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- PDB-7a3v: tRNA-guanine transglycosylase C158S/C281S/Y330C/H333A mutant in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3v
タイトルtRNA-guanine transglycosylase C158S/C281S/Y330C/H333A mutant in complex with 3-hydroxysulfolane
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / enzyme / disulfide / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxythietane-1,1-dioxide / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nguyen, D. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)324043133 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Targeting a Cryptic Pocket in a Protein-Protein Contact by Disulfide-Induced Rupture of a Homodimeric Interface.
著者: Nguyen, D. / Xie, X. / Jakobi, S. / Terwesten, F. / Metz, A. / Nguyen, T.X.P. / Palchykov, V.A. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4957
ポリマ－42,9111
非ポリマー5846
水3,801211
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,98914
ポリマ－85,8212
非ポリマー1,16812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area2240 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area28580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.959, 127.959, 115.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-655-

HOH

21A-703-

HOH

31A-710-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 42910.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C158S/C281S/Y330C/H333A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

-
非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-QXE / 3-hydroxythietane-1,1-dioxide / (3~{R})-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-ol / (3R)-3α-ヒドロキシテトラヒドロチオフェン1,1-ジオキシド


分子量: 136.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.83 % / 解説: hexagonal bipyramidal
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 4% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.87 Å / Num. obs: 61476 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 27.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 9767 / CC1/2: 0.6 / Rsym value: 1.641 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.9-preモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PUD

1pud


解像度: 1.7→42.87 Å / SU ML: 0.1691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9223
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 3065 5 %
Rwork0.1808 58225 -
obs0.1817 61290 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 33 211 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00653018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7934089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.29631817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.29461320.29052501X-RAY DIFFRACTION95.64
1.73-1.760.30891350.262567X-RAY DIFFRACTION98.54
1.76-1.790.28531360.24342595X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.24171380.22182607X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.850.25151380.2092632X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.21251380.19982612X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.21921370.18932615X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.980.21161390.17932632X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.19941380.16862621X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.080.18211380.16672619X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.1911380.16322634X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.210.18031390.15932646X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.17111380.16422621X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.380.19721400.16752653X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.490.20621390.18182633X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.20941390.17952655X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.790.18251400.1772664X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-30.17491410.18682668X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.30.2041420.17262692X-RAY DIFFRACTION99.89
3.3-3.780.18821420.16362704X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.760.15481450.16812749X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.200577825690.02347034803190.09847262186580.0303630572273-0.02289982605380.0764301653095-0.08586815503180.07943120161850.274662250171-0.19216604305-0.08877160866330.113071802155-0.275199748343-0.1030589193174.55200140348E-50.355520111440.0541211154042-0.05963103619830.274292464932-0.02750773216990.3108629581823.6689317183247.1041606953-13.7376790556
20.1033879600340.1007817266-0.2742421734740.792828662384-0.2222687785450.6013185240760.03432598344450.06940060811270.03649721755430.0429053722611-0.050913609482-0.190691258765-0.1327588111730.101951577987-1.66885526841E-50.271314788702-0.0302043467135-0.06184690111610.230195625871-0.02277399101380.26716440838620.681378746538.2825062875-7.53864074437
30.4976931393240.369169549069-0.09522043877130.388690852457-0.1442427103490.1710933091510.493528770902-0.752491658918-0.1797115500860.936909061393-0.400973303488-0.2401385631240.343829157081-0.007258316446420.0703268405740.65559207575-0.205621635755-0.2383283035740.3320194021230.02234207403820.32451519181925.004759908244.977311941111.7988908051
41.219735842790.4110446643510.7953244095810.9416928776740.2034598344530.6969357226280.198860373534-0.3264011383180.3067668804510.253349533511-0.241274409132-0.151834208065-0.333008568097-0.124254614054-0.1410668816280.426145988389-0.108404229811-0.04797212363460.268679309011-0.09570620834050.29771669382717.608895565552.81245331795.49058466232
51.343525321180.729263521570.6104770952530.6394035248050.4865300073030.9997079614660.147586210322-0.4004935813450.2605397332620.0996780730945-0.2912266202670.145740382794-0.275627013918-0.24811368594-0.003365851356530.3300288787110.017585062641-0.01257873070160.298556676934-0.09744106737640.2967710723913.9831988535248.2927247962.58254448951
61.61268602641-1.17760760770.4755248930660.981400594214-0.05440232975250.5708282799830.152999580298-0.150026547908-0.204574222725-0.017013991932-0.1043947243470.1917307823950.0437095791642-0.1097107844620.0001550735543770.209978073537-0.0277905878409-0.05939704507250.222431905710.0176129338510.2249276711136.7763817640821.6124220521-5.65092913484
70.167918758119-0.0592943477579-0.08449855153290.696342945951-0.08354699739740.1456934456440.11896871842-0.228744663086-0.2230860619480.275217560643-0.1694416442830.94567167262-0.12138080947-0.292972163335-0.01252946918680.237786464872-0.03427622383160.0004330040157680.435810792291-0.06258042481260.407065749922-8.7218815768328.4981234935-3.89355596313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 131 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 188 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 189 through 274 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 275 through 366 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 367 through 386 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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