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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jd8 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Racemic-[Ru(phen)2(dppz)]2+] bound to synthetic DNA at high resolution | |||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Intercalation / Racemic Ligand-DNA | 機能・相同性 | Delta-Ru(phen)2(dppz) complex / : / Lambda-Ru(phen)2(dppz) complex / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Cook, D.S. / Hall, J.P. / Cardin, C.J. | ![]() ![]() タイトル: X-ray Crystal Structure of rac-[Ru(phen)2dppz](2+) with d(ATGCAT)2 Shows Enantiomer Orientations and Water Ordering. 著者: Hall, J.P. / Cook, D. / Morte, S.R. / McIntyre, P. / Buchner, K. / Beer, H. / Cardin, D.J. / Brazier, J.A. / Winter, G. / Kelly, J.M. / Cardin, C.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e87 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Purchased from ATDBio #2: 化合物 | ChemComp-0TN / | #3: 化合物 | ChemComp-RKP / | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.3 詳細: 1UL, 1mM D(ATGCAT)2 1UL, 3mM RAC-[RU(PHEN)2DPPZ]2CL 6UL, 40mM SPERMINE, 40mM SODIUM CACODYLATE PH 6.3, 10% MPD (V/V), 80 mM KCL, 20 mM BaCL2, 1ML OF 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: DUAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.16→32.52 Å / Num. obs: 15712 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.16→1.18 Å / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.16→32.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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