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万見
- PDB-4j73: Crystal structure of beta'-COP/p25 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j73
タイトルCrystal structure of beta'-COP/p25 complex
要素
  • Coatomer subunit beta'
  • Transmembrane emp24 domain-containing protein 9
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta propeller / dilysine motif / ER retrieval signal / coatomer cargo recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI coating of Golgi vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of organelle organization / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...COPI coating of Golgi vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of organelle organization / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / syntaxin binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Golgi organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / ubiquitin binding / intracellular protein transport / synaptic vesicle / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain / GOLD domain profile. / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller ...Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain / GOLD domain profile. / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / Transmembrane emp24 domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.439 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Rules for the recognition of dilysine retrieval motifs by coatomer.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1302
ポリマ－35,1302
非ポリマー00
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.295, 56.696, 132.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta' / Beta'-coat protein / Beta'-COP


分子量: 34293.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41811
#2: タンパク質・ペプチド Transmembrane emp24 domain-containing protein 9 / p25 / p24 family protein alpha-2 / p24alpha2


分子量: 836.029 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 229-236 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T133
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.54 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.439→66.176 Å / Num. all: 48875 / Num. obs: 48785 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 15.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.439→31.823 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 1997 4.09 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1783 48785 96.47 %-
all-48875 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.439→31.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 0 301 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4713347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.334855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.439-1.47460.26661060.28892479X-RAY DIFFRACTION74
1.4746-1.51440.27471320.26613130X-RAY DIFFRACTION91
1.5144-1.5590.27641430.24783345X-RAY DIFFRACTION99
1.559-1.60930.23611440.22473377X-RAY DIFFRACTION99
1.6093-1.66680.22911450.19963389X-RAY DIFFRACTION99
1.6668-1.73350.25251450.18823403X-RAY DIFFRACTION99
1.7335-1.81240.20661460.1823414X-RAY DIFFRACTION99
1.8124-1.9080.19891440.17063401X-RAY DIFFRACTION99
1.908-2.02750.2011470.15783423X-RAY DIFFRACTION99
2.0275-2.1840.19421460.15753419X-RAY DIFFRACTION99
2.184-2.40370.20471480.16733455X-RAY DIFFRACTION99
2.4037-2.75140.18161480.17933460X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-3.46580.19461500.1663520X-RAY DIFFRACTION100
3.4658-31.83070.1821530.17063573X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3472-0.0722-0.23350.4857-0.2610.3312-0.02420.4490.2044-0.12120.09030.1165-0.0349-0.0271-00.26860.0004-0.00820.43960.09560.241610.37025.6467-28.4473
21.5512-0.0879-0.5090.4618-0.291.1469-0.03130.2494-0.1553-0.0376-0.0120.04280.15740.1120.00010.21220.0277-0.00260.2157-0.01880.2087.4349-11.1181-16.1102
30.97220.3085-0.14350.5662-0.14810.78710.02460.11360.2090.0680.02520.0932-0.20540.08140.00010.24720.00620.00880.18440.03630.26115.49627.9359-10.1995
40.0082-0.0070.00170.0159-0.01160.01-0.31820.0375-0.0028-0.0859-0.25220.2026-0.2424-0.02760.00010.26170.0272-0.04360.3607-0.01470.3269-10.2414-4.1628-18.804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 199 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 301 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -3 through 2 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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