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- PDB-4j6o: Crystal Structure of the Phosphatase Domain of C. thermocellum (B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j6o
タイトルCrystal Structure of the Phosphatase Domain of C. thermocellum (Bacterial) PnkP
要素Metallophosphoesterase
キーワードHYDROLASE / Alpha/Beta fold / calcineurin-like / Phosphatase / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / TRIETHYLENE GLYCOL / Metallophosphoesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wang, L. / Smith, P. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structure and mechanism of the 2',3' phosphatase component of the bacterial Pnkp-Hen1 RNA repair system.
著者: Wang, L.K. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallophosphoesterase
B: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,58419
ポリマ－59,4282
非ポリマー2,15617
水6,359353
1
A: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,96810
ポリマ－29,7141
非ポリマー1,2549
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6169
ポリマ－29,7141
非ポリマー9028
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.700, 38.660, 92.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallophosphoesterase


分子量: 29713.896 Da / 分子数: 2 / 断片: phosphatase domain (residues 171-424) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2768 / プラスミド: pET28-smt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3DJ38, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 370分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Polyethylene Glycol, Citrate Buffer, DMSO, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月24日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 63751 / Num. obs: 62980 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.75 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX1.8.1_1168精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→38.687 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 3099 5.06 %
Rwork0.1637 --
obs0.1658 61227 96.09 %
all-63133 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4084 0 138 353 4575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5075924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.021691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62010.23961040.24781844X-RAY DIFFRACTION68
1.6201-1.64660.31051110.23712155X-RAY DIFFRACTION79
1.6466-1.6750.24471110.23092410X-RAY DIFFRACTION86
1.675-1.70550.27881430.21932459X-RAY DIFFRACTION92
1.7055-1.73830.27061340.20522641X-RAY DIFFRACTION97
1.7383-1.77380.23311460.18692707X-RAY DIFFRACTION99
1.7738-1.81230.23341480.18542699X-RAY DIFFRACTION100
1.8123-1.85450.21051580.18992753X-RAY DIFFRACTION100
1.8545-1.90090.27311590.19332698X-RAY DIFFRACTION100
1.9009-1.95230.20131450.17892723X-RAY DIFFRACTION100
1.9523-2.00970.24961560.17872738X-RAY DIFFRACTION100
2.0097-2.07460.23811350.18212719X-RAY DIFFRACTION100
2.0746-2.14870.23281320.17862785X-RAY DIFFRACTION100
2.1487-2.23470.22561540.18182681X-RAY DIFFRACTION100
2.2347-2.33640.25361330.18032753X-RAY DIFFRACTION100
2.3364-2.45960.20771380.17552758X-RAY DIFFRACTION100
2.4596-2.61370.23271670.18372719X-RAY DIFFRACTION99
2.6137-2.81540.24021460.1722735X-RAY DIFFRACTION99
2.8154-3.09860.18941450.16882758X-RAY DIFFRACTION99
3.0986-3.54680.17961550.1512746X-RAY DIFFRACTION99
3.5468-4.46750.16411520.12672784X-RAY DIFFRACTION99
4.4675-38.69860.1911270.15232863X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.126-0.01060.11850.38371.31854.88650.1985-0.154-0.00070.4357-0.54150.1659-1.3721-0.2625-0.12820.5711-0.0603-0.03160.28140.09760.721253.998140.391231.1253
21.8742-0.3352-0.36641.332-1.36921.71060.1624-0.41440.05940.3933-0.1422-0.3759-0.21090.1395-0.02030.2516-0.0586-0.06060.195-0.01330.217956.000223.409445.1975
31.5184-0.88751.10421.3582-0.14121.50670.029-0.48540.26220.31520.12210.3054-0.1831-0.53540.03720.23240.03750.09090.306-0.03330.1941.417326.420943.2683
41.0427-0.72940.57831.19140.20561.27850.03150.39160.2234-0.1912-0.06190.3894-0.0069-0.2517-0.02360.24430.0464-0.02010.30810.03960.252542.141626.150622.7491
50.7966-0.01120.28150.5408-0.23890.76840.21320.2903-0.4103-0.1546-0.2147-0.25880.33990.17610.02520.23520.06120.0170.2038-0.03440.218153.293917.621728.0497
61.6284-0.03950.91341.6455-0.22021.85070.40120.1827-0.3625-0.3223-0.13760.0630.5925-0.09060.40660.30880.0099-0.06140.1940.02640.387750.833310.582933.3362
71.68080.08620.13220.26430.04280.94350.35640.12690.48810.0664-0.1441-0.2917-0.5703-0.0014-0.03040.3835-0.00420.07470.2278-0.02670.53577.477441.65817.349
81.21210.5646-0.04942.02570.38551.90650.24250.55260.0266-0.5867-0.1656-0.31840.09470.37040.09650.33980.10860.07380.38640.05620.206182.447126.0282.7904
92.26440.2032-0.08382.2536-0.5651.1523-0.0763-0.21560.31130.2228-0.0943-0.70660.04140.2401-0.03460.1885-0.03720.00740.30130.01930.316787.137528.877120.9668
100.88280.25280.38160.9316-0.54640.79360.3345-0.0616-0.412-0.062-0.14970.150.4977-0.06930.060.35020.0197-0.08820.2394-0.00740.230678.499116.181714.5259
111.92182.6643-0.82733.9438-0.91310.5841-0.32830.0416-0.118-0.006-0.28860.29920.0712-0.4085-0.00390.3427-0.0752-0.03740.33230.00450.364741.134716.962433.5105
126.6014-7.7235-2.36159.13162.54441.35040.0353-0.10070.059-0.09390.0853-0.02220.10750.0453-0.02190.35540.0641-0.01020.3038-0.00560.417990.473218.663114.3921
130.32580.1349-0.17480.1261-0.10210.2569-0.0504-0.0255-0.02820.013-0.01990.0585-0.0126-0.0072-0.00110.457-0.09580.16010.8741-0.26030.775730.49440.725426.1754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 169:181 )A169 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 182:254 )A182 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 255:317 )A255 - 317
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 318:374 )A318 - 374
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 375:406 )A375 - 406
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 407:429 )A407 - 429
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 169:181 )B169 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 182:294 )B182 - 294
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 295:374 )B295 - 374
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 375:426 )B375 - 426
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 509:509 )A509
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 502:502 )B502
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 501:501 )A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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