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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jdc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase / oxydoreduction | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the proline-utilization pathway in Mycobacterium tuberculosis through structural and functional studies. 著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Paterson, N.G. / Berney, M. / Cook, G.M. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 753.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61210.691 Da / 分子数: 1 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: RVBD_1187 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium ...詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 0.953688 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 1.6→29.8 Å / Num. obs: 93414 / % possible obs: 99.8 % | |||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.008 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
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