PDB-4j87: Crystal structure of alpha-COP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j87

タイトル

Crystal structure of alpha-COP

要素

coatomer subunit alpha

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Beta propeller domain / Vesicle trafficking

機能・相同性

機能・相同性情報

COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Ma, W. / Goldberg, J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Rules for the recognition of dilysine retrieval motifs by coatomer.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.

履歴

登録	2013年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j87.cif.gz	139.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j87.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j73C 4j77C 4j78C 4j79C 4j81C 4j82C 4j84C 4j86C 4j8bC 4j8gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cai-2 7cl0-d 6t2r-d 2lgz-d 6c8b-2 6b88-2 4is9-2 3blc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: coatomer subunit alpha

37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.432, 53.614, 157.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	coatomer subunit alpha 分子量: 37525.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q96WV5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50.769 Å / Num. all: 37929 / Num. obs: 35377 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→50.769 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	2000	5.65 %
R_work	0.1672	-	-
all	0.196	37929	-
obs	0.1686	35375	93.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→50.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2548	0	0	189	2737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.884	923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.7114	0.2856	126	0.2431	2112	X-RAY DIFFRACTION	84
1.7114-1.7577	0.2673	132	0.2085	2184	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7577-1.8094	0.2312	133	0.1958	2240	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8094-1.8678	0.2104	137	0.175	2288	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8678-1.9346	0.1939	140	0.1628	2320	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9346-2.012	0.1722	142	0.1521	2375	X-RAY DIFFRACTION	94
2.012-2.1036	0.1953	145	0.166	2422	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1036-2.2145	0.1944	145	0.1622	2419	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2145-2.3532	0.1929	147	0.1714	2463	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3532-2.5349	0.1904	146	0.1779	2433	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5349-2.79	0.196	148	0.1736	2477	X-RAY DIFFRACTION	97
2.79-3.1937	0.1883	150	0.1625	2491	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1937-4.0234	0.1664	152	0.1466	2532	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0234-50.7928	0.1791	157	0.163	2619	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3676	0.3605	-0.4723	2.7622	0.1524	1.9703	0.0322	0.0774	-0.0071	0.0093	0.0154	0.1303	0.2021	-0.0188	-0.0647	0.1884	-0.0031	-0.0192	0.1663	0.0044	0.2026	-16.0253	-2.2661	-28.1353
2	0.0722	0.417	0.0144	2.4407	0.2375	1.5746	-0.0229	0.0385	-0.0188	-0.1213	0.0553	-0.0084	0.0409	0.0863	-0.0243	0.1626	0.0098	-0.0135	0.1838	-0.0018	0.1844	-11.2993	3.948	-34.7865
3	1.5927	-0.0074	1.1239	1.7216	-0.3043	2.3764	-0.03	0.0266	0.0061	0.0199	-0.0067	-0.0382	-0.1195	0.1652	0.0472	0.162	0.0016	-0.0048	0.1739	0.0101	0.1771	-6.2413	15.7052	-30.1109
4	1.1425	-0.5328	1.1248	1.5185	-0.8527	3.5749	-0.1096	-0.0748	0.0522	0.1448	0.0735	0.0395	-0.3234	-0.0262	0.0305	0.2111	0.0137	-0.0135	0.1824	-0.0084	0.1924	-6.5728	19.0275	-18.4091
5	0.5378	-1.7506	1.2878	8.1853	-5.8221	4.1483	-0.0104	-0.0294	-0.1123	-0.2366	0.0885	0.1228	0.6766	0.233	-0.0222	0.3624	0.0587	-0.0194	0.2315	-0.0271	0.3015	-13.9736	34.7316	-26.3622
6	0.2503	-0.3376	0.0822	0.5497	-0.1053	0.0273	0.1939	-0.0368	-0.1119	0.0147	0.0507	0.0641	-0.0421	-0.2373	-0.0362	0.3166	0.0836	0.0359	0.2261	-0.0388	0.1716	-5.8497	33.0388	-21.9746
7	0.7072	0.274	-0.0813	1.5293	0.3588	1.6864	0.0742	-0.0598	-0.0763	0.1292	-0.0581	0.0705	0.0589	-0.0748	-0.0181	0.2104	0.0094	-0.009	0.237	-0.0003	0.1899	-10.1952	7.7092	-7.3141
8	4.2993	-1.0835	-0.3825	3.5212	0.4074	3.0966	0.1136	-0.2673	-0.1335	0.2831	-0.0428	0.2573	0.2433	-0.1822	-0.0556	0.236	-0.0377	-0.0025	0.2411	0.0226	0.2081	-16.7769	-2.2112	-9.3175
9	3.7012	-0.1669	0.6063	2.0976	0.0425	3.3354	-0.069	-0.2429	-0.1422	0.0431	0.0409	0.0181	0.1795	-0.0998	0.0173	0.1931	0.0035	-0.0059	0.1867	-0.0004	0.2203	-14.2586	-3.5769	-21.9424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 210 through 264 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 265 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 327 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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