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- PDB-4jdt: Crystal structure of chimeric germ-line precursor of NIH45-46 Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jdt
タイトルCrystal structure of chimeric germ-line precursor of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • gp120
キーワードviral protein/immune system / IG FOLD / ANTI HIV / ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM COMPLEX / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Scharf, L. / Diskin, R. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for HIV-1 gp120 recognition by a germ-line version of a broadly neutralizing antibody.
著者: Scharf, L. / West, A.P. / Gao, H. / Lee, T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J. / Diskin, R.
履歴
登録2013年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type
改定 1.42023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: gp120
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7085
ポリマ－88,3913
非ポリマー3172
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.664, 69.815, 207.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 gp120


分子量: 40204.512 Da / 分子数: 1 / 断片: GP120 CORE / 変異: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q0ED31*PLUS
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 25186.221 Da / 分子数: 1 / 断片: NIH45-46 Germ-line HEAVY CHAIN, IG GAMMA-1 CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23000.438 Da / 分子数: 1 / 断片: NIH45-46 LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: PEG 10000, ammonium sulfate, Bis-Tris, isopropanol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月17日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.256→29.711 Å / Num. obs: 15409 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 3.26→3.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.789 / % possible all: 91.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.43 Å29.71 Å
Translation7.43 Å29.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U7Y, 3U7W

3u7y

3u7w


解像度: 3.26→29.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 765 4.99 %
Rwork0.227 --
obs0.229 15346 98.3 %
all-15613 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 147.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5830 0 19 0 5849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6428134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2612162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2557-3.50680.31541360.28982717X-RAY DIFFRACTION93
3.5068-3.8590.35511570.26772905X-RAY DIFFRACTION100
3.859-4.41580.27161500.23192919X-RAY DIFFRACTION100
4.4158-5.55750.2431560.20572951X-RAY DIFFRACTION100
5.5575-29.71190.25311660.21773089X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64640.77911.50323.81860.76387.5708-0.11410.68460.4232-1.0834-0.5464-0.23570.7861.37740.71371.9752-0.0481-0.20981.14960.25210.948712.019610.0278-50.535
26.67210.67782.00818.0432-0.45396.4790.4984-0.25280.5854-0.0091-1.419-0.40420.49831.13620.94641.2614-0.02440.06181.23410.19650.830313.27213.7611-38.3274
39.57465.2084-0.97313.40310.22690.01630.85930.0370.541-0.8254-0.33810.7668-0.6232-0.47480.04752.55310.3874-0.37281.44490.15191.0337-4.3332-6.5491-55.535
43.36772.3937-1.43786.0662-1.42887.0960.1-0.7757-0.53520.2872-1.0157-1.8984-0.92621.65110.83061.4069-0.1182-0.23171.35570.48871.315220.1838-0.9141-38.7511
57.98232.51012.22784.2728-0.54636.8065-0.83661.9683-2.8641-2.45890.6524-2.9326-1.71891.64011.81512.4095-0.13330.49020.97370.47951.533915.8938-18.1987-55.4896
65.40382.4801-2.22485.16050.83785.1215-0.65640.1605-0.8853-1.148-0.2574-1.0420.67510.8491.05331.87690.22140.46390.99750.30311.135813.4674-19.4078-47.6627
71.50070.8757-1.93943.00171.69895.159-1.019-0.3143-1.37670.1943-0.3229-1.02340.16720.8871.18851.05820.0980.03761.33870.68511.388515.086-10.4031-34.9854
84.91043.35540.8058.05271.00487.04460.15860.1096-0.0928-1.492-0.6628-0.2650.0284-0.61980.57431.12140.11530.08860.94350.01350.4999-2.5187-25.7134-27.0053
95.41941.92320.72818.87993.37235.64710.4629-1.18921.35990.0845-1.5367-0.0264-2.0186-1.32450.51891.8210.2279-0.13611.1759-0.10820.8503-2.1566-18.2695-19.9403
105.83291.1823-5.15047.19372.92359.5558-0.29410.77980.4038-0.5480.42230.4181-0.3686-0.5175-0.10260.82820.0213-0.03040.96320.12810.6405-19.5368-43.6386-1.0651
113.25910.5406-3.04162.6332-0.03453.4631-0.16791.23814.3303-0.2510.00821.7714-3.2033-2.12130.35350.9387-0.40880.0561.62730.37121.0339-28-46.4566-4.5089
127.52310.24772.09986.773-3.23653.2193-0.311-0.89210.3762.0502-0.7909-1.0032-0.92070.22380.80281.7139-0.4914-0.30211.22170.09620.87164.674-16.7885-5.5575
134.7679-5.4409-3.65868.0221.49147.53540.37341.2520.07862.0537-1.1154-1.5817-0.00571.7950.58472.4126-0.5357-0.83991.97370.40661.511612.1465-12.6091-3.4288
141.70530.2934-0.74344.3085-8.68976.61510.05970.82920.67482.3798-0.4971-0.8252-1.5133-1.30160.52161.669-0.3228-0.26731.3366-0.09160.98731.0732-22.3603-0.5173
155.08663.64342.16456.68170.78210.0144-0.1714-0.5769-0.39710.06230.0862-0.1706-0.35070.47490.08270.91390.04850.14151.08150.28480.9022-7.9816-49.35578.6456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 44 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 84 through 115 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 116 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 216 through 283 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 284 through 334 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 335 through 456 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 457 through 491 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 2 through 87 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 88 through 115 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 116 through 207 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 208 through 216 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 3 through 59 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 60 through 73 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 74 through 109 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 110 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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