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万見
- PDB-4jc6: Mercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jc6
タイトルMercury activation of the plant aquaporin SoPIP2;1 - structural and functional characterization
要素Aquaporin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / aquaporin / mercury / cadmium
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Frick, A. / Jarva, M. / Nyblom, M. / Ekvall, M. / Uzdavinys, P. / Tornroth-Horsefield, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Mercury increases water permeability of a plant aquaporin through a non-cysteine-related mechanism.
著者: Frick, A. / Jarva, M. / Ekvall, M. / Uzdavinys, P. / Nyblom, M. / Tornroth-Horsefield, S.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin
B: Aquaporin
C: Aquaporin
D: Aquaporin
H: Aquaporin
J: Aquaporin
L: Aquaporin
N: Aquaporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,56970
ポリマ－239,4398
非ポリマー12,13162
水11,097616
1
A: Aquaporin
B: Aquaporin
C: Aquaporin
D: Aquaporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,69535
ポリマ－119,7194
非ポリマー5,97531
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19560 Å2
ΔGint-606 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
2
H: Aquaporin
J: Aquaporin
L: Aquaporin
N: Aquaporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,87535
ポリマ－119,7194
非ポリマー6,15531
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20600 Å2
ΔGint-597 kcal/mol
Surface area32220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.546, 141.818, 186.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51H
61J
71L
81N

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin


分子量: 29929.814 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q41372
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物...
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was incubated with 5mM HgCl2, and excess HgCl2 was washed away. Crystallisation condition was 26% PEG400, 25mM Tris pH 7.0, 100mM NaCl. The precipitant solution was mixed with 1/5 ...詳細: The protein was incubated with 5mM HgCl2, and excess HgCl2 was washed away. Crystallisation condition was 26% PEG400, 25mM Tris pH 7.0, 100mM NaCl. The precipitant solution was mixed with 1/5 0.1M CdCl2. Protein and precipitant solution was mixed in 1:1 ratio , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 176544 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.235.60.639198.9
2.23-2.325.90.463199.6
2.32-2.426.10.3751100
2.42-2.556.10.3011100
2.55-2.716.10.2371100
2.71-2.926.10.1911100
2.92-3.216.10.1411100
3.21-3.675.90.111199.6
3.67-4.635.90.0861100
4.63-305.90.069199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å29.89 Å
Translation4 Å29.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z98

1z98


解像度: 2.152→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU B: 3.751 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1685 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22704 8822 5 %RANDOM
Rwork0.19693 ---
obs0.19843 167468 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å2-0 Å2
2--2.15 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15026 0 309 616 15951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.95321445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64252005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12522520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.345152221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1681556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7742.9648035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.634.4310035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6033.3177707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A961MEDIUM POSITIONAL0.10.5
2B961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
3C961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
4D961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
5H961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
6J961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
7L961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
8N961MEDIUM POSITIONAL0.080.5
1A841LOOSE POSITIONAL0.355
2B841LOOSE POSITIONAL0.285
3C841LOOSE POSITIONAL0.295
4D841LOOSE POSITIONAL0.245
5H841LOOSE POSITIONAL0.265
6J841LOOSE POSITIONAL0.325
7L841LOOSE POSITIONAL0.235
8N841LOOSE POSITIONAL0.285
1A961MEDIUM THERMAL2.232
2B961MEDIUM THERMAL3.612
3C961MEDIUM THERMAL1.822
4D961MEDIUM THERMAL2.232
5H961MEDIUM THERMAL3.762
6J961MEDIUM THERMAL2.522
7L961MEDIUM THERMAL2.172
8N961MEDIUM THERMAL1.772
1A841LOOSE THERMAL2.9610
2B841LOOSE THERMAL4.4310
3C841LOOSE THERMAL2.6710
4D841LOOSE THERMAL2.8810
5H841LOOSE THERMAL4.3510
6J841LOOSE THERMAL3.0310
7L841LOOSE THERMAL2.8510
8N841LOOSE THERMAL2.6710
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 673 -
Rwork0.249 11817 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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