PDB-4jam: Crystal structure of broadly neutralizing anti-hiv-1 antibody ch103

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jam

タイトル

Crystal structure of broadly neutralizing anti-hiv-1 antibody ch103

要素

(ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZATION / VACCINE / HIV-1 / Antibody / immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Zhou, T. / Moquin, S. / Zheng, A. / Srivatsan, S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Co-evolution of a broadly neutralizing HIV-1 antibody and founder virus.
著者: Liao, H.X. / Lynch, R. / Zhou, T. / Gao, F. / Alam, S.M. / Boyd, S.D. / Fire, A.Z. / Roskin, K.M. / Schramm, C.A. / Zhang, Z. / Zhu, J. / Shapiro, L. / Mullikin, J.C. / Gnanakaran, S. / ...

履歴

登録	2013年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.3	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jam.cif.gz	489 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jam.ent.gz	410.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jam_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jam_full_validation.pdf.gz	509.6 KB	表示
XML形式データ	4jam_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	4jam_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/4jam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/4jam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4janC 3se9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qhm-1 5vz1-2 1s3k-d 3uls-2 6nov-2 5c9j-d 4rfe-4 4ocr-d 6vpy-2 4rir-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103

L: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103

A: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103

B: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103

ヘテロ分子

95.2 kDa, 4 ポリマー
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1

H: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103

L: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103

B: ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.027, 146.375, 66.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF HEAVY CHAIN of CH103 分子量: 23896.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体	ANTIGEN BINDING FRAGMENT OF LIGHT CHAIN of CH103 分子量: 22533.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: CMVR-based / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 755分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate, 25.5 % PEG 4000, 15% Glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月7日 / 詳細: APS 22ID
放射	モノクロメーター: APS 22ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 97300 / Num. obs: 95840 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SE9

3se9

解像度: 1.65→38.185 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	4774	5 %	Random
R_work	0.1689	-	-	-
obs	0.1703	95522	98.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6399	0	134	726	7259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16	9159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.225	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6489-1.6677	0.2855	116	0.2567	2667	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6677-1.6873	0.2924	134	0.2492	2794	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6873-1.7079	0.2864	142	0.2405	2933	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7079-1.7295	0.2851	169	0.234	2917	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7295-1.7522	0.2545	174	0.23	2964	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7522-1.7763	0.2587	159	0.2262	3006	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7763-1.8016	0.2593	151	0.2215	3011	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8016-1.8285	0.253	146	0.2139	3001	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8285-1.8571	0.2451	159	0.2051	3076	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8571-1.8875	0.2301	166	0.1883	3024	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8875-1.9201	0.219	153	0.1766	2992	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9201-1.955	0.2061	169	0.1773	3140	X-RAY DIFFRACTION	99
1.955-1.9926	0.1847	140	0.1805	2996	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9926-2.0333	0.2243	179	0.1796	3066	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0333-2.0775	0.1932	178	0.1786	3035	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0775-2.1258	0.2186	179	0.1666	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1258-2.179	0.2107	167	0.1721	3088	X-RAY DIFFRACTION	99
2.179-2.2379	0.2127	164	0.1687	3035	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2379-2.3037	0.228	148	0.1663	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3037-2.3781	0.188	170	0.1641	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3781-2.463	0.2127	153	0.1655	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.5616	0.2205	164	0.1728	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6782	0.1737	171	0.1642	3085	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6782-2.8193	0.1901	151	0.1582	3062	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8193-2.9959	0.1924	179	0.1598	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9959-3.2271	0.1682	147	0.1625	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2271-3.5517	0.2086	171	0.1524	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5517-4.0651	0.1517	158	0.1514	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0651-5.1197	0.1522	169	0.1359	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1197-38.1953	0.2186	148	0.1917	3094	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4129	0.3972	0.8777	3.452	0.5183	3.3309	-0.1163	0.1585	0.0262	-0.2152	0.1156	-0.1516	-0.2128	0.1324	0.0122	0.1012	-0.054	0.0372	0.1159	-0.0322	0.1519	0.9624	-17.3627	29.2686
2	3.4264	0.7253	0.618	2.7219	0.3531	4.194	0.0533	-0.1576	0.2026	0.1242	-0.0976	-0.0195	-0.3839	0.4429	0.0295	0.161	-0.0857	0.0009	0.2111	-0.0005	0.0845	15.0682	17.7825	15.0516
3	2.9746	2.0807	-0.0091	3.1412	0.3261	1.5724	0.0283	0.0574	-0.3772	0.2291	0.0778	-0.4384	0.0824	0.0866	-0.0898	0.1363	0.0468	-0.0521	0.0937	-0.0458	0.2196	13.778	-7.9333	44.5408
4	1.4867	-0.6914	1.9825	2.4276	-1.4766	4.7823	-0.0597	0.0353	0.0019	0.0612	0.0697	-0.0766	-0.2494	-0.1374	-0.0071	0.1657	-0.0256	0.0385	0.1546	0.0099	0.0749	9.5176	14.9739	29.9033
5	4.4206	1.2828	1.9032	2.6737	1.1753	5.6345	0.2708	-0.2037	-0.0478	0.2696	-0.1575	-0.2148	0.2036	0.0147	-0.0684	0.2091	-0.0487	-0.0635	0.124	0.0119	0.1905	11.5196	48.7658	67.1485
6	2.8121	-0.1714	0.8949	2.4942	0.8297	4.7271	-0.1113	0.413	-0.0411	-0.1408	-0.0113	-0.013	-0.1621	0.2026	0.0968	0.1189	-0.0617	0.0342	0.1725	0.0169	0.067	38.2441	18.9117	59.8778
7	1.068	-0.1895	-0.9442	1.2125	0.2049	3.0589	-0.0306	-0.013	0.0232	0.0588	-0.0431	-0.2278	0.1152	0.1089	0.0537	0.0566	-0.017	0.0072	0.1282	0.0547	0.1842	6.709	40.5444	47.2981
8	2.4039	-0.224	1.0691	2.327	-0.9683	3.1895	0.0925	-0.1665	-0.0374	-0.0257	0.0358	0.2002	-0.0394	-0.268	-0.0723	0.0594	0.0048	0.0328	0.1023	-0.0051	0.1212	22.6031	17.1943	55.664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resid 1:113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resid 114:223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and resid 1:108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and resid 109:215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 1:113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 114:223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 1:108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 109:215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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