PDB-4jbr: tRNA-guanine transglycosylase Y330C mutant as covalently linked d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jbr

タイトル

tRNA-guanine transglycosylase Y330C mutant as covalently linked dimer in space group P6(5)22

要素

tRNA-guanine transglycosylase

キーワード

TRANSFERASE / covalent dimer / TIM-barrel / guanine / preQ1 / tRNA

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Jakobi, S. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Targeting a Cryptic Pocket in a Protein-Protein Contact by Disulfide-Induced Rupture of a Homodimeric Interface.
著者: Nguyen, D. / Xie, X. / Jakobi, S. / Terwesten, F. / Metz, A. / Nguyen, T.X.P. / Palchykov, V.A. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

履歴

登録	2013年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jbr.cif.gz	157 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jbr.ent.gz	122.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jbr_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jbr_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	4jbr_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	4jbr_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a0bC 7a3vC 7a3xC 7a4kC 7a4xC 7a6dC 7a9eC 7adnC 1pudS 3unt 3uvi 4dxx 4dy1 4htb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f7v-1 2iuz-d 5fyn-d 1qfw-d 1g82-d 1g82-3 12265 2fme-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA-guanine transglycosylase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA-guanine transglycosylase

ヘテロ分子

A: tRNA-guanine transglycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.552, 127.552, 116.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-527- HOH

詳細

Dimerization and formation of disulfidbridge upon crystallization, monomeric state in solution proven by native nanoESI-MS

#1: タンパク質	tRNA-guanine transglycosylase / Guanine insertion enzyme / Queuine tRNA-ribosyltransferase 分子量: 43009.797 Da / 分子数: 1 / 変異: Y330C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pASK-IBA13plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus-RIPL 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AMINO ACID AT POSITION 312 IS LYS. SEE REUTER ET AL. [J. BACTERIOL. 177:5284-5288(1995)]

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MgAc 0.2M, PEG3350 20%; 2% DMSO and 10% glycerol in cryoprotection buffer, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→30 Å / Num. all: 12637 / Num. obs: 12637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 44.91 Å² / R_sym value: 0.1
反射シェル	解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 16.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.06 / Num. unique all: 619 / R_sym value: 0.441 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PUD

1pud

解像度: 2.92→28.111 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement in 7 groups

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2455	635	5.05 %	random
R_work	0.2031	-	-	-
obs	0.2053	12578	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.56 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9404 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9404 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.8809 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→28.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2782	0	5	121	2908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.665	3856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.268	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	513

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9202-3.1454	0.3459	129	0.2433	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1454-3.4614	0.2677	115	0.2065	2362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4614-3.961	0.2179	120	0.1771	2365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.961-4.986	0.19	136	0.1758	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.986-28.1118	0.2769	135	0.2328	2527	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0393	0.0564	0.0152	0.0731	0.0274	0.0485	-0.0658	0.0267	-0.047	-0.0041	-0.1069	-0.1071	-0.0588	-0.0822	-0.0005	0.3232	0.0534	-0.0075	0.2649	-0.0121	0.2751	9.5978	40.2921	-11.7112
2	0.0203	0.0049	-0.0204	0.0194	0.0117	0.0293	0.0731	0.1267	0.0642	0.0751	0.0135	-0.1029	0.0786	-0.0011	-0	0.3296	-0.0571	-0.046	0.3118	-0.0534	0.369	26.2276	40.6282	-6.6375
3	0.1235	0.003	-0.1545	0.0035	-0.0141	0.2619	0.0782	0.0666	-0.0422	0.1126	-0.0279	-0.0188	-0.0132	0.001	0.1716	0.3361	-0.1225	-0.1266	0.1976	-0.0433	0.2551	24.5129	47.3107	6.2469
4	0.0863	-0.0011	-0.0025	0.2067	-0.0846	0.071	-0.0112	-0.0631	0.076	-0.1144	-0.1458	-0.0184	-0.0002	-0.0901	-0.4985	0.3496	-0.0542	0.0171	0.1209	-0.1658	0.1263	10.5319	52.911	4.8845
5	0.0295	0.0334	0.0186	0.0321	0.0218	0.0241	0.0421	-0.0885	-0.0101	-0.0774	-0.1328	-0.1141	-0.0472	-0.1067	0	0.3246	0.0374	0.0026	0.3689	-0.0963	0.3347	0.2166	42.537	1.0199
6	0.0272	-0.0156	-0.0211	0.0099	0.0127	0.0141	0.004	-0.1063	-0.1283	0.036	-0.0611	0.1641	-0.1134	-0.0526	-0	0.3297	-0.0862	-0.0631	0.3658	0.1254	0.4817	5.2558	17.1715	-2.5439
7	0.0346	-0.0096	-0.0297	0.0417	0.0047	0.0158	0.1805	-0.063	-0.0263	0.0496	-0.1801	0.0144	0.0572	0.0243	0	0.2658	-0.0245	-0.022	0.2893	0.0156	0.3159	3.2365	23.7349	-7.3798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 11:70)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 71:98)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 99:147)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 148:236)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 237:282)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 283:318)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 319:385)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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