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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcy
タイトルCrystal structure of the Restriction-Modification Controller Protein C.Csp231I OR operator complex
要素
  • Csp231I C protein
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / helix-turn-helix / C controller protein / restriction-modification systems / transcriptional regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / Csp231I C protein
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter sp. RFL231 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shevtsov, M.B. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Mcgeehan, J.E. / Kneale, G.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of DNA binding by C.Csp231I, a member of a novel class of R-M controller proteins regulating gene expression.
著者: Shevtsov, M.B. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Swiderska, A. / McGeehan, J.E. / Kneale, G.G.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csp231I C protein
B: Csp231I C protein
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1498
ポリマ－35,6414
非ポリマー5084
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.340, 62.340, 158.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A PROTEIN DIMER BOUND TO DNA DUPLEX.

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要素

#1: タンパク質 Csp231I C protein


分子量: 11380.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter sp. RFL231 (バクテリア)
プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: Q32WH4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*A)-3')


分子量: 6456.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*T)-3')


分子量: 6424.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein was dialysed against the buffer containing 0.1 M NaCl, 50 mM TRIS-HCl pH 8.0, 1 mM EDTA. Crystallisation conditions: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.0, 15 % (w/v) ...詳細: Protein was dialysed against the buffer containing 0.1 M NaCl, 50 mM TRIS-HCl pH 8.0, 1 mM EDTA. Crystallisation conditions: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.0, 15 % (w/v) PEG3350, 10 mM spermidine, protein dimer/DNA molar ratio 1:1, protein concentration 4.6 mg/ml , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.971
11K, H, -L20.029
反射解像度: 1.8→53.99 Å / Num. all: 32091 / Num. obs: 30476 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LFP

3lfp


解像度: 1.8→53.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.104 / SU ML: 0.033 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1626 1614 5 %RANDOM
Rwork0.14712 ---
obs0.14788 30476 99.9 %-
all-32091 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1494 855 4 402 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0162474
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9521.6453511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0415182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75123.68476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.32915296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6641516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 109 -
Rwork0.157 2270 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4308-0.81580.31852.4567-0.35120.75720.07070.21350.1554-0.073-0.089-0.3716-0.11020.1340.01830.0674-0.0320.01860.07660.01910.069157.610340.8242-9.7151
21.4186-0.07420.22222.9054-0.64621.56910.0289-0.03840.13570.219-0.0688-0.2845-0.1970.17330.03990.0514-0.016-0.02010.0527-0.00320.068564.103629.51384.1947
30.998-0.60770.37773.1956-1.36310.87110.0942-0.0056-0.246-0.010.04120.44630.0847-0.0423-0.13540.0874-0.04770.00140.1178-0.01680.115342.37324.4942-2.7016
41.8472-1.23911.01092.0975-1.14160.81150.0207-0.0339-0.2710.00940.14220.3914-0.0014-0.1278-0.1630.0933-0.02750.01160.1211-0.01710.119242.305524.4521-2.8378
50.4464-0.51760.30131.116-0.51360.51080.0028-0.006-0.0154-0.0129-0.00150.03570.0228-0.0355-0.00130.1491-0.02720.01390.1717-0.02030.168952.050428.668-2.4486
63.8207-0.8265-2.22435.34544.40074.2778-0.3629-0.2235-0.2734-0.0408-0.21490.59860.1099-0.05820.57780.13190.06310.00910.0639-0.01420.152356.75232.7727-2.6715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 310
6X-RAY DIFFRACTION5B201 - 318
7X-RAY DIFFRACTION5C101 - 188
8X-RAY DIFFRACTION5D101 - 186
9X-RAY DIFFRACTION6A101 - 102
10X-RAY DIFFRACTION6B101 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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