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万見
- PDB-4jcn: Structure of ESP, serine protease from Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcn
タイトルStructure of ESP, serine protease from Staphylococcus epidermidis
要素Glutamyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / extracellular serine protease / esp / biofilm / Glutamyl endopeptidase / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamyl endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan ...: / Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Krishnan, V. / Sthanam, V.L.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Secreted proteases control autolysin-mediated biofilm growth of Staphylococcus aureus
著者: Chen, C. / Krishnan, V. / Macon, K. / Manne, K. / Narayana, S.V. / Schneewind, O.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6021
ポリマ－23,6021
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.410, 60.360, 42.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl endopeptidase / Glutamic acid-specific protease / GluSE


分子量: 23602.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: JK16 / ATCC 12228 / 遺伝子: esp, gseA, SE_1543 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0Q2, glutamyl endopeptidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.87 Å / Num. obs: 17810 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.16 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.14 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QY6

1qy6


解像度: 1.8→41.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.633 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19859 901 5.1 %RANDOM
Rwork0.17335 ---
obs0.17473 16890 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.46 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1667 0 0 185 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0511.9332324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98633630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0245215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47525.69886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69415263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.34156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02406
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 68 -
Rwork0.369 1210 -
obs--94.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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