85970.3081820.2235321196
5.8597-6.7070.28161730.2356321897
6.707-8.44760.30841750.278322796
8.4476-68.58150.38841700.3282316593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19620.0065-0.9651.09190.02312.16980.2889-0.880.25520.10870.13450.0167-2.02591.59910.00061.0743-0.30290.01480.3259-0.24990.371585.0291-27.59933.627
20.8327-0.3874-0.21440.0838-0.12972.17510.30290.74290.2988-0.40410.22350.067-0.9827-2.66380.52160.56490.7633-0.02241.24360.22090.530850.6447-30.28116.8382
30.6168-0.2594-0.7131.01990.18122.9657-0.27450.1256-0.3821-0.08950.03530.02422.1443-0.89290.0730.8834-0.03410.19180.49640.18380.474469.8245-61.872626.2479
40.67250.3208-0.38670.5266-0.23620.67270.6977-0.45381.05010.38190.3605-0.1164-2.14111.74511.12731.4494-1.4790.10671.9902-0.81120.725658.0768-21.7537142.9114
51.56090.0012-0.58540.6841-0.40181.39640.6690.43740.7942-0.2541-0.2970.9239-2.1331-1.4175-0.13911.1621.14890.36382.82930.03081.123423.2672-24.2865126.9976
61.2227-0.6266-0.85991.6612-0.34612.6893-0.633-0.5638-0.72920.2537-0.40790.59062.15430.33490.06451.0723-0.16180.35911.47340.02380.573842.6194-56.0376135.9742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:340)A1 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:340)B1 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 1:340)C1 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 1:340)D1 - 340
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 1:340)E1 - 340
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 1:340)F1 - 340

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る